判决书中有超过1000页用在对事实问题的认定，共分为五个部分。第一部分关乎日本的军事主导和战争准备。第二、三、四部分分别处理日本侵略中国、侵略苏联，以及太平洋战争。第五部分讲述日本的暴行。
在整个事实认定中，法庭接受了检方提出的证据和理论。法庭发现辩方证据大部分是不可接受的。它拒绝辩方证人冗长而模棱两可的言语和遁辞，那些证人试图以此解释从事件发生中得出的正常推论。[85]
法庭的结论是，确立起诉书第1项诉因所指控的实行侵略战争的共同谋议，其目的是取得对东亚、西太平洋、西南太平洋、印度洋以及上述两洋中某些岛屿的支配地位。[86]
关于第1项诉因的认定消除了处理第2、3、4项诉因的必要，因为第2项和第3项诉因所指控的共同谋议目标比第1项诉因下证实的范围更有限，而第4项诉因中的共同谋议在法庭看来与第1项无异，只是较为详细。至于第5项诉因，法庭的解释与检方关于其范围的概念相反，认为它指控的共同谋议比第1项的范围更广泛，目标更宏大。根据这个解释，法庭认为证据不够充分，尽管有些共同谋议者明显希望达到这些宏大目标。[87]
法庭还得出结论，确立了日本对中国、英联邦、法国、荷兰、苏联和美国实行侵略战争。关于中国，法庭认定：
被日本领导人虚伪地称为“中国事变”或“中国事件”的日本对华战争，由1931年9月18日夜间开始，到1945年9月2日日本在东京湾投降时告终。这场战争的第一阶段，包括侵略、占领并统一被称为满洲及热河省的中国领土。战争的第二阶段由1937年7月7日，日军继“卢沟桥事变”后向北平附近的宛平城发动攻击时开始，并包括以后的不断进攻。每次进攻后，就暂行巩固侵略区域，以便准备更深入地进攻中国领土。[88]
关于针对西方列强的战争，法庭坚决驳回了辩方说那是自卫战争的论点：
剩下来的问题是考虑为被告做辩护的下列主张，即日本对法国的侵袭行为、对荷兰的进攻、对英国和美国的袭击是正当的自卫措施。该主张辩称，这些国家对日本采取了限制措施，日本为保卫国民的福利和繁荣，除战争以外别无他途。
这些国家对日本贸易采取限制措施出于完全正当的理由，之所以采取这种措施，是促使日本脱离它早已采取并决心继续的侵略道路。因此，1939年7月26日美国发出通告，废除美日通商航海条约。那时日本早已占据了满洲及中国的其他广大部分，而且此条约的存在早已不再致使日本尊重美国国民的在华权益。采取此措施是试用某些战争以外的手段，以期日本能尊重美国的权益。此后，逐渐禁止对日本输出物资，是因为日本攻击各国领土并攫取利益的决心已经越来越明显。禁运是希望将日本从决心从事的侵略政策中改变过来，同时各国也不愿将日本会用于对本国开战的物资再供给日本。在某种情况下，例如美国禁止将石油输往日本，也是为了储备各国抵抗侵略者所需的资材。前面所举的为被告做辩护的主张，的确只不过是重复了日本准备侵略战争时所发表的宣传而已。日本牺牲邻国向北方、西方、南方扩张的决定，早在对付日本的经济措施采取之前就已经在进行，日本从未放弃这一决定。今天我们已经可以得到这一问题的详细证据，因此实在难以忍受再听那些冗长重复的宣传。与辩方主张相反，证据明白肯定了日本侵法和攻击英、美、荷的动机是出于以下愿望：使反抗日本侵略的中国得不到任何援助，使日本的南方各邻国领土都落入日本之手。[89]
法庭判定，在1945年法属印度支那总督拒绝接受日本的新要求后，日本对法国实行了侵略战争；至于日本在1940年和1941年针对法国的活动是否构成实行侵略战争，法庭认为这个问题并不重要。[90]同样，对于荷兰主动向日本宣战这一事实，法庭也认为没有什么重要意义：
