另一方面，愈演愈烈的内战也给审判造成影响，尤其是东北。作为伪满洲国旧地，东北是中国日俘、日侨密度最高的地区，其数量甚至多于关内的半数，基于此，东北应是战犯最多的地区，所以能否妥善处理东北的战犯，关系到国民政府战犯审判工作的质量。然而，战后的东北也是局势最为复杂的地区。苏联撤兵、内战、美国调停，三国四方的势力纠结于此，时动荡时胶着[19]，国民政府审判的各项工作无不受到大环境的影响。按照国民政府的最初构想，隶属于东北行营的军事法庭本应设在曾作为伪满洲国首都的长春[20]，毕竟滞留于此的日俘、日侨远多于其余城市。[21]然而，因为二战末期苏联曾出兵东北，所以战后的东北实际为其控制，苏联最终让解放军抢先进入长春。[22]受制于此，1946年2月1日，军事法庭只得先行设立在北平。在国民政府与苏方几次斡旋[23]，同时与中共展开几次城市争夺战以后，军事法庭最终于1946年5月落户沈阳，而长春仍在双方争夺当中，国民政府被迫放弃了将军事法庭设在长春的打算。直到1946年7月，国民政府终于掌控了长春，随即，战争罪犯处理委员会做出在长春增设新机构的决定：
1.东北保安司令部增设军事法庭一所，设在长春，另在长春、葫芦岛各设一拘留所，均限文到十日内成立具报（军法司办）。2.由国防部派员前往督导，国防部派员三人，行政院外交部、司法行政部各派员一人，组长由国防部担任，订名为战争罪犯处理委员会东北督导小组。[24]
由此诞生了两个与东北地区战犯处理相关的重要机构——长春军事法庭和东北督导小组。前者负责分担东北行营军事法庭的工作，隶属于东北保安司令长官部；后者负责筹划、推进东北地区的战犯处理工作，隶属于战犯处理委员会。1946年8月底，督导小组到达长春以后，又组织成立了战犯调查委员会。[25]国民政府对东北战犯处理工作的重视程度可窥一斑。然而，1946年9月，就在长春法庭刚刚开始运行的时候，东北行辕（1946年8月，东北行营改称东北行辕）主任熊式辉却向战犯处理委员会建议裁撤长春法庭和葫芦岛拘留所。但就在同月，委员会也接到东北督导小组继续建议在两地增设军事法庭、拘留所的电报。[26]由此，便产生了来自地方机构与中央派出机构截然相反的两则报告。依照东北督导小组所撰《关于战犯处理及督导经过情形》可知，主张增设法庭是为尽快处理数量庞大的日俘、日侨。然而，督导小组的结论是基于考察沈阳、长春和吉林等少数城市得出的[27]，与远在南京的战犯处理委员会一样，他们对东北的境况并不真正了解。熊式辉则不然，他深知东北实况，以7月份为例：
七月二日，我伏龙泉之嫩江省保安团队遭共军攻击；七月五日，开原东南卅公里下肥地之我军遵共军攻击；七月八日，秦皇岛以北海阳镇被共军围攻，七月十日，秦皇岛长城煤矿火车被共军攻击；七月十日，驻松花江北岸红房子桥头阵地我军被共军猛攻，被迫放弃；七月十八日，第卅小组赴桥头调查时被共军射击；七月二十二日，新民北公主屯我军被共军攻击，其余被共军攻击之事件仍属甚多，不胜列举。[28](www.xing528.com)
上述便是长春法庭成立时的背景。苏军撤退后，负责与解放军作战的机构正是长春法庭所隶属的东北保安司令长官部。很难想象，驻扎于沈阳的保安司令长官部如何在如此强度的作战任务下远程指挥长春法庭的审判工作，检方又如何在战乱之中搜集罪证。基于此，熊式辉主张不设长春法庭是迫于形势之举。毕竟争夺地盘显然比清算战犯罪行更具实际意义。另外，由于解放军已占先机，所以，国民政府在东北九省中仅能控制“辽宁、吉林、辽北等三省，计三十余县，故对全东北所有战犯之检举与处理，因行政地域有限，每感困难”。[29]这种情况下，国民政府听从了熊式辉的建议，长春法庭在1946年九十月间被裁撤，前后仅存在两个多月。[30]此后，东北地区便只有一个沈阳法庭，至1947年9月30日撤销之际，共审战犯136人，少于上海、广州和武汉，与当地庞大的日俘、日侨数量极不相配。
囿于大环境，国民政府始终无法比较负责地对待战犯审判工作，与同时期其他事务相比，战犯审判显得更具象征而非实际意义，所以，它总要让步于更加实际的工作。遣返与内战便是最突出的例证。当然，相关因素——尤其是内战——为审判带来的影响还远不止于此，更甚者甚至直接冲击了审判的正义性。
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