检察机关内设机构改革是司法责任制改革的重要配套措施，检察机关内设机构设置与办案组织组建及运行密切相关。一方面，内设机构过多导致“官多兵少”、一线办案人员过少，且其导致的“一人科、两人科”现象严重影响办案组织的组建；另一方面，内设机构过多也会导致部门负责人管的过多过细，影响办案组织中主办检察官和独任检察官办案决定权的行使，从而妨碍办案组织的运行。目前全国检察机关内设机构基本已经完成。
（一）减少内设机构数量
中央印发的《关于加强法官检察官正规化专业化职业化建设全面落实司法责任制的意见》规定了基层检察院的内设机构数量，其规定内设机构数量原则上只减少不增加，基层检察院在编制50人（含50人）以下的，设立的内设机构总数一般不超过5个，编制在51至100人的，内设机构总数一般不超过8个，编制在101至200人的，机构总数一般不超过10个，编制在201人以上的，则可以适当增加。还规定员额较少的检察院应设立综合性业务机构，以杜绝1人或者2人庭、科、室现象。实际上，不仅全国基层检察院减少了内设机构数量，最高人民检察院、省级检察院和地级以上市检察院也减少了内设机构数量。最高人民检察院带头开展了内设机构改革，改革后共设置19个内设机构，其中，业务部门12个，行政部门7个。各地检察院都按照中央的要求减少了内设机构数量，如北京市检察院设16个职能部门，其中业务部门13个、行政部门3个；各分院内设机构设置与市检察院基本对应，一、二、三分院设置12个职能部（室），其中业务部门9个，行政部门3个，另设置政治部、机关党委（党建工作处）、机关纪委，铁路运输分院设置7个职能部（室），其中业务部门5个，行政部门2个，另设置机关党委（党建工作处）；各基层检察院根据人员编制、案件数量等实际情况，设置四类内设机构，编制301名以上的，设置12个内设机构，其中业务部门9个，行政部门3个；编制201至300名的，设置11个内设机构，其中业务部门8个，行政部门3个；编制在101至200名的，设置10个内设机构，其中业务部门7个，行政部门3个；编制在51至100名的，设置8个内设机构，其中业务部门6个，行政部门2个。[2]在2020年1月，甘肃省检察院朱玉检察长向大会作省人民检察院工作报告时说，2019年甘肃省人民检察院全面完成内设机构改革，甘肃省检察机关内设机构总数减少47%。[3]上海市检察机关内设机构改革后，机构数量减少了三分之一。[4]
（二）梳理整合内设机构职能(www.xing528.com)
一是实行了捕诉合一。即将原来的批准逮捕和审查起诉工作由不同部门负责改为由同一个部门负责批捕和起诉工作，最高人民检察院和各省级检察院普遍设立了普通刑事犯罪检察部、重大犯罪检察部、职务犯罪检察部和经济犯罪检察部，按照罪名划分刑事犯罪的管辖，这是本次内设机构改革的重大特点之一。二是将民事、行政、公益诉讼部门予以分设，打造刑事、民事、行政、公益诉讼四大检察格局。最高人民检察院和各省级检察院普遍单独设立了民事、行政、公益诉讼检察部门，各地级以上市检察院和基层检察院则根据实际情况合并或分别设立民事、行政和公益诉讼检察部门。在全国检察机关内设机构普遍减少的情况下，将民事、行政、公益诉讼检察部门分设，显示出了检察机关强化民事、行政、公益诉讼检察的决心。三是机构职能原则上上下级互相对应。其中省院业务机构原则上与最高人民检察院一一对应，地级市检察院和基层检察院由于机构数量有限，机构不能一一对应，但相关的职能一般也由相应的办案组具体负责。
（三）规范内设机构名称
内设机构改革初期，各地在探索过程中，内设机构的名称五花八门，有的叫检察局，有的叫检察部，有的叫检察处，有的叫检察科，部门负责人的名称也各不相同，有的叫局长，有的叫主任，有的叫部长，有的叫处长或科长。内设改革后期，最高人民检察院对这种情况进行了规范，除最高人民检察院业务机构为厅之外，其余三级检察院业务机构统一叫部，业务机构负责人统一叫主任。
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