方法论一般可以分为三个层次：哲学方法论、一般科学方法论、具体科学方法论或专门领域内的方法论。
1.哲学方法论。哲学方法论是方法论中的最高层次，是最普遍、最一般、最本质的方法论。哲学方法论对人们从事任何事物、任何工作都具有普遍的指导意义和作用。
2.一般科学方法论。一般科学方法论也叫横断方法论，是从各门学科具体的方法论中抽象出来的、可以普遍适用于多种学科的方法论，如观察、比较、计算、测量、分类方法，逻辑的方法，历史的方法，形象思维方法，抽象思维方法，分析和综合，归纳和演绎，系统论，控制论，信息论等。在进行科学研究活动中，一般科学方法论是必不可少的方法。(www.xing528.com)
3.具体科学方法论或专门领域内的方法论。每一门学科、每个研究领域，都有自己独特的、与众不同的方法论，它们是各门学科中专用的方法论。比如民事诉讼领域及民事证据领域就有自己独特的方法论，如同一认定理论、种属认定理论、现场实验、质证方法、认证方法等。
上述三个层次的方法论属于个别、特殊与一般的关系。具体的方法论、一般科学方法论中包含着哲学的方法论，而一般方法论——哲学方法论又寓于个别、特殊的方法论——具体的方法论和一般科学的方法论之中，对个别、特殊的方法论具有指导意义。哲学方法论的形成、丰富和发展，离不开具体的方法论和一般科学方法论，也是对具体的方法论和一般科学方法论的抽象、总结和概括。此外，就具体方法论和一般科学方法论的关系而言，也是具体与一般的关系，一般科学方法论对具体方法论具有指导意义，而具体方法论又体现了一般科学方法论，是一般科学方法论丰富和发展的源泉。三个层次的方法论不能相互取代，而是在相互联系、相互渗透、相互促进中共同发展。[54]
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