多数判决书没有特别提到辩方在庭审之初的一个论点，即，由于法庭成员（法官）是击败日本的战胜国代表，他们不可能运行一个合法、公平而不偏不倚的审判。
然而，判决书的总体论述清楚表明，多数成员不认为公平审判的一个先决条件是法庭要包括来自中立国家的法官。某些法官还正式表达了他们对此问题的观点。韦伯庭长基于以下道理同意多数法官的看法：根据国际法，交战国在战争中有权惩罚落入其手中的战争罪犯，还可以要求战败国交出被指控犯下战争罪的人。[41]
哈拉尼利亚法官称，一个国家自己可以做的事情，所有相关国家也可以协同去做。在他看来，法庭的公平和不偏不倚是被事实证明的，这个事实就是：法庭已经赦免了对被告的多种指控，法庭成员在某些问题上意见不一致，而且至少有一位投票将所有被告判为无罪的成员与其他成员一样，曾投票驳回对法庭公平性的挑战。[42]
帕尔法官指出，虽然法官们来自不同的战胜国，但他们是以个人身份参加法庭的。对他来说，在这个问题上的测试标准是道德诚信的标准，它不仅意味着普通的忠心和诚实，而且还包含“免于先入之见的自由、面对观点不被认可造成后果的准备、对司法程序的虔诚，和做出履行司法职责所涉牺牲的意愿”。[43]这些品质，他感觉法庭成员是具备的。
贝尔纳法官这样表达自己的赞同：
有资格创立法庭来审判被指控犯下反全球秩序的个人的机构，应该是一个全球权威机构。但是由于没有一个被赋予全球权威的有机体系，那么具有足以承担这个责任的实际权力和道义权威的人就可以设立必要的法庭，审判被怀疑犯下据称违反自然法和国际法罪行的人。[44]
把本来可能会不经审判即受惩罚的被告送交一个法庭，而这个法庭有权判他们无罪，这本身就是善意的充分证明。[45]
对审判程序合法性的第二种攻击是宣称：法庭宪章和起诉书违反了《波茨坦公告》和《投降书》。这种攻击的基本前提是，建立在接受《波茨坦公告》基础上的日本投降并非无条件的；既然日本政府和人民同意只会服从按照《波茨坦公告》发布的指示，那么如果盟军最高司令官或其代表超出公告所赋予的权威行事，日本政府和人民就没有义务去服从。虽然《波茨坦公告》规定要对所有战争罪犯处以严厉的法律制裁，但是在1945年7月，日本人所知的唯一“战争罪犯”是那些犯有违反战争法规和惯例之罪行的人。日本人也好，全世界各国也好，在当时都没有将反和平罪和反人道罪视为战争罪行。日本对《波茨坦公告》的接受是基于这样的理解，即惩罚战争犯罪将根据普遍接受的理解来进行。在试图将反和平罪和反人道罪列入战争犯罪的意义上，法庭宪章是无效的。而且，《波茨坦公告》所指的仅仅是太平洋战争。对中国的战争、1938年和1939年针对苏联的活动，以及针对泰国的活动，都不在公告的范围之内。
多数判决书驳回了关于《波茨坦公告》不包含反和平罪和反人道罪的论点，看来在这个问题上没有任何一个法官提出不同意见。判决书说：
这种论点是毫无事实根据的。根据本法庭认为满意的实证，在投降书签署之前，日本政府已考虑了这个问题，当时主张接受投降书条款的阁员，已经预料到确凿负有战争责任的人，将被付之审判。早在1945年8月10日，即在投降书签署的三星期前，天皇对被告木户说：“念及战争责任者的惩罚……实有所难忍者……但认为今日乃不能不忍人所难忍之际。”[46]
