为避免代表两名或更多的被告重复提交同样的证据，同时又保护每一名被告的个人利益，辩方律师采纳了一个联合陈述的计划。按照这个计划，如果有些证据支持的是对大多数或全体被告共同适用的辩护理由，那就首先把这样的证据提交法庭。在这部分证据展示完毕后，轮到每一名被告就自己特定的辩护理由提交相关的补充证据或新证据。在个人陈述时，对联合辩护表示不同意见的被告将提交自己的相反证据。
虽然各被告相互冲突的个人利益不利于统一的和整体化的案情陈述，但我们必须注意，这并不是造成下述事实的决定性原因：很多辩方证据实际上在支持（而不是反驳）检方案情。出现这种状况的原因完全是日本式的，而美国的辩护律师无能为力，不知如何应对。他们尽自己的努力和能力，提出可以使用的最佳辩护，但最多也只能做到这里了；要想保住当事人和日本律师同行对自己的完全信任，他们不可能违背那些人的意愿。他们可以提建议、摆理由或者尽量劝诱，但是无法坚持己见，也不能做决定。他们不得不接受许多自己并不同意的东西，不得不允许日本人提交文不对题的证据。日本人对于什么是切题论证的观点常常与法庭和美国辩护律师的观点大相径庭。日本律师和被告大都相信，争辩就等于证明——在这种看法的压迫下，美国律师只能眼睁睁地看着日本证人夸夸其谈，以宽泛说辞支持辩方论点；然后一到交叉询问阶段，就只得承认一个又一个反过来支持检方案情的事实。这里需要考虑的因素主要是如何正确理解辩方的案情，这些因素使律师们对一个有限工作范围内的辩方案情做出充分分析变得极为困难。
辩方的联合开场陈词于1947年2月24日发表，其主要部分是围绕两个主题展开论述。较为次要的主题是否认被告们在犯反和平罪时存在共同谋议和联合行动。重要的主题是声称，被告们以及日本政府所做的一切都是针对其他国家挑衅的自卫行动，那些国家威胁并干涉日本在亚洲得到公认的合法权利和日本的民族生存权。
辩方在联合案情陈述中用了一个修改过的分阶段计划，将整个案件分为概论、满洲、中国、苏联和太平洋这五个单元。
在概论单元的第一部分，辩方详细论述了检方关于日本政府和背景事件的基本材料。就日本政府的运作而言，辩方接受并证实了检方的版本，但是激烈反驳检方试图引出的某些推论。背景证据包括日本、中国、俄国、美国和英国之间的早期条约、公约和其他外交换文等，显示日本在1928年以前取得了关东半岛上的某种租借权，这种租借权被各国完全承认，并且是日本有权加以保护的。
第二部分试图通过其他国家的声明和行动来确认国际法现状。辩方在这部分中希望表明，包括一些起诉国在内的其他国家在1928年到1945年间，曾做出相似于被告受到检控的行为，并曾发表与“侵略战争是国际法中的犯罪”观点相反的声明。法庭拒绝了这种证据。它裁定，苏联与波罗的海国家、波兰及罗马尼亚之间的关系、英国与伊朗之间的关系、美国与丹麦之间的关系，这些都是次要的，和法庭审理的事实问题无关。法庭进一步裁定，就那些声明反映国际法状况而言，它们不是合适的证据，但是可以在它们作为国际法适当渊源的程度上，被用于对法律问题的争论。
第三部分的意图是显示被告中不存在共同谋议。辩方争辩道，检方证据本身就说明历届内阁成员并没有足够的连续性，因而不能得出被告们彼此进行共同谋议的结论。辩方还说，既然有时候被告们之间对政策问题意见各异，就表示他们之间不存在持续的共同谋议。
辩方提交证词，就某些内阁的情况反驳检方关于执行共同计划与那些政府倒台之间有关系的证据。为了证明这一点，辩方依赖一个新闻记者的证词，他基于历次换届时的官方解释，对那些内阁的兴衰做过特别分析。他作证说，各届内阁纯粹是因为国内原因而倒台的。
