由于第一笔退款的成功落实，1920年前后，美国拟定“退还”中国第二期“庚子赔款”，第二次庚款“退还”也是对第一次未尽事宜的善后与继续。此事在中国驻美公使施肇基博士的主持下，由中国驻华盛顿使馆负责与美方接洽。1924年5月7日和12日，美国众议院和参议院分别通过第二次“退还”庚款余额给中国的议案，7月21日，经美国总统柯立芝（J.C.Coolidge）批准生效。是年6月14日，美国国务卿休斯（C.E.Hughes）致中国驻美公使施肇基：“兹谨检奉1924年5月21日国会通过之议案一份，此案授权大总统退还1917年10月1日起应付之庚子赔款于中国，由大总统认为适当之时期与情形中，依国会在该案并言内所表示之意旨，发展中国之教育与文化事业。”[44]中国政府当即表示赞同，施肇基以驻美公使的身份立即给予答复：“美国于1908年第一次退还庚款，使得中国政府得以自由用于教育之目的，其试验之结果，使中国政府确信此种方向乃明智之举。对于目前美国政府退还之余额，中国政府仍继续从前之政府办理，惟应时势及经验之需要，需做变更。近年来中国科学教育需要甚殷，中国政府本贵国之盛意，将退还之款项，悉用于教育及文化事业，而特别侧重于科学之需要。且本国政府之意愿，欲将办理退款事宜，委之于中、美人士合组之董事会，并已聘请专家，规划细节。俟规章拟定，必呈台端清阅。”[45]
该退款自1917年10月1日起算，本息合计为12545437美元，分20年交付中国，每年539588美元。[46]1914年，第一次世界大战爆发，美、英、法、比、葡等协约国对德、奥宣战，由于中国的参战，协约国便将庚款暂缓5年，并免于加算利息。1931年又停付1年，故须延至1946年终了，共分23年又3个月“退还”。
由于孟禄在中国政教界的良好关系以及参与洛克菲勒基金会（The Rocke⁃feller Foundation）等组织的丰富经验，1924年7月底，受美国政府委托，孟禄就美国第二次“退还”中国庚款余额的用途以及庚款委员人选事宜，以非官方身份访华。孟禄在华逗留一月有余，同中国政府当局以及各种教育团体的代表人物充分协商、交流，最终达成初步共识：“最好将退款储为基金，如嘉南琦基金，洛氏教育基金部，薛治基金等类财团；并且大家都承认基金的一部分，应该用为设立实用科学研究机关的经费。但是这个机关应该受基金部的指导，而所有需用经费也只能算为基金部的补助金。并不像清华学校那般独立的组织。基金部董事会可以由中美两国人士合组，而中国人应占其多数。”[47]在孟禄、杜威等美国知名人士和中国驻美公使施肇基、外交总长顾维钧、教育总长张国淦等中国政府官员的推动下，拟定了《董事会章程》，共计10条，正式将该会定名为“中华教育文化基金董事会”（The Board of Trustees of the China Foundation for the Promotion of Education and Culture，简称“中基会”），这是由中华民国北洋政府和美国政府共同成立的负责保管、分配、监督使用美国“退还”庚子赔款的机关。章程规定董事会由中美双方相关人员共15位董事（中方10人、美方5人）组成，董事皆由两国政府会商推出，共同对此基金进行监管，是中基会的最高权力机构。1924年9月17日，经征得美国政府同意，中国政府“大总统令派颜惠庆（内阁总理）、张伯苓（南开大学校长）、郭秉文（东南大学校长）、蒋梦麟（北京大学代理校长）、范源濂（北京师范大学校长）、黄炎培（江苏省教育会会长、东南大学及中华职业教育社董事）、顾维钧（外交总长）、周诒春（曾任清华学校校长）、施肇基（中国驻美公使）、孟禄（哥伦比亚大学教授）、杜威（哥伦比亚大学教授）、贝克（J.E.Baker，中国交通部铁道管理局顾问）、贝诺德（C.Bennett，美国花旗银行经理、北京国际银行总裁、清华基金董事会董事）和顾临（R.S.Greene，北京协和医院董事、洛氏基金会中华医药董事会驻华代表）为董事。