然而，这种一致性并没有延伸到下一个观点，即只有产生于太平洋战争的罪行才能被审判和惩罚。判决书里虽然没有特别提到这一点，但判定某些被告在1938年和1939年实行对苏侵略战争有罪，这就意味着驳回了辩方的论断。然而贝尔纳法官认为，有关苏联的事件不属于法庭的管辖权之内，除非能证明那些事件构成提交给法庭的整个事实中不可分割的一部分。[47]帕尔法官同样持有这个观点，并且他还把涉及侵略满洲的诉因排除在外，除非那些诉因产生于被指控的总体共同谋议。[48]勒林法官相信，《波茨坦公告》将审判战争犯罪的权利限制在与太平洋战争相关的罪行。他认为法庭无权审判的不仅是针对苏联的实质性犯罪行为，而且连日苏中立条约之前为实行对苏侵略战争的共同谋议也应排除。[49]
辩方关于《波茨坦公告》的论点直接提出了法庭必须解决的最重要的法律问题：侵略战争是不是国际刑法中的一种罪行？辩方坚称，战争过去不是，在审判时仍然不是一种罪行。战争的概念意味着使用武力的合法权利；假如战争本身是非法的，那么所有管治战争的规范性规定就毫无意义了。过去没有任何一个法院曾经审判过这种罪行，也没有对这种罪行施加过任何惩罚。在法庭宪章试图将侵略战争入罪的意义上，它是“事后”（ex post facto）立法，因而是无效的。
关于这一组问题，法庭沿袭纽伦堡的先例。宪章并不是武断行使权力，而是宪章制定时现存国际法的表现。侵略战争是否为罪行取决于《巴黎公约》的法律效力。公约废弃了战争，这必然包括这样的立场——将战争作为国家政策工具是非法的，计划和实行战争的人就是在从事犯罪。[50]
并不是所有的法官都满足于将他们的结论建立在《巴黎公约》法律效力的基础上。庭长韦伯一方面接受多数法官关于公约的观点，另一方面把“习惯国际法的出现”归结为另一个理由；再者，虽然没有说得很明确，但他似乎还在自然法中为自己的结论找到一个依据。在他看来，国际法可以由正义规则和一般法律原则来补充。僵硬的实证主义不再符合国际法，而自然国际法在重要性方面与实证国际法或意志国际法是不相上下的。[51]
贝尔纳法官拒绝将《巴黎公约》作为他同意多数法官结论的法律依据，而是把他的协同意见直接建立在自然法的概念上：
在我思想中毫无疑问的是，这样一个战争在理性和普世良知的眼中是（并且一直是）一种罪行——这是自然法的表达，一个国际法庭能够而且必须建基于此来判断受审被告的行为。[52]
在这个问题上最有意思、最新奇的观点是勒林法官所论述的。他不论是在《巴黎公约》还是在习惯国际法中都无法找到将侵略战争入罪的法律依据。按照他的看法，在创立纽伦堡法庭的《伦敦协定》之前，反和平罪没有被视为真正的犯罪。[53]尽管如此，在国际法中有充分依据为反和平罪审判被告。他说：
当前存在的实证国际法迫使我们以特殊方式解释宪章中提到的“反和平罪”。我们可以预料，各同盟国无意创立违反国际法的规则。这就表明，应该对宪章加以解释，以使它符合国际法。
毫无疑问，从事“正义战争”（bellum justum）并对战后和平和秩序负有责任的战胜国，根据国际法有权清除那些对新建秩序构成威胁的因素，而且，作为防止严重侵犯行为再次发生的一个手段，它们有权搜寻并关押相关人员。
……
建立在权力之责任基础上的单纯政治行动，可能也会达成这个目标。而选择司法途径挑出日本侵略战争实际上的策划者、发动者和实行者，是一个新鲜事物，它不能被视为违反国际法，因为它比单纯政治行动给予战败者更多的保障。
……
国际法上的犯罪适用于具有不同意义的概念。除了上面指出的以外，它还可以包括相似于国内法中政治罪的行为，在这种政治罪中，决定因素是其危险性而不是罪责，罪犯被视为敌人而不是歹徒，其惩罚强调的是政治手段而不是司法报应。
我们正是应该在这个意义上理解宪章中的“反和平罪”。在这个意义上，宪章所规定的反和平罪是符合国际法的。[54]
帕尔法官否定了各位提出的支持“侵略战争是一种罪行”的所有理论。他在自己的异议判决书中说：
