生态系统是在一定空间中共同栖居的所有生物与其环境之间由于不断地进行物质循环和能量流动过程而形成的统一体。生态系统为人类提供了食物、医药及其他工农业生产原料，更重要的是支撑与维持了地球的生命保障系统，如调节气候、维持大气化学的平衡与稳定、维持生命物质的生物地化循环与水文循环、维持生物物种与遗传多样性、减缓干旱和洪涝灾害、净化环境等。
生态系统安全是指生态系统的稳定程度。生态系统结构越复杂，功能越稳定，具有负反馈的自我调节机制更完善，其安全性更高。影响生态系统安全的因素有自然力，如重力、外营力（风力、水力、热力、辐射力、潮汐力等）和内营力（火山活动、地震等），但主要因素还是人类活动，包括土地开发、城市化、工业化造成的环境压力（各类污染及环境退化）和战争等。
许多学者认为外来种的入侵是生态系统安全非常重要的问题。生态系统安全是指在一个特定的时空范围内，由于自然和人类活动改造生物性状而成为新类型、新物种和外来物种，这些物种的迁入并由此对当地其他物种和生态系统造成的改变和危害，人为造成环境的剧烈变化而对生物的多样性产生的影响和威胁，在科学研究和开发、生产和应用中造成对人类健康、生存环境和社会生活等方面有害的影响，都属于生态系统安全的内容和范围。例如广东省近期关注的薇甘菊就是来自中南美的外来入侵种，其入侵在我国南方，造成了重大的的损失，是生物入侵影响生物生态安全的一个实例。(www.xing528.com)
生态系统安全的另一个重要的内容是由于生物技术发展形成基因物种所造成的安全问题。主要有三个方面：基因作物的基因“漂移”，基因生物的失控，基因食品对人类健康的影响。但这些问题总体上尚未有定论。从当前生物安全研究的现状来看，基因工程生物的生态（环境）风险与生态（环境）安全、化学物质的施用，及其对农业生态系统健康与生态（环境）安全的影响等方面都成为生态系统安全研究的重点内容。
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