根据前述指令为国际法庭制订计划的责任落到了国际检察局局长肩上。他和他的下属同事们提出的建议基本上被纳入1946年1月19日的《远东国际军事法庭宪章》之中。[26]由于其他同盟国检察官在宪章颁布前还都没有到达日本，最初的文件完全是由美国起草的。将近1946年1月底的时候，各国陪席检察官开始加入国际检察局，大家立即考虑修改宪章，把陪席检察官们的建议包含进去。1946年4月26日，在除印度外的所有同盟国代表团都有机会提出建议之后，根据这些建议以及远东委员会政策决定所要求的变动，对宪章加以修订。[27]
修订后的宪章由17条组成，分为五章。第一章包括第1至4条，关乎法庭的机制。第1条指出法庭的设立是为了公正而迅速地处罚远东主要战争罪犯。第2条规定了法院成员（法官）的人数不少于六名、不多于十一名，由盟军最高司令官从日本投降书各签字国及印度和菲律宾所提交的人选名单中任命。第3条确定的法庭官员是：由最高司令官从法官中任命的一位庭长，以及同样是由最高司令官任命的一位书记官长。书记官长负责指挥书记官室的工作，包括接受所有文件、保管记录、为法庭提供事务上的服务等。第4条规定六名法官可以正式开庭，全体成员的多数出席方得构成法定人数。一切决定都要由出席成员的多数表决做出，如正反方票数相等则庭长一票具有决定效力。任何一段时间缺席的成员仍可参加以后的一切诉讼程序，除非他在公开庭上声明由于对之前的诉讼缺乏充分了解而丧失资格。
宪章第二章界定了法庭的管辖权，并宣布了关于审判的某些一般规定。第5条开头的两句话赋予法庭审判及惩罚远东战犯的权力，这些战犯被控以个人身份或团体成员身份犯有包括反和平罪在内的各种罪行。法庭可以审判及惩罚的这种人的行为是：
（a）反和平罪：指策划、准备、发动或实行一场经宣战或不经宣战之侵略战争，或违反国际法、条约、协定或保证之战争，或参与为实现上述任何行为之共同计划或共同谋议；
（b）普通战争罪：指违反战争法规或战争惯例之行为。
（c）反人道罪：指战争发生前或战争进行中的杀害、灭绝、奴役、强迫迁徙，以及其他非人道行为；或者基于政治上的或种族上的理由而进行的旨在实现有关本法庭管辖范围内任何罪行之迫害行为，不论这种行为是否违反罪行所发生国家的国内法。
第5条余下的句子和第6条涉及被告的责任问题。凡参与制定或执行共同谋议的领导者、组织者、教唆者及从属者，对于任何人在执行此种共同谋议中做出的一切行为，均应负责。被告的官职地位或遵从上级命令之声称，不得被接受为辩护理由，但可以在减轻刑罚上加以考虑。第7条授权法庭制定不违反宪章的规则。第8条规定首席检察官负有调查和起诉属于法庭管辖权内对战犯控告的责任，并允许曾与日本交战的任何一个联合国家指派一名陪席检察官，以协助首席检察官。
宪章第三章包含了保证给被告公平审判的条款。起诉书对每一项指控的罪行都要有清晰、简明及充分的说明，以被告所了解的语言写出，并且和一份法庭宪章副本一起，及早送达被告以使其有充分的时间准备辩护。审讯要以英语和日语进行，文件在有需要及经请求时提供译本。宪章承认每一名被告自行选择辩护律师的权利，但法庭有权不批准该律师；经被告请求，或者虽无请求但法庭认为从公平审判出发有此需要时，法庭有权为被告指定辩护律师。被告有权由本人或其律师（但不得同时由两者）诘问任何证人，但应受法庭可能决定的合理限制。为帮助被告获取其辩护所需的证据，允许被告向法庭书面申请传唤证人及调阅文件。法庭准许这项申请后，应视情况需要得到协助，以获得所述证据的提出。
第四章包括第11至15条，指引法庭将审讯严格限制于高效审理指控中所提的问题范围里，采取严厉措施防止足以造成不合理拖延审讯的任何行为，并排除与案件无关的问题及陈述。法庭应断然处理藐视行为，但不应因此影响对实质问题的判定。法庭不受技术性采证规则的拘束，将运用高效而非技术性的程序，采纳法庭认为有作证价值的一切证据。法庭对众所周知的事实、任何国家官方文件及报告之真伪，或任何联合国家军事或其他机关的诉讼程序、记录和判定，均采取司法认定而无须证明。(www.xing528.com)