……直到我们所审理的世界大战开始的时候，没有任何一个类别的战争在国际生活中成为一种罪行。正义战争和非正义战争之间的区别仅仅存在于国际法律哲学家的理论之中。《巴黎公约》并没有影响战争的性质，也没有在国际生活中就任何类别的战争引入任何刑事责任。……像以前一样，战争本身仍然处于法律范围之外，只有战争的打法被置于法律规范之下。没有发展出一种使任何战争成为犯罪的习惯法。国际社会自身，不是建立在寻找理由把犯罪概念引入国际生活的基础上。[55]
帕尔法官不能肯定，即便通过创立纽伦堡法庭的《伦敦协定》，侵略战争是否已经成为一种罪行。无论如何，没有任何司法原则会授权人们援引这种“事后”发展来判处很早之前的行为。[56]
对多数派法官来说，既然认定侵略战争在行为发生时已经是国际罪行，他们便不需要真正考虑“事后”学说。然而他们还是论述了这个问题。在这里，他们又一次沿袭纽伦堡先例，采纳了纽伦堡判决书的语言，认为“法无明文不为罪”（nullem crimen sine lege）的原则并不是对主权加以限制、否认依事后法审判罪行的权力，而是一个正义原则。惩罚侵略者并非不公正，对他放任不加惩罚才是不公正。[57]
勒林法官认为，“法无明文不为罪”这个格言既不是主权的原则也不是正义的原则。它是一个政策规则，只有在明确采纳的情况下才有效，目的是保护公民免受专横的法院和立法者欺压。它不涉及某一特定行为是否在发生时即属于犯罪性质的问题，而只涉及该行为有没有被人用刑罚来禁止的问题。因此，不准许这样的回溯性立法是一种不一定适用于当今国际关系的政治智慧的表现。判断任何特定政策的智慧不是法庭的任务，也不在法庭的权力范围之内。[58]
哈拉尼利亚法官尽管认同多数判决书，但认为上述格言不论性质如何都是不适用的。他赞同那些主张事后法规则不适用于国际法的学者们。无论如何，日本的行为早已受到强烈抗议和多次警告。领导者们知道他们一旦战败必然会被绳之以法。同盟国已经清楚地表明了这个立场，日本及其领导人也接受了同盟国的条件。[59]
在多数判决书中，侵略战争全面定义的缺失没有妨碍它关于侵略战争是一种罪行的主张。很明显，就日本的行动而言：
它们是无缘无故的进攻，其动机是出于占领这些国家领地的欲望。不管“侵略战争”的全面定义怎样难下，出于上述动机的进攻不能不被定性为侵略战争。[60](www.xing528.com)
勒林法官同意这一观点。他的意见书认为，在这些首批审判中没有必要严格区分侵略与防卫。法庭需要审理的征服和非法扩张的战争，肯定是属于非法侵略范畴，不论给侵略下什么定义。也没有必要考虑，导致这些征服性战争的冲动是否可能部分产生于防卫方面。勒林法官感到帕尔法官的看法过于细微琐碎，需要对事实材料做太详细的研究，这样会使司法审查变得几乎不可能。[61]
另一方面，帕尔法官认为其他法官的论点过于简单。他指出，很多人试图为侵略战争找到一个满意的定义，但是遇到很大的困难。即便他接受那个说没有正当理由的战争就是侵略战争的定义，还是有很多重要问题需要解决。美国禁运剥夺了日本生存所必需的商品，这难道不是一种与武装冲突不相上下的战争方式吗？一个国家在什么程度上有道理为打击共产主义蔓延而干涉另一个国家的事务？自卫这个辩护理由，包括不包括维持一个国家在国际生活的现存大国政治体系中的地位？中立国家有多大的权利可以对交战国的行动发表敌意评论（特别是考虑到通讯的极大改进）？中立国家的经济抵制或制裁，对交战国行动的侵略性质发生什么作用？所谓西方强国在东半球的利益主要是建基于过去成功地“将军事暴力变为商业利润”，那么为此惩罚日本人是否公平？在帕尔法官看来，所有这些问题都与主题相关，所有这些问题的答案都对日本领导人有利。[62]