辩方的证人们还坚称，“八纮一宇”“东亚新秩序”和“大东亚共荣圈”这些词语的意思被歪曲误解了，它们没有涉及军事侵略的恶毒或犯罪的含义。“八纮一宇”两千年来都意味着“全球兄弟情义”，而不是日本统治全世界。“东亚新秩序”为所有亚洲民族的进步和发展而推进这个全球理念，以使亚洲民族能够独立，在世界财富中得到自己公平的份额。日本没有将“大东亚共荣圈”强加于人，但是其他亚洲民族自愿加入，为的是获取独立、改善命运和按照其本国制度得到发展。
辩方说，大政翼赞会并不是一个为战争目的控制人民的工具。它公开宣称的功能是作为政府与人民之间的媒介，使人民了解政府的政策，也使政府知道人民的愿望。
第四部分是要表明，日本的经济活动并非指向侵略战争，而是为国内经济和保护自身不受西方列强经济围困所必需的。辩方承认，检方关于重点产业增长的统计数字是正确的，但是反对检方试图用这些材料做出的推论。证人们声称，直到1941年12月的几个月之前，日本当时都还没有为太平洋战争做准备。他们说，1937年关于扩大战争工业的计划是基于和平时期的预算，这些计划不足以满足计划制订后开始的中国战事的需要。
概论单元的第五部分挑战检方关于利用学校和宣传手段使日本人民做好战争心理准备的证据。按照辩方证人的说法，学校内的军训制度和校外的青年军训体系是为了改进年轻人的身体和精神纪律，并通过鼓励爱国主义和自我牺牲、独立精神，以及培养自立、服从的习惯，来全面提升年轻人的素质。
还有证词显示，电影没有被用来为日本人准备战争。辩方证人断言，日本政府从来没有兴趣把电影当作传播信息的媒介，军方同样没有利用过电影的宣传价值。极少的电影有军方背景，没有一部鼓吹军国主义或侵略战争。电影受到严格审查，是为了去除那些道德上令人反感的或容易引起外国猜忌的内容。对外国电影，1941年以前只有很轻微的限制。
概论单元完毕之后，联合陈述的其余四个单元大体上致力于同一个主要论点，即，辩方和日本所有的被控犯罪行为都是为了自卫。前面的概论单元里已经为支持这个论点做出了一些努力，但系统化地运用这个辩护理由是从满洲单元开头的。辩方坚称，在1931年的敌对行动开始之前，中国的情势威胁着日本国民在满洲的生命财产和日本在这一地区的特殊权利，“奉天事件”是中国人惹起的，日本努力将军事行动限制在一定范围内，但是中国军队阻止了这种努力；满洲独立运动是自发的，日本也没有剥削满洲。
关于麻醉毒品，辩方说，制定《鸦片法》是为了根据所有国家批准的做法压制毒品的使用。证人作证说，法律制定后得到严格执行，还为治疗有毒瘾的人设立了特别的医院。这些政策使上瘾者的人数大大下降，到1944年已经从超过一百万人减少到大约二十二万人。在很多城市和地区，吸食鸦片完全消失了，社交性吸食的中国习俗受到彻底查禁。执行这些政策的最初阶段需要宽大处理，并且需要通过有执照的商店向有瘾者出售毒品，以便保证这些人的登记和政府对情况的控制。一旦登记完成，就可以通过配额制度、政府运营的商店和反鸦片清洗而获得进一步的有利结果。尽管辩方承认鸦片收入增加了，但他们声称，这种收入中的大部分被用来查禁毒品使用和治疗有毒瘾的人。
在中国单元，辩方试图确立六个主张：（1）日本于1937年7月7日及其后在中国北方的冲突中所做的只是自卫行为；（2）敌对行动起因于中国共产党要把日本拖入与中国作战的阴谋；（3）中国中部的敌对行动与中国北方的敌对行动是完全没有关系的，日本在中国中部同样是出于自卫而行事；（4）检方关于在中国之暴行的证据是错误的、夸张的，这种暴行如有发生都被严厉惩罚了；（5）日本没有企图在经济上控制中国，实际上也没有实行这种控制；（6）汪精卫政府及其前身是独立的中国政权，不是日本傀儡。
