1799年拿破仑上台执政，这是法国司法制度史上具有里程碑意义的时期。拿破仑不仅废除了包括旧有罗马法和习惯法的封建法律，而且非常器重司法人才，并委以重用。“他器重那些在法国革命期间有过行政经验的人，不时地请教他们，并善于使用他们。安排他们有的负责立法，有的负责内务。”[5]这一阶段，著名的《拿破仑民法典》（1804年）和其他法典如《民事诉讼法典》（1806年）、《商法典》（1810年）、《刑事诉讼法典》（1808年）、《刑法典》（1810年）等相继出台，法国这种以成文法典为主、政令为法典补充的法律体系得以建立。这不仅标志着法国资产阶级法律体系的形成，也为大陆法系的许多国家提供了民商法分立的立法模式。
拿破仑在强化中央集权的思想下和在制宪会议期间形成的成熟的民事司法机构的基础上，统一了民事和刑事司法制度，并对司法组织进行了严格的等级划分。民事法院的金字塔按照行政区划设立，包括县、市、省。在县法院，近民法院负责处理民事和轻微刑事案件，将裁判的上诉提交到各市法院。在受理刑事案件时，市法院又称之为刑事轻罪法院，废除上诉案件循环制度后，对轻罪案件的上诉依照层级向省一级的上诉法院提出，1810年统一为29个上诉法院。近民法官受理违警罪案件；轻罪法院受理轻罪案件；重罪案件由1811年取代省重罪法庭的重罪法院受理，并在案件审理中引入了陪审团。[6]最高法庭摆脱了立法机构的附属地位，更名为最高法院，对各个法院进行监督实现对法官的纪律考核，其处于司法系统的最顶端。刑事方面不仅采取了纠问式与控告式的诉讼程序，确立了起诉、预审和审判职能分立的原则，而且赋予检察院主动提起公诉的权力。此外，劳动仲裁法庭、商事法庭等特别法庭也先后成立。(www.xing528.com)
这一时期最重要的是最高行政法院的建立。大革命时期的法律严格禁止普通司法干预行政争端，这一原则在拿破仑时期得到深入发展。1790年8月16日法令和1790年9月6日法令规定“行政职能应与司法职能相互区别”，“由行政权力引起的争议应该由行政机关加以解决”。于是，1799年12月13日的宪法第53条规定：“国家参事院由执政官领导，负责起草法令和行政命令草案，并解决行政领域中出现的问题。”第53条规定：“国家参事院的成员始终在立法机构前享有发言权。”上述规定奠定了国家参事院（后来统称为最高行政法院）在法国司法体制中的地位。就职能来看，国家参事院除了起草和审查法律、法规外，还受理公民对行政机关的申诉案件，并解决行政上发生的疑难案件。这时，国家参事院事实上成为了行政案件的专门裁决机构，从而使行政案件初步脱离行政管辖，行政法院的雏形已经形成。
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