事实是这样的：日本曾长期计划用谈判来获得荷属东印度经济的支配地位，如果谈判失败就使用武力。1941年中期，荷兰不接受日方要求已很明显。当时日本领导者已制订入侵和占领荷属东印度的计划，并完成了一切准备。……大本营的命令是11月10日发出的，其中决定以12月8日（东京时间），即12月7日（华盛顿时间）作为按照计划开始作战的日期而进入交战状态。开始作战的第一阶段，南方部队应歼灭菲律宾、英属马来亚、荷属东印度地区的敌方舰队。上述命令并无撤销或改变的证据。因此我们认为，事实上宣布战争状态的存在并下令日本对荷兰发动侵略战争的命令，在1941年12月7日早晨即已生效。荷兰在充分得知对它的进攻迫在眉睫时，为自卫起见，在1941年12月8日向日本宣战，正式承认了由日方所发动的战争状态的存在，这不能把日方的侵略战争改变成任何其他名目。[91]
诉因第30项指控日本对菲律宾联邦实行侵略战争。由于菲律宾在战争时期还没有成为一个完全主权国家，在国际关系范围内是美国的一部分，因此法庭决定，虽然日本对菲律宾实行了侵略战争，然而为法律上的准确性起见，这个战争被视为对美国侵略战争的一部分。[92]诉因第34项关乎对泰国的侵略战争，这个诉因被认定为没有证明而不能成立。[93]
关于日军在战争期间犯下的暴行，法庭总结并分析了庭审中卷帙浩繁的口头证词记录和文件证据，强调指出：
已向本法庭提出的有关暴行及其他普通战争罪的证据已经证明，自中日战争起至1945年8月日本投降止，日本陆海军曾任意实施酷刑、杀害、强奸及其他最无人道的野蛮残酷行为。本法庭曾用数月听取证人口头的或宣誓书形式的证言，这些证人对在所有战争地区所犯暴行详细作证。暴行规模巨大，而在所有战区又完全采取同样的模式，所以只能有一个结论——这种暴行或者由日本政府或个别官员及部队指挥官所密令实行，或者为他们所故意纵容。[94]
法庭认定，某些被告被证实犯有第54项诉因下的罪行，该项诉因指控命令、授权及准许实施暴行；同样，某些被告被证实犯有第55项诉因下的罪行，该项诉因指控的是不曾采取适当步骤，确保遵守和防止违反有关战俘及被拘平民的公约和战争法规。[95]
勒林法官对反和平罪的事实有个多多少少不太相同的版本。他的结论是：
在日本曾有一群人，他们以和平方式努力实现一个繁荣昌盛的日本，这样的日本最终会控制东亚。另一方面，还存在另一群人，他们的目标是用武力推行日本的扩张。本案中有大量证据表明，在日本有一个军事小集团，他们渴望并决心以武力解决政治和经济问题。随着和平扩张政策似乎被外国移民法压垮，随着世界经济衰退带来关税壁垒和区域协定，武力解决问题的倾向日趋强大。本法庭审判中的决定性问题是确定上述两种不同概念（一种是用非战争手段实行扩张，另一种是武力扩张）之间的关系是如何发展的。
研究这个发展过程，我们可以把它粗略分为三个时期。
第一个时期的特点是斗争，军事小集团通过在国内实行威胁和暗杀、在国外采取独立行动，力图达到自己的目标。这一时期大约是从1928年到1936年，不过国外独立行动在后来的卢沟桥、诺门坎和哈桑湖事件期间还在继续进行。
继斗争时期之后是合作时期，两个派系对需要实现的目标达成一致，这个目标就是对东亚的控制。然而，即便在这种情况下，两派就如何实现这个目标的方法仍然互相对立。这一时期大约开始于1936年的二二六事件，事件中好几位和平主义者被谋杀，直到1940年9月19日的联络会议作出决定，尽管官方政策的变化或许在更早的平沼内阁期间便初见端倪。(www.xing528.com)