下一个单元，辩方把很多时间和很大努力用在反驳日本侵略苏联的指控上，提出四点论证。首先，1936年的《反共产国际协定》不是为了侵略的德日联合方案，而是一个阻止共产主义蔓延的计划。其次，发生在哈桑湖和诺门坎的冲突不是侵略战争，也不是为试验日本对抗苏联的力量，而是有限的“边界事件”或意外。第三，日本以及被告们都从来没有计划或准备过针对苏联的侵略战争。最后，日本一贯在文字和精神两方面都遵守它与苏联之间的中立条约。
辩方联合案情陈述的最后一个单元涉及日本对西方列强战争的各个方面。辩方把证据分成七个部分一一呈现。(www.xing528.com)
第一部分的主题是，在日本与德国和意大利之间并不存在持续性的关系或政策。为支持这个论点，德国和日本证人抨击辩方提交的德国官方文件不真实。根据辩方引进的口头和书面证据，在德苏中立条约签署的时候，日本停止了与德国缔结军事同盟的谈判。日本政府和军方都对德国的背信弃义感到愤怒，因此阿部和米内内阁都把改善与美国关系当作对外政策的主要目标。德国在1940年5月的胜利使它很有可能在东亚取代法国和荷兰的地位，这给日本政府和军方领导人敲响了警钟。日本与德国并没有真正的合作，日本和它的轴心国盟友在整个军事行动期间从事的都是完全分开的战争。
第二部分的目标是显示，在珍珠港事件之前的几年里，西方列强处心积虑、协同一致地对日本施加经济和军事压力，直到形势变得如此严酷难忍，以致日本最终被迫为自己的生存而战；而且西方列强的愿望就是要让日本开打第一炮，日本顺应了这个愿望。
第三部分讲述1941年日本与美国的谈判。在这部分中，辩方没有质疑检方证据，而是把新材料限制在细节或解释方面。然而，他们强烈反对检方试图从证据中引出的推论。他们争辩道，日本领导人尽了一切努力去和美国达成友好协议。
第四部分主要是为被告中的海军将领辩护。辩方在这部分中希望证明，日本海军的教育和习惯是不愿意卷入政治的。它从来没有用宣传手段去灌输征服精神，而是把对海军官兵的教育限制在普通的学业和海军科目以及道德指引上。因此，海军始终对日本军事领导人施加一种抑制性的影响。
日本与法国的关系是第五部分所考虑的内容。辩方否认日本政府或军方对印度支那有任何侵略意图。为了尽快结束中国战事，有必要将日本军队置于海南岛和印度支那。这个计划是经过合法组成的法国政府同意与合作而实现的。对印度支那和海南岛的占领是为应付军事上的紧急需要所采取的权宜之计。日本的坚定意图是，一旦与中国媾和，就会把所有的军队撤离法国领地。
第六部分的主题是，日本军队并没有在长达几年的时间里准备与西方列强交战。辩方承认日本军队人数大大增加，但辩解说，全部扩军都是出于中国战事的需要，没有任何一部分是在准备与其他国家开战。事实上，日本为了执行南方的军事行动，不得不从中国撤回部分军队。直到1941年7月2日御前会议之后，日本才开始拟订一个不同于全军通常防卫方案的行动计划；而且直到1941年9月6日的御前会议之后，日本军队才为了与西方列强的战争进行集中准备。
在第七部分，辩方回应普通战争罪和反人道罪的指控。辩方声称，日本在一切细节上都遵守了《海牙公约》的要求。对《日内瓦公约》，虽然它由于习俗、惯例和军事纪律理念不同而没有批准，但它依然尽力履行自己的义务，即，在情况允许时将公约规定“做必要变通后”予以适用。
辩方进一步争辩道，即便日本没有做到遵守公约规定，那也不是出于它的意愿，而是同盟国无限制的轰炸和潜艇战的结果，这摧毁了日本超过80%的商船。在战争中，日本的通信和交通系统受到极严重的损坏，使得政府和高层战地指挥官无法维持对下面的联络和控制。在这样的环境中，日本人民与被俘者同样苦于缺少食物和医药，政府也没有能力对此做出改善。给大多数被俘者的待遇是公道的，也是符合国际协议和习惯的。
