1945年12月8日，检方最初的二十来个法律工作者开始了他们的征程——历史上承担类似规模和范围之任务的任何一群人恐怕也不会像他们当时那样毫无准备。虽说他们大体上知晓1928年以来日本历史上的重要事件和国际关系，但很少有人真正了解日本、日本人，或者参与战争的主要人物，也很少有人真正意识到他们扛起的担子有多么重大。而且，华盛顿或任何地方都没有为收集证据、整合资料做出任何有实质价值的事情。幸亏在东京的盟军最高司令部属下有几个人，他们有资格帮检方获得必要的背景知识。而且调查刚开始，好运就突然降临。内大臣木户幸一侯爵是主要战犯嫌疑人之一，他主动向检方交出了涵盖整个被调查时期的全部日记。这部日记不仅是非常宝贵的证据，而且还成为检方的工作圣经和一切深入调查的主钥匙。
证据材料的完全缺失，迫使全体美国法律工作人员（当时在东京的只有这么多）几乎倾巢出动，把全部精力投入调查工作。在接下来的两个月里，除了六位律师以外的所有人都在对主要犯罪嫌疑人和其他日本军政大员进行侦讯。每一名犯罪嫌疑人及其他大人物在这两个月中都受到讯问，至少是部分讯问，检察团队为其供述制作了速记誊写记录。其后进一步的侦讯工作正常持续下去，但是随着起诉书的提交，对被告的讯问便完全停止了。检方通过这段时间的工作得到了很宝贵的材料，可惜没有实现讯问的全部价值，主要是讯问者背景知识不足的缘故。
在进行讯问的同时，检察团队形成了一个获取文件证据的计划。调查人员前往日本政府各省和几个陆海军机构，没收了它们的重要文件。这些文件记录都立即交给检察局文件处和语言翻译处去处理。只有那些重要性无可置疑的文件才会全文翻译成英语。
到1946年2月中旬，大多数盟国代表团都已经来到东京，检方执行委员会便开始了它的主要任务，即挑选被告和准备起诉书。从侦讯和文件记录中已经收集到足够的证据，至少可以表明哪些人会成为主要被告，以及起诉书的基本走向是什么。从事讯问的大多数检方律师现在被免除了这项责任，转而受命根据已有证据为每一名主要犯罪嫌疑人编制卷宗，并且就其应该入选还是排除出首批被告名单提出建议。这些卷宗成为执行委员会据以做出判断的原始材料。
执行委员会多次召开漫长会议，讨论被告的选择问题。他们将每一犯罪嫌疑人与其他犯罪嫌疑人的罪行相互比较，权衡轻重，经历了艰难的过程才做出最后决定。委员会对每一份卷宗予以仔细考虑和分析；如果对某一犯罪嫌疑人的入选或者排除没有达成一致意见，就会邀请其他律师审视这一事项并准备新的卷宗。对于有高度争议的人物，委员会召见编制卷宗的律师前来详细陈述观点，并就后者的建议向其严格质询提问。
在做出选择时，执行委员会成员遵循某些入选或排除的考查标准。首先，委员会自动去掉所有不能被指控犯有反和平罪的人。其次，委员会尽量选择有代表性的被告组合。这就提出了一个双重问题，它不仅意味着被告应来自日本侵略战争中起到决定作用的各个政府分支（例如内阁、枢密院、参谋总部），而且要考虑日本侵略的漫长历史中每一个重要阶段都有充分的代表。第三，选出来代表某一特定机构或历史阶段的被告，应该是为所犯罪行负有首要责任的主要领导。最后，针对每一名入选被告的证据一定要非常强大，使他基本上没有机会被无罪开释，否则概不列入名单。
最初的选择没有征求苏联陪席检察官的意见，因为他迟至1946年4月才加入检察团队，那时候离预定向法庭提交起诉书的日期只差几天了。苏联检察官到达后同意了已经挑选出的被告，但请求加上重光葵和梅津美治郎的名字，并保证会有充分证据证明他们有罪。检察局在得到这个保证后加上了这两名被告。
执行委员会曾经希望，把第一次审判（它最终成为第一次也是唯一一次审判）的被告人数限制在十五名，但是案件所涉及的时期长、重大事件多，因而不可能选出一个人数少于二十八名的被告群体。即便是这份最终名单，也还是排除了侵略政策的许多主要领导人，其中有些人已经死了，有些人年纪太大，检方怀疑后者也许活不到审判结束的时候。要是这些人能受审，他们无疑会替换掉最后选出的一些被告。
