1.解决投资主体责任不明确。1994年中国进行了分税制改革，但政府间事权和财政支出责任没有作出清晰的规定，政府间高等教育投资的责任不够明确，中央与地方对高等教育的投资责任没有根据实际情况作出相应的优化。根据目前我国财权、事权划分，高等教育属于中央与地方政府共同的责任，按照高校的行政隶属关系承担高等教育投资责任。20世纪90年代高校进行大规模调整之后，由于中央部委大部分高校移交给地方政府——高等教育的事权下移地方政府，地方政府对高等教育的投资责任加大，但地方政府的财力并没有同步增加。因此，高等教育投资的事权、财权不匹配的现象比较突出。
2.解决投资分权模式的弊端。我国教育财政中的许多问题，都与教育财政体制的不完善密切相关。中央与地方政府对高等教育的投资责任划分需要得到完善。多年来困扰高等教育发展的政府投资不足问题没有得以解决，高等教育经费短缺成为大部分高校面临的共性问题，“地方高校的财政困难问题更加凸显”。[8]明确中央与地方政府在投资高等教育中的责任是高等教育投资体制改革的重要组成部分。[9]中央政府与地方政府对高等教育事权、财权划分需要科学化、合理化，优化中央政府转移支付对高等教育收益外溢性进行成本补偿。(www.xing528.com)
3.完善政府高等教育投资机制。2010年7月，我国颁布了《国家中长期教育改革和发展规划纲要（2010—2020年）》（以下简称《纲要》），提出在2020年我国高等教育毛入学率要达到40%，高等教育的发展定位在全面提高高等教育质量、注重内涵发展、着力培养高素质专门人才和拔尖创新人才、提升科学研究水平、建设一流大学和一流学科等方面。高等教育目标的实现和任务的完成，没有必要的经费支持和良好的制度安排是根本不行的。《纲要》提出了关于保障经费投入的三点要求，即加大教育投入、完善投入机制、加强经费管理。《纲要》提出了建立教育经费多渠道筹资长效机制、教育投入分项分担机制等保障地方教育投入的改革试点目标。2010年底我国启动了高等教育体制改革试点，“完善教育投入机制、提高教育保障水平”是十大专项改革试点之一，研究如何制定高校生均经费基本标准，探索高校多渠道筹资机制。[10]
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