联合辩护结束后，每一名被告开始进行个人辩护。有16名被告——荒木、桥本、板垣、贺屋、木户、小矶、松井、南、武藤、冈、大岛、岛田、白鸟、铃木、东乡和东条——走上证人席反驳检方的指控。他们所有人都提供了其他证人和文件支持自己的证词。其余9名被告——土肥原、畑、平沼、广田、星野、木村、佐藤、重光和梅津——选择不上台作证，但他们每人也通过证人和文件出示了证据。对于没有自愿接受询问的被告，法庭按照宪章具有向他们提问的权力，但是由于法庭拒绝行使这个权力，法庭记录里便没有出现这9名被告的个人解释。按照英美司法实践，检方同意不会因为某一被告不上台作证而得出不利于他的推论，法庭对此也是默许的。
所有被告都继续发挥联合陈述时已经提出的论点，即他们的所作所为是正当有理的自卫行动。他们真诚地相信，日本的民族生存受到在中国的共产主义活动和动乱的威胁，也受到苏联进犯及西方列强联合行动的威胁。这些传到境外的事件，无论被告们的解释是否正确，他们作为日本政府和军事机构正式任命的官员，负有保卫日本国防和促进日本人民福祉的责任。他们一向力求不诉诸武装冲突而获取日本防务和生存所必需的物资及安全，但是当这种努力一一失败，日本的民族生存受到威胁的时候，他们便没有其他选择，只能进入战争状态。
被告们还否认有任何作为要件的犯罪意图存在。首先，他们声称从来不知道自己的行动是非法的；在他们从事那些行动之前，没有人认为那些是非法或犯罪的行动，也没有人将那些行动视为违反国际法。其次，他们努力维持和平，希望友好解决极端困难的问题，这就说明根本不存在犯罪意图。
在责任问题上，被告们出现了不同的说法。只有东条一个人完全依赖自卫和犯罪意图缺失这两个辩护理由。他为自己的一切所作所为承担完全责任，并不试图以任何方式减轻他所参与的决定和行动的重要性。他在当年和现在都相信，那些行为是必要的，也是不可避免的。他曾经希望用和平手段达到目的；但是当这个希望无法实现的时候，他便按照自己的信念行事，这信念就是必须通过战争来达到目的。
其他被告则要么否认自己的责任，要么贬低自己所扮演角色的重要性。政府中的文官辩解道，他们没有权力对抗军方。陆军省和参谋总部的成员说，俘虏们的拘押和管理是战地部队的职能。战地指挥官却声称，他们只是听从政府和参谋总部的命令。
尽管法庭宪章明文否定上级命令作为辩护理由的有效性，军队和外交界的被告仍然以此为自己辩解。不少被告还主张，检方试图以“转承责任”的理论使他们代人受过，因为那些事情不是他们自己，而是他们的下属所做的。
被告们都没有提出国家首脑的豁免权作为辩护理由。按照日本宪法体系，天皇才是国家首脑，因此这个辩护理由对他们来说是不成立的。然而他们的确提出了两个相关的辩护根据。那些最高机构的头目说，作为一个主权国家的政府要员，他们不应为自己代表国家所做的行为向任何其他国家或国家集团负责，也不应为此向国际社会负责。即便他们的行为违反了国际法，充其量他们只应向自己的主权国家承担责任。另外，有两名被告主张外交豁免权。大岛和白鸟说，作为大使，他们理应为一切行为享有外交豁免权，尽管他们受到指控的罪行并不是针对他们被派遣前往的国家，而是针对其他国家和国际社会的。
辩方花了187天举证，然后在1948年1月12日结束了他们的案情陈述。
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