列入起诉书的被告是：荒木贞夫、土肥原贤二、桥本欣五郎、畑俊六、平沼骐一郎、广田弘毅、星野直树、板垣征四郎、贺屋星宣、木户幸一、木村兵太郎、小矶国昭、松井石根、松冈洋右、南次郎、武藤章、永野修身、冈敬纯、大川周明、大岛浩、佐藤贤了、重光葵、岛田繁太郎、白鸟敏夫、铃木贞一、东乡茂德、东条英机、梅津美治郎。[30]
所有的被告，除大川和桥本以外，都曾处于政府和军队的最高位置。其中包括：
首相[31]：广田、平沼、东条、小矶
外务大臣：广田、松冈、东乡、重光
陆军大臣：南、荒木、板垣、畑、东条
海军大臣：永野、岛田
大藏大臣：贺屋
文部大臣：木户、荒木
内务大臣：平沼、木户、东条
拓殖务大臣：小矶、东乡
大东亚大臣：重光、东乡
企划院总裁：星野、铃木(www.xing528.com)
无任所大臣：平沼、星野、铃木
陆军参谋总长：东条、梅津
内大臣：木户
枢密院议长：平沼
驻外大使：大岛、白鸟、重光、东乡
最终选出的被告名单有两个引人注目的遗漏。日本天皇没有被起诉。同样，起诉书中没有一个实业界人士。这两个决定遭到大量议论和一些批评。
关于天皇在日本侵略中所起的作用是从两个不同角度做出研究的：一个是他在日本政府机制中的作用，另一个是他在支持或反对顾问们的侵略政策中所起的个人作用。从理论和实践两方面对政府机制的研究显示，天皇扮演的角色只是一个有名无实的首领。
实业家的问题比较复杂。虽然有证据显示，某些实业家在某种程度上用战俘当劳工，有时候甚至虐待战俘，但是在东京法庭上不能只为这些罪行指控他们，除非能够同时指控他们犯有反和平罪。可以肯定的是，假如没有实业界的协助，军事和政府领导人是不可能实行他们的侵略计划的。然而这不是决定性的问题。我们必须在两种实业家之间做出明确区分：第一种人是由于爱国或经济原因完成政府订单，包括武器、军需品和用于侵略战争的其他物资；另一种人是出于经济或其他理由，协助、唆使军政领袖或与军政领袖合作，制订及实行侵略计划。只有后一种实业家才能适当称为犯下了反和平罪。究竟有没有任何实业家享有主要政策制定者的地位，执行委员会没有得到令人满意的证据。根据日本的情势，重要的是就一位实业家而言，只有在几乎肯定能将他定罪的情况下才应对他提起诉讼，否则任何一个无罪判决就很可能被视为对整个日本实业界和所有实业家的总体认可。
在执行委员会认真挑选被告的同时，起草起诉书的工作也开始了。成立了一个准备起诉书的分会，以英国陪席检察官阿瑟·柯明斯-卡尔为首。柯明斯-卡尔先生本人做了大部分起草工作，最后采纳的起诉书在很大程度上是一份英国文件。起诉书在某种程度上脱离了纽伦堡的模式，最明显的区别是它把通向和推进侵略战争的每一步犯罪行为都作为分别的罪行一一详述，把它们列为单独的诉因。另外，支持诉因的细节没有放进正文，而是包含在起诉书的五个附录里面了。
起诉书正文有55条诉因，分为三组。第一组是“反和平罪”，由诉因第1至36项组成；第二组名称为“谋杀”，包含诉因第37至52项；第三组标题是“其他普通战争罪与反人道罪”，下面有三项诉因，即诉因第53至55项。
第一组中的诉因1至5是关于反和平罪的共同谋议诉因，指控被告为侵略战争和违反国际法、条约、协定及保证的战争而进行共同谋议。诉因1是基本罪状，涵盖日本侵略的整个范围，指控被告从1928年到1945年卷入一个广泛、持续的共同谋议——
其目的系在取得日本对东亚和太平洋、印度洋以及其接壤各国和洋内各岛屿之陆海军事及政治、经济的控制地位，并且为此目的，单独地或者联合那些怀有类似目的或那些可被劝诱或胁迫加入的其他国家，对任何可能反对此目的之国家实行经宣战或不经宣战的侵略战争和违反国际法、条约、协定及保证之战争。
