该阶段股份合作企业的发展主要呈现出两大特征：一是不断规范化，政府出台了专门规范股份合作企业的规则；二是股份合作企业由农村推广到城市，作为改革城镇集体企业和中小型国有企业的一种方式。
农业部于1990年出台了《农民股份合作企业暂行办法》，第一次对农民股份合作企业进行较为系统的规范，并对农民股份合作企业做出了界定：“本暂行规定所称农民股份合作企业是指，由三户以上劳动农民，按照协议，以资金、实物、技术、劳力等作为股份，自愿组织起来从事生产经营活动，接受国家计划指导，实行民主管理，以按劳分配为主，又有一定比例的股金分红，有公共积累，能独立承担民事责任，经依法批准建立的经济组织。”显然，这里仅指新建型的股份合作企业。1992年农业部《关于推行和完善乡镇企业股份合作制改革的通知》对股份合作企业的界定稍稍做了调整，但仍限于新建型的股份合作企业。[37]至1994年，农业部《乡镇企业产权制度改革意见》方才明确提出了由乡镇企业改建成的股份合作企业。(www.xing528.com)
20世纪90年代初，股份合作企业由农村向城市推广，成为城市改革中小企业的形式之一。山东省诸城市、广东省顺德市、四川省宜宾市等对中小企业进行了股份合作制改革的实验。中央和地方也出台了一系列规范城市股份合作企业的规则，如1993年轻工业部、全国手工合作总社出台的《轻工集体企业股份合作制试行办法》、1994年劳动部出台的《劳动就业服务企业实行股份合作制规定》、1997年国家体改委出台的《关于发展城市股份合作制的指导意见》，以及1994年颁布实施的《北京市股份合作制企业暂行办法》、1999年颁布实施的《广东省股份合作企业条例》等，使股份合作企业不断向规范化的方向推进。
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