在上述哲学基础变迁的影响下，阶层式犯罪论体系也发生了多次变革。阶层式犯罪论体系的原始状态仍然是古典的三阶层，构成要件该当性、违法性和有责性分层递进，各司其职。之后，新古典主义、目的论、现代新古典主义、功能论体系相继登场，四阶层和两阶层纷纷出现。他们都是在古典三阶层基础上的改造，分别反映了背后不同的哲学指导思想。
（一）古典犯罪论体系
古典的三阶层体系由贝林首创，他提出犯罪是符合构成要件的、违法的、有责的、受相应刑罚制裁的和满足处罚条件的行为。[11]这标志着古典犯罪论体系的诞生。在贝林的体系中，构成要件是纯粹客观的、无价值的、记叙性的内容，构成要件该当性的判断是中性、无价值的判断。因此，主观的故意、过失要素，规范的构成要件要素都没有被包含在这一阶层之内，它们都属于责任阶层。
（二）新古典犯罪论体系
新古典犯罪论体系建立在价值哲学基础上，基于“事实-价值”重新解释犯罪论的各构成要素。他们不再认为行为是纯粹外在的身体运动，而是认为自然行为概念不能解释很多现象，行为的概念不能单纯凭经验去看，而应从社会评价上去思考。换言之，“行为意义的理解，必须作价值上的思索”。[12]在构成要件阶层，新古典体系“发现”了主观的违法要素。既然构成要件要素是犯罪行为的“定型”，彰显着行为违法性的差别，那么主观意思便属于主观的构成要件要素。此后，规范的构成要件要素也出现了，不含价值内容的构成要件开始不复存在。
新古典犯罪论在责任论部分采用规范责任论。责任的本质不在于对心理事实的判断，而是以具有责任能力为前提的心理事实与规范要素之期待可能性的结合，是依法律规范对行为人和行为之间关系的规范评价。[13]结合德意志帝国法院对“癖马案”的判决，期待可能性理论成为责任论的核心内容，打破了责任论纯主观的认定。
（三）目的论犯罪论体系
目的论的犯罪论体系以德国哲学家胡塞尔和海德格尔师徒提出的存在论为其哲学基础，认为存在事实和价值是一元的。根据威尔泽尔的理解，构成要件是指对于禁止的举止的具体描述。[14]在该体系中，人始终作为支配主体存在。他们把故意犯罪的构成要件分为“客观的构成要件”和“主观的构成要件”，主观的违法要素被首次明确定位为主观的构成要件，故意被置于主观不法构成要件之中；在违法性方面，变化主要表现为违法性被进一步主观化，开主观不法理论之先河，同时出现了“人的不法理论”。[15]既然人的行为是以目的为导向的，那么故意、过失便都存在双重地位，作为责任的故意、过失同样存在。
（四）现代新古典犯罪论体系
现代新古典的犯罪论体系结合了上述新古典犯罪论体系和目的论犯罪论体系，它的主要特点是对不法和责任作实质理解，但在行为论部分不采纳目的行为论。[16]在构成要件部分，该体系认可构成要件的故意；在违法性部分，该体系支持行为无价值论；而在责任部分，故意的一部分内容仍被留在了该阶层，而违法性认识的可能性也属于该阶层，与故意并列。
现代新古典犯罪论体系借鉴了上述两种犯罪论体系，它与新古典犯罪论体系的相同点是大多学者坚持社会行为论，而且坚持对违法性进行实质判断；它与目的论体系的相同点是认可故意在构成要件阶层的地位，而在违法性部分均认可人的不法理论，违法性认识内容成为责任阶层的重要组成部分。这种体系的融合观点使其在很多国家受到青睐。(www.xing528.com)
（五）功能论犯罪论体系
功能论犯罪论体系又称目的理性的犯罪论体系，它的主要特点是将刑事政策纳入犯罪论体系中，考虑应罚性和刑罚必要性。在该体系中，各阶层的内容不断被充实：客观归责理论属于对构成要件该当性的实质判断，“风险”概念被引入；以不法阶层取代违法性阶层；违法性不是刑法的体系阶层，而是整体法秩序的体系阶层，其功能在于解决刑法与其他法域的冲突。[17]由于该体系建立的方法论基础仍然是新康德主义二元论，目的性仍然是行为的重要特质，因此答责性这一阶层主要包含责任能力、不法意识和预防必要性的内容。和以往的体系相比，罗克辛教授的犯罪论的最大的不同点在于，他并没有按照存在论的标准（因果关系和目的性），而是按照刑事政策的目标设定（刑法的任务和具体的刑罚科处）来进行体系化构建的，从而发展出了答责性理论。[18]该体系中，罪责内容被扩充为责任，预防必要性被引入，从而促进了刑罚论与犯罪论的“沟通”，传统的故意已无法在责任阶层存在。