下一个、也是最后一个时期开始于1940年9月19日的联络会议，会上将使用武力接受为国家政策，起先是作为其他方式失败后的替代品，后来便成为直截了当的政策。[96]
就军国主义集团的成员而言，勒林法官的观点与多数派法官没有多少差异；但是关于文官被告，他的看法有重大不同。[97]他认为，在上述第二个时期，即便是关于中国，也应该对那些非军事集团的被告们作疑罪从无的推定，因为这些人“不得不考虑在他们国内有一股力量，随时会通过暗杀或革命去达到自己的目的”。[98]
帕尔法官对法庭的所有事实认定一概不同意。他的结论是，共同谋议罪没有得到证明。他对每一件重要证据做了详细审查[99]，以确认他是否可以从中得出共同谋议的唯一推论。在做这件事的时候，他和多数派法官相反，大力依赖辩方证人的作证。他质疑一些检方证人的可靠性，而对检方的文件证据基本不予理睬。
而且，他认为有必要考虑一些没有作为证据的材料，和一些其他法官视为无关紧要的因素。于是，“为了将事件置于它们的正确视角”，他从以下角度审视这些事件：“以英国为中心的世界秩序、华盛顿的外交花招、共产主义的发展和全世界对苏联政策的看法、中国的内部环境、其他国家的对华政策和实践，以及日本不同时候的国内状况。”[100]共产主义运动在中国的发展和中国抗日力量的壮大可以充分解释日本对华政策，不论这个政策是正义的还是非正义的，都不会引出共同谋议的推论。与此相似，中国的抵制和西方列强经济制裁的压力对日本经济生存威胁到如此程度（即便这种压力来自对日本侵略的回应），因而否定了日本具有作为共同谋议罪要件的犯罪意图。对战争的准备不一定说明有犯罪式的共同谋议。日本在执行其纲领中的所作所为，无非就是西方列强较早时期做过的事情，也是其他每一个国家由于现代战争中充分防卫的需要而正在做着的事情。
帕尔法官认识到，可能有人会批评他对待证据的方式是碎片化的，忽略了整体布局。他说：
可能有人争辩说，虽然每一个事件可以如此解释过去，但是把它们放在一起，最好的解释就只能是存在这样一个全面的共同谋议、设计或计划。
……
即便我们真能发现任何单一的原因，那也不一定得出所谓共同谋议的结论。甚至当几个国家形成一个组合，采取一个特定政策对抗国际社会中某些地方盛行的任何特定意识形态，我们也不能把它归纳为一种共同谋议。无论如何，相关时期的情势肯定已经如此发展，使得日本在其国际关系中要采取某些政策，而日本实际上也的确不时采取了这些政策。
……
在这里我要再一次强调，就我们当前的目的来说，判断日本在任何特定时间制定的任何政策，或按照该政策采取的任何行动是否在法律上有正当理由（或许没有正当理由），是一件并不重要的事情。我们在此唯一关注的是，判断当时的情势是否能够在不存在所谓共同谋议的情况下，解释那些政策和行动的采纳。[101]
帕尔法官完成了关于共同谋议诉因的评论之后，认为他在法律问题上的观点，已经使自己没有必要再考虑对起诉书所含国家的任何战争是否为侵略战争的问题了。[102]
帕尔法官认为，普通战争罪属于法庭管辖权之内，但是在他看来，对普通战争罪的犯罪指控并没有得到证实。尽管证据“仍然是压倒性的，表明日本军队成员对一些占领地区的平民人口以及战俘实施了暴行”[103]，但他没有发现任何被告应该为任何这样的行为承担责任，不论由于作为还是不作为。即便是对那些战地指挥官来说，也必须牢记两个因素。一个是日本与西方在投降观念上的根本区别。虽然这不能成为士兵不当行为的理由，但可以解释士兵的做法，而不必归结为政府政策。另一个重要因素是盟军成员向日军投降的人数过于庞大。
