高等教育投资的监督体制中，目前存在行政机关、权力机关等监督主体的监督。但监督效果并不令人满意，说明我国高等教育投资的监督制度存在系统性的问题，需要加强制度建设。
1.监督权力和手段分散，并未形成合力。现行高等教育投资的监督主体包括多个部门，这些监督主体间的职责分工不明确，在监督工作中既有多头检查的问题，又有监督缺位的情况；监督部门之间缺乏必要的协调沟通，监督检查的结果不能共享，没有形成监督合力，造成监督的成本较高，但效率较低。[13]从实践看，目前对政府高等教育投资监督的包括投资部门、财政部门、审计部门、纪检部门、人大等多个部门，对政府高等教育投资进行监督，形成多头监督、多家负责的格局，造成效率低下和资源浪费，难以形成合力。
2.监督主体地位不独立、手段有限等原因导致监督作用没有充分发挥。教育部门对本部门的投资进行真正监督很难；纪检监察部门的监督，有地位不独立和专业性不强的局限；人大的监督则往往是形式上的监督，存在着“无法监督”和“监督无法”的问题。(www.xing528.com)
3.监督制度不健全。如根据相关法律规定，虽然人大有权对高等教育投资的预算进行监督，但如何监督、如何追责、如何保证监督效果等并没有具体的规定。如《行政监察法》规定，行政监察部门可以对监察对象执法、廉政、效能情况进行监察。[14]但在高等教育投资中如何具体地实行行政监督，需要通过立法进一步细化。我国高等教育投资监督的法律法规不系统，特别缺乏程序性的规定，使高等教育投资监督欠缺法律保障。高等教育投资信息公开、透明，是实现有效监督的前提。而在高等教育投资领域，几乎没有信息公开的制度。
4.投资监督理念落后。各级高等教育负责投资的部门及其主管官员还没有脱离计划经济体制思维方式、管理模式。对于高等教育投资监督的认识滞后，存在着将教育投资管理和监督相割裂，重视管理、忽视监督等问题。对于管理监督、专门监督和社会监督却认识不够，理解不深，接受监督的意识不强。[15]
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