（六）其他多阶层的犯罪论体系
四阶层的犯罪论体系是指，在传统的三阶层之前，增加“行为”这一单独的阶层。因为行为是构成犯罪的前提，在这个阶层探讨行为的性质、内容，同时排除非刑法意义的行为，直接避免其进入后面的阶层考虑，起到提前“出罪”的效果。
两阶层的犯罪论体系一般指不法和有责两阶层。该体系的特点是将传统的构成要件的该当性和违法性两部分合并为“不法”这一个阶层，在这个阶层中，同时进行形式和实质、主观和客观判断。雅科布斯教授倡导的犯罪论体系就是这样，他同样摈弃了存在论，但他没有按照刑事政策目标设定，而是将刑法的目标建立在纯粹的规范化的体系理论之上。他主张刑法是为了保护规范效力而不是防止法益侵害，进而否定没有罪责的不法。他将其系统论之根基作为指导旗帜，按照一般预防的社会需要来确定罪责，同时，他将罪责和不法平等相待。他认为，责任评判仅仅可能是对行为人没有考虑到规范进行评判，也就是说，对他缺乏法忠诚（辜负了规范的期待）进行评判。因此，责任是一种法忠诚上的赤字，而各种心理事实，特别是故意和不法意识，它们无非是存在这种赤字的各种指示器，而责任概念的内容就要根据规范的相互关联来决定。[19]根据这种犯罪论体系，事实性内容逐渐被抽离，责任判断完全成了规范的确证过程，阶层式体系以不法和罪责两阶层为内容。
在两阶层体系中，不法是针对行为本身所为的价值判断，而罪责则是针对行为人的价值判断。黄荣坚教授将不法分为主观不法和客观不法，在主观不法中讨论故意、过失的内容，在客观不法中讨论着手或既遂的内容，具体检验标准是分则规定之要件、无总则规定的阻却不法事由、不成文要件。[20]而在责任部分，他主要探讨期待可能性问题，主要从反面论证，要求行为人无阻却责任事由。
两阶层体系与上述目的导向的体系不同，虽然表面上也呈现违法性和责任两阶层，但其内容主要是在违法性部分进行实质判断。另外，其将违法阻却事由和责任阻却事由这样的消极构成要件纳入到体系中。[21]一正一反，形成了全面判断犯罪是否成立的体系。由于该体系建立在结果无价值论基础上，因而违法客观、责任主观的状态仍较明显。
上述犯罪论体系的演变史呈现出以下特点：首先，犯罪论体系容纳的内容增多，每阶层原有的含义发生着改变。如期待可能性进入犯罪论当中，责任内涵从主观心理发展到非难可能性。虽然表面上仍然维持着构成要件该当性、违法性、有责性三个阶层或不法和有责两个阶层，但阶层中包含的内容在不同时代呈现出不同特色。其次，主客观要素从区隔分离逐步走向纠缠统一。如在目的行为论的影响下，行为的目的性与行为本身难以分隔，主观构成要件要素正式在构成要件该当性这一阶层中存在。最后，构成要件阶层、责任阶层的实质性判断更加显著，体系内部的价值内容增加。如新古典的犯罪论体系就开始强调价值评价的作用，功能论犯罪论体系将刑事政策纳入到犯罪论体系中，刑罚的当罚性开始与犯罪论进行“沟通”。
从前两部分的分析中我们可以看出，犯罪论体系的演变与社会的变迁、哲学思想的引导密不可分。在大陆法系国家，自然主义的兴盛和科技革命的发达激发了古典犯罪论体系的出现，新康德主义哲学作为一种反自然主义的思潮，通过价值判断对存在论世界“去魅”，引发出新古典主义犯罪论；之后的目的论犯罪论体系虽重新回归存在主义，但却强调目的思考，而且它仍然认可价值的作用；现代新古典犯罪论体系是对上述新古典和目的论体系的融合；风险社会出现和预防需求增加又与功能论犯罪论体系的思路不谋而合。哲学引导和社会变迁催生出了不同时代的犯罪论体系，这就告诉我们谈论犯罪论体系时不能脱离时代背景，而构建犯罪论体系的任务都要服务于当下社会的归责需要。
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