从“九一八事变”开始，随侵略战争来华的日人有上百万之多：
东北地区除59.4万人被押送苏联西伯利亚外，尚余110万人，关内地区约210万人，台澎地区近50万人，共计370万人。[11]
按照一般逻辑，如此庞大数量的日俘、日侨将为战犯审判工作提供源源不断的对象。然而，抗战结束后，对于这些日俘、日侨，国民政府选择首先进行遣返，而非调查、析出战犯，这对审判工作的影响无异于釜底抽薪。从1945年11月起，国民政府开始在青岛、上海、广州、高雄等十个港口遣送日俘、日侨回国，此时，国内所有战犯审判法庭皆未成立，战犯逮捕工作也刚刚开始。11月13日，战犯处理委员会第1次常会上，行政院秘书处参事张平群就曾要求各方商讨解决遣送战犯给逮捕战犯造成的障碍，对此，委员会决议如下：
除第1号名单可商请查照逮捕外，已经远东分会审查通过之第2—7号战犯名单在未经委座核准批示以前，对输送地日战俘在港口乘轮时得协商美方酌情逮捕。[12](www.xing528.com)
这是一个比较配合却依然十分影响战犯逮捕工作的决定。按照战犯处理委员会的设计，各地方军事机关可通过两条渠道逮捕战犯：1.依据中央下发的战犯名单按图索骥；2.按照自行调查或民众检举直接逮捕。[13]远东分会通过的战犯名单前后共有26号，在遣返工作开始时只审核通过了第1号，这意味着当时尚未列入名单的战犯皆有可能夹杂于日俘、日侨中返国，同理，民众检举的嫌犯也是如此。虽然委员会决议将未经蒋介石核准的2—7号名单所列战犯先行逮捕，但由于效率低下，该决议的作用实际十分有限，譬如，直到1945年12月25日，国民政府才准备将第3号战犯名单下发各港口，而此时已遣送日俘、日侨123822人。[14]另外，到1946年12月，大陆被遣返的日侨、日俘共2983550人[15]，占总数的80%，然而，直到1947年10月15日，国民政府才停止民众检举战犯工作。[16]检举尚未完毕，遣返早已几近完成，遣返对逮捕工作的影响可见一斑。
与此同时，被关押的嫌犯若迟迟不能被检方证明有罪，也会先被遣送回国，一经遣返，几乎就相当于开释，再行引渡的可能微乎其微。[17]当然，也有战犯被引渡回华的案例，不过，按照战犯处理委员会决议：“依犯罪情节之轻重多寡，再参酌犯罪者之身份为选择引渡战犯之标准。”[18]也就是说，引渡对象的选择以罪行重大者或指挥官为先，前者如野田毅、向井敏明，后者如谷寿夫、矶谷廉介，而职级低、罪行较轻的战犯则不被引渡，该标准越到后期——内战吃紧之时——就越显然。战犯审判当然会因此而大受阻碍。
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