这项诉因指控存在一个单一的巨大阴谋，为的是实行从1928年直到1945年所有的日本侵略战争。然而在起草起诉书的时候，虽然有证据清楚表明1935年和1936年以后的日本侵略行动从属于一个单一的共同计划，而且已经有一些证据显示1931年到1934年对中国的侵略也是同一阴谋的一部分，但是要确立后面这一点的证据说服力还是差得太远，因而不能完全依赖声称存在单一巨大共同谋议的仅此一项诉因。为避免纯粹由于这个共同谋议指控过分宽泛而造成参与者无罪开释，检方出于谨慎，把全面共同谋议分解为组成它的一个个较小阴谋，这样构成了诉因第2至5项。诉因2指控被告对中国实行侵略战争的共同谋议，目的是取得对满洲[32]的控制地位。诉因3指控针对中国的类似共同谋议，为的是控制整个中国。诉因4指控被告对美国、英联邦、法国、荷兰、中国、葡萄牙、泰国、菲律宾和苏联实行侵略战争的共同谋议，以取得对东亚和太平洋、印度洋的控制地位。诉因5指控的是被告与德国和意大利之间有一个针对上述各国的实行侵略战争的共同谋议，目的在于控制全世界，其中每个侵略国各有自己的特殊控制范围。
实质性的反和平罪列于第6至36项诉因。第6至17项指控全体被告策划及准备对澳大利亚、加拿大、中国、法国、印度、荷兰、新西兰、菲律宾、泰国、苏联、英国和美国的侵略战争。第18至26项指控他们发动对上述各国（除荷兰外）的侵略战争。第27至36项指控全体被告对各国实行所计划的战争。
起诉书中的第二组诉因，在某些情况下指控全体被告，在另一些情况下指控某些被告，犯有谋杀罪行或谋杀的共同谋议。诉因第37和38项指控被告，通过发动违反1928年8月27日的《巴黎公约》及其他条约和公约的非法武装冲突，杀害某些同盟国及泰国的武装部队成员和平民。第39至43项指控某些被告在1941年12月7、8两日，在珍珠港、哥打巴鲁、香港、达沃，以及英国海燕号舰上犯下谋杀罪。诉因44指控全体被告，通过促使或允许大规模杀害日本控制下的战俘或平民，犯下谋杀的共同谋议。诉因第45至50项指控被告在南京、广州、汉口、长沙、衡阳、桂林、柳州，杀害中国已解除武装的军人和平民。诉因51和诉因52指控被告在哈尔金河地区杀害蒙古和苏联的武装部队成员，并在哈桑湖地区杀害苏联武装部队成员。
从国际刑法发展的观点来看，这些谋杀诉因是特别有意思的。杀害日本控制下的同盟国战俘和平民属于经典的普通战争罪和反人道罪，相当于纽伦堡起诉书中的类似指控。但是，东京起诉书所指控的谋杀罪不限于普通战争罪和反人道罪意义上的谋杀，而是还包括作为反和平罪的谋杀。
第三组诉因指控被告犯有普通战争罪和反人道罪。诉因53指控被告的共同谋议，目的是命令、授权及准许日本陆海军和警察对敌国武装部队、战俘和平民采取违反战争法规和惯例的行动，并使日本政府避免采取适当步骤以确保遵守并防止破坏战争法规和惯例。诉因54指控被告命令、授权并准许违反战争法规和惯例的行为；诉因55则断言，他们故意并鲁莽地漠视自己的法律义务，不采取适当步骤以确保遵守并防止破坏战争法规和惯例，因而违反了战争法。
指控被告的罪行细节列于起诉书的五个附录中。附录A是检方欲赖以确立反和平罪行为的主要事项和事件摘要。附录B和附录C包含日本所违反的条约规定和官方保证。附录D概括了日本在战争法规和惯例项下的义务，并列出对这些义务的15种违反方式。附录E叙述了被告就所指控罪行应负的个人责任，列明每个被告的主要职位，以及他们参加过哪些研究制定日本侵略政策的重要会议的记录。
起诉书由首席检察官和代表各国的所有陪席检察官签署，在1946年4月29日提交法庭。然后法庭确定了1946年5月3日开庭，由被告做出是否认罪的回答。
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