第五章是关于判决与刑罚的规定。法庭可以对被告处以死刑或法庭认为适当的其他刑罚。法庭的判决应说明其所根据的理由，在公开庭上宣布并交由盟军最高司令官核办。刑罚将依照最高司令官的命令予以执行，最高司令官对所判刑罚可随时减轻或做出其他变更，但不得加重刑罚。
东京宪章的起草者充分利用了他们的“前辈”——纽伦堡宪章起草者在伦敦所做的工作；为避免这两个互相关联的项目之间出现实质性不同，起草者尽量使东京宪章接近纽伦堡宪章。然而，远东委员会的指令和为日本战犯审判所独有的特殊问题，要求东京宪章做出某些特定的改变。
纽伦堡法庭只由来自四个国家的成员组成，有关其构成机制的规定不能满足一个由十一国法官组成的法庭。纽伦堡法庭采用的代理法官制度对于东京这个大得多法庭来说并不可行。有22位法官的法官团该有多么笨拙不便，它一定会束缚审判的进展，这个审判没有它就已经面临许多不利于高效诉讼的障碍了。东京法庭不设代理法官，而漫长的审判中某位法官偶尔因病缺席的可能性要求有这样一条规定，澄清法官缺席后重返法庭的权利，将他是否由于对之前诉讼不够了解而丧失资格的问题留给他自己酌情决定。
两部宪章在起诉机构方面也不相同。在纽伦堡，每一个签署国都有权委任一位首席检察官，四位首席检察官只在某些特定情况下以委员会方式行事，在其他方面都各自独立，当然也要相互合作。而在东京，调查和起诉的责任完全由首席检察官一人承担，参加国指派的陪席检察官负有协助他的责任。这一安排虽然与管辖日本占领的原则完全一致，却不同寻常地背离了普通国际实践。十一个国家第一次同意在一个非实际军事行动的事务上，将它们的主权置于从属地位，允许其中一个国家的国民享有最终的决策和控制权。
两部宪章最明显的区别在于给法庭的对人管辖权下定义时所用的语言。东京法庭只是在某些人被控犯有包括反和平罪在内的罪行时才对其拥有管辖权。如果这些人被如此指控，那他们所有的罪行都将受到东京法庭审判，但如果不是这样，即所控罪行中不包括反和平罪的话，他们的罪行就是由另一个法庭审判了。另一方面，纽伦堡法庭没有这样的排他性规定，尽管它所有的被告在实际上都受到了反和平罪的起诉。
虽然东京法庭有权审判及惩罚作为个人或作为团体成员犯罪的战犯，但东京宪章中略去了类似纽伦堡宪章第9条和第10条的规定，这两条授权纽伦堡法庭将某些组织或团体宣布为“犯罪组织”。对日本某些组织的初步研究没有显示它们与德国的组织计划有近似之处。日本有很多所谓的“爱国社团”，例如黑龙会、大日本会、大政翼赞会等，但它们没有一个像德国的冲锋队或盖世太保那样，具有高度有组织的计划，作为团体去实行屠杀、抢劫和破坏。日本的这些组织被设计为宣传武器，使日本人民在心理上准备好作战，为此原因它们完全可以被视为实施反和平罪的工具，因而是具有犯罪目的的组织。然而，每一个侵略目的都如此仔细地隐藏在爱国主义的外表之下，以至于不可能确定或发现除最高领导层外的其他成员知道该组织的罪恶目的，而成员的知情是宣布一个组织属犯罪性质的必要前提条件。最高领导层无论如何是会以个人身份受审的，他们利用这些组织来达到自己的罪恶目的正是他们犯罪行为的一部分。
另一个与纽伦堡法庭程序很有意思的不同之处是语言问题。纽伦堡宪章规定，所有的正式文件和所有的庭审程序都要以英语、法语、俄语及被告的语言做出。要是东京宪章也有类似要求的话，那就不仅是英、法、俄、日四种语言，还得加上汉语、荷兰语，可能还有西班牙语。鉴于被告所用的日语是一种会带来很多翻译难题的语言，宪章起草者很快认识到，假如在日语之外还使用一种以上的语言，就会大大加重所有各方的负担，乃至使审判无法进行。既然有七个参加国的共同语言是英语，便选择英语为法庭所用。除苏联外，其他国家都派遣了通晓英语的人作为法官和陪席检察官。[28]
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