目前，基层国税部门，主要面临着以下这些问题：
1.队伍组成问题严重
经济条件较差地区的基层国税部门，往往出现人才难留的现象。例如，部分地区在编人数不满10人，却要管辖2—4个乡镇的税收。这就导致，一名工作人员往往需要在2—3个乡镇奔波，。工作难度过大，照顾家庭极不方便，是基层单位留人难的一个主要原因。
其次，则是基层国税工作人员的专业能力不足。在过去，部分工作人员的学历不高、文化基础有限，同时后天学习不够，导致专业化能力有限。一旦做出成绩，很快被县市局调到更重要的岗位，优秀人才始终无法留下。
与此同时，绩效管理没有引入，导致基层国税工作人员的工作动力不足，往往认为自己的工作是“铁饭碗”，对待工作缺乏一定的上进心。所以，这就造成了队伍组成问题严重，工作效率过低。
2.税收难以管理(www.xing528.com)
由于国税政策的调整，基层国税的工作量增大，但部分国税工作人员的文化知识和业务能力还有欠缺，对要求具有一定距离，导致工作不能顺利展开。例如，对专业财务知识的缺乏，造成日常巡查和评估工作的力度不足；同时，计算机应用能力有限，不能借助快捷电算化技术提升工作效率，工作一而再、再而三地出现堆积。
此外，还有基层国税人员权责不对等的问题。税收管理工作日趋精细化的特点，例如对于农产品企业的管理，就要求税收管理员对纳税人开具的收购发票的真实性履行签字手续，否则很有可能影响企业的正常纳税申报。然而，税收管理员为了避免纳税人弄虚作假，因此不愿意进行更细致的审核，出现工作真空地带。
3.经费不足
基层国税承担着税务工作的主要职责，很多工作的开展都需要经费支持，然而，部分基层国税机构的公用经费往往每年只有几千元，无法保障工作的正常展开。甚至，部分地区基层税务没有一辆公务用车，基层工作人员往往需要换乘多次公交才能到达企业，这大大制约了基层活动的展开。
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