十月三日复令丁文江（首任中国地质调查所所长、地质学家、社会活动家）为董事，合成十五人之数。于是中华教育文化基金董事会遂告正式成立焉”[48]。其中，顾维钧为名誉会长；颜惠庆为董事长，担任董事会一切会议的主席；孟禄为副董事长；范源濂为总干事（后由任鸿隽接任）。实际上，中基会10位中国董事之中，除颜惠庆、顾维钧、施肇基为北洋政府官员之外，其余均为教育界人士，且都在全国教育团体所选出的名单之中。“是故大抵而言，北洋政府对董事会的筹组，还相当尊重教育界的意愿。”[49]纵观董事会的董事和职员，具有相当的稳定性，截至1949年，中美两国共产生40余名董事，其中美籍董事共计12人。孟禄、顾临、贝克、贝诺德、司徒雷登（J.L.Stuart，美国基督教长老会传教士、外交官、教育家，曾任燕京大学校长）等美国董事与蔡元培、施肇基、周诒春、胡适、金绍基、李煜瀛、任鸿隽、孙科等中国董事的任期均达10余年，董事及职员任职的连续性，对中基会事业的开展具有积极意义。
1924年9月18日，顾维钧在北京外交部主持召开中美基金董事会会议，中华教育文化基金董事会正式宣告成立。为了开展工作，会议选举产生了一些临时机构，并在董事中选举了临时职员：范源濂为临时董事长，孟禄为临时副董事长，周诒春则在会计、秘书、干事长、副董事长之间变换。其中，周诒春在中基会任职20年以上，属于为中基会劳心劳力最多的人，许多事务都需要他亲力亲为，搭桥铺路，并凭借自己对中基会业务的熟悉与勤奋，取得了董事们的信任。这次会议讨论通过了董事会章程及会务细则，并根据当时中基会的工作需要，组织成立了5个临时委员会，即：
（1）草拟会务细则委员会：范源濂、贝克、周诒春；
（2）推荐干事长和执行秘书委员会：孟禄、贝克、周诒春；
（3）讨论请求款项事件委员会：贝克、周诒春；
（4）收纳并存放一切款项委员会：全体董事；
（5）担任在美接洽事宜委员会：施肇基、顾临、孟禄。[50]
这5个临时委员会的委员，根据分配的任务，平时维持其日常工作，并在下次会议上提出工作报告，待产生新的职员为止。《中华教育文化基金董事会章程》具体内容包括：
第一条 定名为中华教育文化基金董事会。
第二条 本会设立之目的：
甲，接受根据一九二四年六月十四日美国国务总理致中国驻美公使照会所退还之款项；
乙，酌量存储该款于一银行或数银行，并得酌用其他生利方法；
丙，酌量保留该款之一部分作为基金，以其收入充本会目的事业之用；
丁，使用该款于促进中国教育及文化之事业；
戊，接受其他用于教育文化之款项。本会在原赠予条件内，对于此等款项有支配之全权，与原退还款项相同。
第三条 本会事务之处理，以董事十五人掌之。第一次由中国大总统委派，其后每遇缺出，由本会选举补充。选出后应立即呈报中国政府。
第一任董事之任期，由本会于第三届年会时以抽签定之。内三人再连任一年，三人二年，三人三年，三人四年，三人五年。以后董事均五年一任。(www.xing528.com)
第四条 董事为名誉职，但到会时得酌支川资。
第五条 凡因以上目的而移交之款项证券或产业，董事会有接收管理之权，并有权自定印章格式；又得视事业之需要，聘用职员（不论是否董事）及雇员，酌定其薪俸；并得因会务之必要或便利上订定附属章程细则。
第六条 本会总机关设于北京，但其职员之办事处所及董事或委员之开会地点，得随时由本会决定改在他处。
第七条 董事每年应将上年度之事业，造具报告，连同经费收支及放款帐（账）略，呈报中央政府，并刊布之。
第八条 外交总长、教育总长、美国驻华公使，有派遣代表出席董事会旁听议事之权。
第九条 本会之职员，设董事长一人，副董事长二人，秘书一人，会计二人，内一人为华人，其他一人在赔款支付期内应为美人。
第十条 本章程得以召集特别会议，经董事四分三之赞成修正之，一面呈报中国政府备案。[51]