这个时代是全面战争的时代，战争技术包括像这样突然投降的可能性，许多现有的公约规定可能需要做根本的修订。我们不应该忘记，一旦任何战争法规被认为是实现战争目标的确定而永久的障碍，那么共同利益的认可和这条规则继续存在的理由就消失了，这条规则也不会被遵守了。[104]
而且，战争结束时期的条件严重扰乱了通讯，使日本不可能履行照管战俘的义务。政府成员在收到抗议时进行了查询，他们有权信赖对查询的回复。在任何情况下，没有一名被告在普通战争罪指控下有罪。
贝尔纳法官也不同意多数派法官的意见。他的观点不是基于证据，而是基于审判程序的某些方式，他相信这些方式败坏了这个审判。在他看来，有三个主要缺陷激发了他的评价。首先，被告们没有被给予“通过一个初步审理而得到的尽力获取和收集辩护资料的机会，这个初步审理应该由一位独立于检方和辩方的司法行政官主持，以对双方平等的态度进行，而且在这一过程中被告们可以享有辩护律师协助的益处”；由于这一事实，被告们被置于不利地位。[105]
这正是国际审判中一种困难的绝佳例证——来自一个国家的法律工作者会坚持认为，他自己国家法律体系的某一个别特征对所有法律体系下的公平审判都是不可或缺的前提条件。遵循英美法传统的国家所坚守的某些要求，在大陆法律师看来不仅无关紧要，甚至还会妨碍公平审判。另一方面，大陆法律师却将某些不为英美法律师所知的保护性规则视为必不可少，非如此便不是公平审判。美国辩护律师坚决反对传闻证据（hearsay evidence），这一点在法国、荷兰和其他国家的人看来就不可理解，因为这些国家不太强调陪审员制度，它们的法院可以接受所有与案件相关的证据。印度法官认为，不符合印度法院所遵循的某些做法就是拒绝公平审判。即便是在英美法体系内部，也发展出相当不同的分支。按照英国的刑事审判实践，要提前向被告提供针对他的证人名单及证词概要，而且除非有特殊情况，检方在法庭上的举证只限于预定的内容。这样一个程序在其他法律制度下也以不同形式实行，而在美国却闻所未闻。
贝尔纳法官的第二点反对意见同样是基于法国的法律实践。在他看来，判决书必须是“参加审判的全体法官在不受任何影响、考虑所有证据的情况下进行详尽的口头讨论”，然后才能撰写。[106]他感觉法庭在几件事上违反了这个原则。除了关于被告个人的定罪经过口头讨论，其他认定并没有开会研究，而是先由一个起草委员会写出草稿，然后提交给全体法官同意、修改和复查。[107]他还感到，多数派法官使用外部人员协助来做出裁定，这也是对上述原则的违反。[108]他抱怨道，有几位法官利用他们的机要法律秘书来协助自己的起草工作。根据法国法律，法官没有这样的助手。然而在英美法体系中，法官使用法律秘书并非什么稀奇的事情。
贝尔纳法官的第三个异议要点涉及检方没有起诉天皇这个事实。他说：“审判揭示出，［天皇］本来可以被列入犯罪嫌疑人之中，他缺席审判……肯定对被告们的辩护有不利影响。”[109]
贝尔纳法官虽然相信这些缺陷使审判无效，但他还是基于庭审证据得出结论，认为被告在反和平罪诉因下是无罪的。为检控一项罪行，没有必要显示被告知晓使之入罪的法律，但是，如果法官“没有确定被告在事发之日处于能发现其中犯罪性质的应受谴责之位置”，那么法官不能判处这名被告有罪。尽管人人都有可能得知，在起诉书所涉时期中的共同谋议及策划、准备、发动和实行侵略战争是犯罪行为，但是很明显，这些术语过于含糊，不能帮助一个处理国家对外关系的公民形成对自己行为性质的明确意见。[110]
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