法庭需要解决的另一个主要论点是对侵略战争没有个人责任。辩方主张，战争是国家行为，不是个人行为。国际法规范的是国家之间的关系，不涉及个人。
多数判决书驳斥了这个论点。它又一次选择采用纽伦堡判决书的语言，宣告：“在某种情况下保护国家代表者的国际法原则，不能适用于那些在国际法上被谴责为犯罪的行为。”[63]贝尔纳法官专门表示同意这一裁定，他认为，作为自然法的一个学说，“个人不得把他自己行为所引发的责任隐藏在社团责任的背后”。[64]
哈拉尼利亚法官指出，国家能够犯罪的观念是虚构的，罪行都是由个人犯下的，即便他们的行为是国家行为。[65]唯独帕尔法官不同意这一点。他认为，组成政府并以政府代理人身份行事的个人，不应为其行为产生国际法上的刑事责任。他并且相信，国际社会还没有达到这样一个阶段，可以方便地利用司法程序判决并惩罚国家或者个人。[66]
既然辩方宣称侵略战争并非犯罪，那么自然引出关于战争中的杀人不构成谋杀的论点。即便是那些主张区分正义战争与非正义战争的人，也从来没有表示这种杀人就是谋杀。检方在回答这个论点时说，在一切现代法律体系中，除非有正当理由，任何其他的杀人都是非法的。根据国际法，侵略战争是一项国际罪行，因而在侵略战争过程中实行的杀人不可能被证实为国际法所承认的合法行为。
法庭的结论既没有使检方满意，也没有使辩方满意。它拒绝对这些新奇指控的有效性发表意见，指出：
不管在什么情况下，只要认定这个战争不是非法的，那么杀人的指控就和实行非法战争的指控一起，都不能成立。反之，在任何特定情况下，只要这个战争被认定为非法的，那么，不仅是在诉因中所指出的日期和地点，而且是在全部战区和整个战争期间，随之发生的杀人行为就都是非法的。我们认为根据谋杀诉因来处理这部分犯罪是没有好处的，因为非法实行那些战争的一切犯罪都包括在指控实行这类战争的诉因中了。
……
仅凭这些理由，而且我们发现，在这种情况下没有必要对谋杀指控的有效性发表意见，所以我们决定，没有必要确定第39项至第43项和第45项至第52项的诉因。[67]
哈拉尼利亚法官虽然属于多数派，但他在这一点上有不同意见。他认为，法庭不仅应该就谋杀指控做出判定，而且应该确认这些指控的有效性。宪章中所考虑的谋杀罪并不是战争中发生的普通杀人，而是与反人道罪的单独指控相关的杀人行为。法庭的立场使宪章中关于反人道罪的规定流于无效了。法庭说如果战争是合法的，那么相关的谋杀指控就一定不成立，这个宣称很危险。按照这个理论，进行合法战争的国家领导人就可以享有豁免权，随意而不加区别地实施或准许实施谋杀和其他的反人道罪行。合法战争不能成为犯罪和实施暴行的正当理由。[68]
帕尔法官得出与哈拉尼利亚法官完全相反的结论。就他的目的而言，他把谋杀指控分为两组：一组是进攻同盟国领地所引起的杀人，另一组是在日本占据的领土上杀害居住在那里的人。第一组杀人不是谋杀，因为战争既不合法也不非法。至于第二组，他同意，那种杀人是包含在更全面的第54项和第55项诉因之下的。[69]
辩方曾要求，驳回所有的共同谋议指控，因为共同谋议并非国际法中的一种罪行；即便它是罪行也不应受到起诉，因为共同谋议已经被并入实行侵略战争这个完整的实质性犯罪之中了。除了英美法系，共同谋议在任何法律体系内都不是犯罪行为。
多数派的判决书拒绝了这个理论。他们认为：“不可设想还有什么比共同谋议发动侵略战争和实行侵略战争更严重的罪行，因为这种共同谋议威胁了全世界各民族的安全，而其实行则破坏了这种安全。”[70]
