在中国第二历史档案馆所藏战犯审判档案中，有份标记着“极机密（绝对禁止国军以外将校知悉）”的“中国战区日军官佐士兵经历表”样表，表格的内容除了包括战犯个人信息，参加战役、作战目的、行军路线外，还有“特殊技能”“今后志愿”和“考评”三项[31]，而在此表的填具说明中，为“日军官兵志愿招供及据实填写计”，特有“宣传使用之旨趣”如下：
八年来日军在华作战经验，足资借镜，今后中国□□需材孔殷，兹特调查日军官兵经历，以便遴选暨考核，俾备将来聘请优秀将校士兵为顾问，及雇员之张本。[32]
可见，国民政府对日军“优秀兵将”的留用并没有针对性，而是宽泛、普遍地网罗。以上是国民政府军令部的公函，对象是日军官兵，而行政院则留用了部分“日人技术人员”，这本不涉及战犯，然而，许多日本军人为逃避逮捕而“化名逃至技术人员中”[33]，仅在东北，留用的“技术人员”有两万余人，连同眷属达九万人[34]，日军官兵若想隐匿其中，着实不难。
另外，早在1946年1月，战犯处理委员会就决定，战犯逮捕工作应在“不妨碍受降工作及地方安宁秩序之范围内分配逮捕”[35]，原因是战后初期的国民政府中央远在重庆，对沦陷区的管理鞭长莫及，故治安问题尚需倚仗日军，同时，国共两党为占领地盘而竞争受降权，国民政府也不想让日军因惮于被捕而投降中共。1946年11月，沦陷区接管完毕以后，战犯处理委员会又做出给予“有功”之战犯特殊待遇的决议：
处理战犯政策业已决定采宽大教育方式，此次日本投降尽职之主官，各地多请从宽处理，兹为统筹划一起见，拟将各投降尽职之日本部队长集中中央以便统筹处理。[36](www.xing528.com)
以上皆是国民政府所作出的非法考量，因此而使战犯受惠的实例也不难寻见。比如，阎锡山以“所列罪行与事实不符”[37]而干涉了澄田来四郎、三浦三郎等战犯的处理，导致他们免于受审，并任命其第二战区司令长官部顾问等职，然而，澄田和三浦分别有“惨杀无辜人民”和“杀害抢劫”的嫌疑。[38]再者，有“到处惨杀无辜平民及肆意破坏财产”嫌疑的日本战车第三师团长山路秀男也因抵抗解放军，坚持受降于国军而未被起诉。[39]不论他们的罪行能否被证实，既已被列为战犯，就应立案调查，国民政府在调查之前便免予处分，难辞包庇之责。
另外，盟国关系也是阻碍审判的因素，这体现在济南法庭对日军六九师团八二大队长、中佐神保信彦案的处理上。根据调查，神保有于“卅三年五月廿一日，在山西平遥县东泉镇村杀村民王寿昌等”[40]的嫌疑。然而，他最终却被无罪释放。[41]根据1947年6月30日的《申报》，可知该案的隐情：
菲总统罗哈斯曾函请蒋主席，对日本前中佐神保信彦设法避免处以死刑或徒刑。按神保信彦曾被控为战争罪犯而受审讯，旋经济南法庭判定无罪，已于今晨抵达东京。……神保信彦甚赞中国人对渠之款待……济南司令长官王耀武将军……于渠离济前，曾以金钱相赠，并设法使渠由济搭机飞沪，盖济南与上海之陆路交通刻仍中断也。渠今晨并拜启中国代表团，讬该团转达渠对蒋主席与中国人民之谢意。[42]
菲律宾总统之所以致函蒋介石，是因为他在“日本占领菲岛时，曾为日方逮捕，而为神保所救”。[43]基于这段往事，以及开释后神保的感激之反应，优厚之待遇，菲律宾总统对此案的影响十分明了。
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