前文中说了，共济会曾经吸引了很多人加入其中，但是共济会却绝对不是一个人见人爱的组织，从它建立伊始到现在，就有很多的个人和组织强烈排斥它。
1738年，时任天主教教皇的克莱门斯十二世明令禁止天主教徒加入共济会，任何一个天主教徒，无论他们是以教徒身份还是以自然人身份加入共济会，都会被教会开除。从此，天主教会一直或明或暗地致力于排斥或者打击共济会的活动。直到今天，共济会和天主教廷的关系仍然不怎么样。
另外，犹太人和伊斯兰国家存在着历史恩怨，而共济会在某种程度上又与犹太人存在着联系，所以绝大多数的伊斯兰国家和很多的非洲国家都禁止共济会在本国活动。
20世纪的俄国出版了一本名叫《Протоколы сионских мудрецов》的书，这本书的书名翻译成中文就是《锡安长老会纪要》（以下简称《纪要》）。这本以第一人称书写的《纪要》主要记叙的是一个犹太锡安长老在长老会议上就如何掌控世界的问题向新成员作报告的事情，以及每一次报告的具体内容。全书共分24章，以时间为线索，整本书没有完整的构架，也没有统一的内容，每一章的内容都是一次会议记录，其中包括这些内容：
传播达尔文主义、马克思主义、尼采主义、社会主义、共产主义、无政府主义以制造社会矛盾，国家对立；
建立世界政府，迫使各国让权；
引发世界大战，消灭敌对集团；
推广普选权，培养愚民群体，以对抗各国精英阶层；
通过共济会招揽各国精英，成为代理人；
安插民主政府领导人；
控制媒体，加大对言论自由、出版自由、人权和民主的宣传，使其破坏原有的社会秩序，同时使其成为新统治方式的迷雾；(www.xing528.com)
控制教育；用娱乐、色情等分散人们的注意；
消灭基督教、伊斯兰教以及其他一切宗教，宣传唯物主义，以无神论作为过渡，最后代之以犹太教；
通过政府征税，削弱各国资本家实力；
通过贷款控制各国财政；
长老会通过能力推选国王，在全面统治世界之前，国王不会露面，只是在暗中操纵世界。
《纪要》出版之后，很多共济会成员以及共济会的追随者都认为《纪要》是某个作家虚构出来的“小说”，但是看过上面的内容之后，包括笔者在内的人都会产生这样一个疑问：如果《纪要》是彻头彻尾虚构的，但是哪一个人有能力虚构出这样一个诡异，抑或是说疯狂的“小说”呢？
二十世纪二三十年代，《锡安长老会纪要》在欧洲大陆得到了广泛的传播，欧洲各国的反共济会的呼声也愈来愈高。到了后来，就连纳粹德国也加入了反共济会的活动。1941年10月22日，纳粹德国在当时被其占领的塞尔维亚首都贝尔格莱德举行了主题为“Grand Anti-Masonic Exhibition，unmask the Jewish freemason and communist conspiracy that is behind all the society's ills”（“揭开犹太人的共济会和共产主义阴谋，以及隐藏在社会后的一切疾病”）的反共济会大型展览。共济会的恶名也在这个时候达到了顶点。
时间进入二十世纪五六十年代之后，由于锡安主义的大肆传播，加上当时犹太人在中东建立了属于犹太人自己的国家——以色列，共济会也引起了中东人的重视，《锡安长老会纪要》也因此在中东地区大规模地印刷，甚至还有不少的国家和地区将其作为学校的历史教科书。
直到今天，《纪要》仍然在很多国家中印刷、发行，自然，共济会也被绝大多数的伊斯兰国家“封杀”了。
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