东京法庭关于共同谋议发动侵略战争的观点与纽伦堡法庭有很大的不同。纽伦堡法庭区分了为策划、准备及实行侵略战争的共同谋议，与策划及准备侵略战争这两种罪行。东京法庭没有做这种区分，判决书说：
实行侵略战争或非法战争的共同谋议发生于二人或二人以上同意执行这项犯罪之时。其后，为推行此项共同谋议继续从事这类战争的策划和准备。在此阶段上的参加者，可以分为最初的共同谋议者或以后的加入者。如果后者赞成共同谋议的目的，并为其实现进行策划和准备，那么他们就成为共同谋议者。据此，鉴于全体被告均受到共同谋议罪指控，我们认为对于或将判为犯共同谋议罪的被告，不必再判以策划和准备侵略战争罪。换句话说，虽然我们对这些指控的合理性并无疑问，但是对于或将判为犯共同谋议罪的被告，我们认为不必再按第6项至第17项诉因考虑定罪。[71]
东京法庭通常沿袭纽伦堡法庭的先例，但在这里偏离了纽伦堡先例。对此，一个可能的解释或许在于两份起诉书里的共同谋议诉因不尽相同。在纽伦堡，所指控的犯罪是“为策划、准备、发动和实行侵略战争进行共同谋议”，而东京的指控只是“为实行侵略战争进行共同谋议”。
比偏离纽伦堡先例更为不同寻常的是，东京法庭以何种方式将参与共同谋议所引起的责任原则应用于为实行侵略战争的实质性罪行定罪的问题。现代法律体系普遍承认，除了实际执行犯罪行为的人以外，其他人也可能就此行为有罪。因此，这些法院会判定一项犯罪行为中所有的领导者、组织者、教唆者及从属者都在此罪行中有罪。这个一般法律原则在东京宪章中得到明确承认。尽管如此，法庭仍然判定某些被告犯了为实行侵略战争进行共同谋议之罪，却没有犯实行侵略战争之罪。实际上，法庭否决了辩方关于共同谋议罪已经并入实质性罪行的论点，但同时却给予辩方更大的利益——假如法庭采纳辩方论点，或者沿袭公认的刑事责任规则的话，辩方反而得不到这么大的利益。
哈拉尼利亚法官不同意多数派法官将“策划和准备”等同于共同谋议的看法。[72]贝尔纳法官认为，“策划和准备”是比共同谋议更严重的指控，因而对前者，法庭是应该予以考虑的。[73]韦伯庭长和帕尔法官的意见是，共同谋议不是国际法中的一种罪行。韦伯庭长说：
一项纯粹的共同谋议[74]，如果意在寻求战争、犯普通战争罪或反人道罪，那么它很可能应该是一种罪行，但是本法庭并不是要去确定法律应该是什么，而是要确定当前的法律是什么。当一项罪名被国际法创立后，本法庭可以依普遍适用的规则来确定刑事责任的幅度；但是本法庭无权创立一个纯粹共同谋议的罪名，无论是基于英美法概念，还是基于法庭所理解的各国国内法中共同谋议罪的共有特征。许多国家的国内法可能将影响国家安全的纯粹共同谋议作为一种罪行对待，但假如本法庭宣布为了国际秩序的安全，存在纯粹共同谋议罪的话，这将不亚于一种司法性立法行为了。
宪章第5条宣布，参与共同计划或共同谋议是犯下反和平罪的一个手段，而且参与制订或执行这种共同计划或共同谋议的领导者、组织者、教唆者及从属者，对任何人在执行这个计划中做出的一切行为均应负责。这符合刑事责任的普遍规则；在任何地方，当实质性罪行已经发生，领导者、组织者、教唆者及从属者都是负有法律责任的。[75]
帕尔法官的主张顺理成章地出自他关于侵略战争的实质行为并非犯罪的结论，但是他也另行得出一个独立的结论，即共同谋议本身在国际生活中还不是一种罪行。[76]