中基会是为接收、保管、分配和监督使用美国第二次“退还”的庚子赔款余额而设立的合法信用机构，具有官方性与组织性。不过这次的用途范围急剧扩大，不再仅是植才异国，而是旨在使用该款于促进中国教育及文化之事业。1925年7月，中基会收到由美国财政部转来的第一次“退还”的庚款余额，计1377255.02美元，这是从1917年10月1日起所累计积存的庚款余额。其款项分配之事业范围，主要包括两个方面：“（1）发展科学知识及此项知识通于中国情形之应用，其道在增进技术教育、科学之研究试验与表证，及科学教学法之训练。（2）促进有永久性质之文化事业，如图书馆之类。”[52]其中，科学教育最受重视，仅科学教席和科学教育顾问委员会，即占自办事业费用的40%以上。[53]清华大学理所当然地获得了中基会提供的相当部分的奖学金，在当时中央政权风雨飘摇、军阀混战愈演愈烈的情形下，清华大学因为有着中基会这个坚强后盾，得以在众多大学中保有天然的优势。同时，中基会也在争取和保障“退还”庚款用于促进永久性质之文化事业，如建立图书馆、设置自然科学教席、设立科学研究机构、设置科学研究奖励金与补助金、推动教育科学研究的开展等方面做了大量有益的工作。用于中基会的这笔庚款余额虽然是有条件的“退还”，使用受到一定程度的限制，但它在中美友好人士的主持之下，所进行的工作，客观上对中国近现代科学教育事业的发展产生了重要影响，尤其对民国时期的科学进步起到了比较大的推动作用。
中基会分配款项原则主要包括：
本会所有事业，以中国驻美公使于民国十四年六月六日致文于美国政府所声明者为范围。现在会务方始，关于事业中之各项问题，尚待调查考虑。惟阅各方送到多数之请款意见书，属望甚奢，而收回赔款数额有限。且经议定以赔款之一部分留作永久基金，庶赔款期满后，仍得以其息金办理必须继续之事业。因此，目前可以支拨之金额更属不多。本会甚愿就此有限之资力，进谋最大最良之效果。兹先就分配款项一端，议定原则如下。
一 本会分配，概言之，与其用以补助专凭未来计划请款之背后设机关，毋宁用以补助办理已有成绩及实效已著之现有机关。
二 有因本会补助，可以格外努力前进，或可以多得他方之援助者，是种事业，本会更应重视之。
三 本会考虑应行提倡之事业时，对于官立私立各机关不为歧视。
四 本会分配款项，对于地域观念应行顾及，其道在注重影响普遍之机关，如收录学生遍于全国，或学术贡献有益全民者，皆在注重之列。
五 本会分配款项，应规定期限，到期继续与否，由本会斟酌再定。
六 本会分配款项，须先经干事长详慎审查，遇必要时，得征集专家意见或请其襄助审查。[54]
中基会坚持“为而不有”的原则，旨在以“有限之资力，进谋最大最良之效果”。为达到这个目的，唯有补助已有成效的机关，其原因在于：“消极方面，固可以阻止以要钱为目的的投机家；积极方面，也可以使成绩优良、信用昭著的机关，愈容易得到发展的机会。严格说来，虽近于锦上添花，大体上看，还算是‘因材而笃’。基金会本非慈善机关，这样的一个原则，不但是必要，而且是应该的罢。”[55]中基会的成立，在中国是创举，此前从未有如此基金会的组织。在美国的倡导示范下，英、法、日等国均相继“退还”庚子赔款，并成立了相应的庚款管理委员会，但均建树寥寥，无甚重大影响。在当时中国政局不稳、战争连年、国家处于内忧外患的状况下，中基会是当时的众多庚款机构中将“退还”资金全部用于中国教育文化事业之唯一者，也是在基金的保存和使用上最为成功的一个。1949年，中基会及其一切可移动的现金和证券等转移至美国纽约，在美的事务由胡适、蒋梦麟、马大猷、叶良才等人主持，其资助对象则仅限于中国台湾的学术机构、教育及其研究人员的科学研究等事业。1972年9月中基会迁至中国台湾，并在台湾成立干事处。从此，中基会在中国台湾正常运作，对台湾的科学、教育事业发挥其应有的作用。现在的中基会，早已不是当初保管与支配美国“退还”庚款余额的机构，而是发展成为一个独立自主、永久自存的基金组织，仍在发挥着积极作用。
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