在多数派法官方面，虽然完全采纳了适用于侵略战争的共同谋议理论，但他们还是沿袭纽伦堡法庭的先例，以缺乏管辖权为由，拒绝了除指控实行侵略战争的共同谋议以外所有其他的共同谋议诉因。[77]哈拉尼利亚法官对此论点强烈反对。[78]贝尔纳法官也很反对法庭拒绝关于普通战争罪和反人道罪的共同谋议诉因，不过他同意法庭裁定不受理关于谋杀罪的共同谋议指控。[79]
与法庭将策划侵略战争并入共同谋议一样，发动侵略战争的指控被依附在实行侵略战争的诉因之中。判决书虽然承认在某些情况下，发动侵略战争可能有另一个含义，但这个词组在起诉书中指的只是开始敌对行为，因而也包含了实际实行侵略战争。有鉴于此，在考虑实行侵略战争指控的情况下，就没有理由同时考虑发动侵略战争的诉因。[80]哈拉尼利亚法官对此不以为然。在他看来，实行侵略战争可能，但不一定包括发动侵略战争。[81]
在整个诉讼过程中，检方特别强调在无警告突袭珍珠港和英联邦属地的行动中产生的发动战争罪和谋杀罪。他们提交了很多证据，显示日本领导人如何处心积虑避开《海牙第三公约》关于敌对行动开始前应给出预先和明确无误的警告这个要求。法庭尽管主张不需要单独考虑发动战争和谋杀的诉因，但仍然认为这个问题值得特别判定。《海牙第三公约》——
毫无疑问，规定了在开始敌对行为之前做出预先、明确警告的义务，但从给予警告至开始敌对行为之间究竟应有多长时间，并没有规定。这是公约起草者所面临的处境，也是这个公约成立以来国际法学者之间经常争论的题目。关于警告和敌对行为之间的时间长短问题，当然是一个重大问题。如果时间不足以使对方能将警告传知驻在远地的军队，驻军没有时间采取防卫准备，那么驻军就可能失去自卫的机会而被打垮。正是由于存在对公约义务的这个争议，使东乡得以……报告说，关于义务上的警告时长有各种各样的意见……。总之，他们所决定的是在敌对行为开始的很短时间之前才发出停止谈判的通告，以确保被攻击地点的英美军队不能得到谈判破裂的警告。……
我们认为宣告以上事实判定是正确的，因为对这些事项已有大量的证据和争论，不过主要还是为了唤起对公约现有内容中缺点的注意。既然有做狭义解释的可能，那么寡廉鲜耻的人就会企图一方面不违反狭义解释的义务，同时使他们的攻击确实能达到突然袭击的目的。如果为突袭目的把余裕时间减少到如此程度，一旦发生错误、意外或疏忽就会使警告传达过迟，很可能在实际上就没有执行符合公约义务的事前警告。[82]
辩方另一个论点的根据是宽恕和禁止反言（estoppel）。他们主张，既然受委屈的国家继续其与日本的外交关系，那它们在任何时候都可以按照国际惯例求助于公认的补救方式。但它们没有利用非战争措施或者必要时的战争措施，这意味着它们实际上在事情发生后宽恕了日本侵略并成为协同者，因而不再有权审判日本领导人。
法庭认为：“无论是国内还是国际刑事责任问题上，对任何法庭来说，明示或默示地支持宽恕犯罪行为，都是违反公共利益的。”[83]
4名被告有特别的法律辩护理由。板垣、木村、武藤和佐藤曾任战地军队指挥官并向盟军投降。据此，他们声称获得了战俘身份，有权受《日内瓦公约》第60条和63条的保护。第60条要求，在对战俘开始司法程序时，拘留国应通知他所属国家的保护国。第63条要求，对战俘的判决应由拘留国对其本国武装部队人员审讯的同一种法庭并依照同样的程序予以宣布。与公约规定相反，对被告的审讯未经通知保护国，并且审讯机构是一个国际法庭而不是公约所指的军事法庭。
法庭驳回了这个辩护论点，明确采纳了美国最高法院在“山下案”中的裁定，即《日内瓦公约》的规定只适用于对战俘在被俘期间犯罪时的审判程序，而不涉及任何其他种类的犯罪。[84]
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