在战后南京国防部军事法庭审判的过程中，其最受瞩目的审判是围绕南京大屠杀案主要战犯谷寿夫的审判。根据战后同盟国规定，由于南京大屠杀案的主犯松井石根被列为甲级战犯，应由远东国际军事法庭审理，尽管国民政府战犯处理委员会曾因应南京临时参议会和社会舆论的要求，向远东国际军事法庭提出将松井石根交由南京审判的请求，但远东国际军事法庭并未同意，最后在中国政府的要求下，侵华日军第六师团师团长谷寿夫，作为制造南京大屠杀的罪魁祸首之一被押解到南京，接受中国国防部军事法庭的审判。因此，谷寿夫是作为南京大屠杀暴行的共犯代表接受中国政府审判。
1946年2月15日成立的南京审判战犯军事法庭，最初全称为“中国陆军总司令部审判军事法庭”[22]，国民政府战犯处理委员会任命石美瑜为审判战犯军事法庭庭长，王家楣为主任检察官。由于首都地方法院的首席检察官陈光虞在战后牵头负责南京调查敌人罪行委员会的调查工作，因此陈光虞也被任命为法庭的检察官之一。在审判谷寿夫的过程中，因为陈光虞对日军罪行的调查较为熟悉，因此其对谷寿夫起诉书的起草和庭审时对谷寿夫的驳斥，十分引人瞩目。
战犯谷寿夫，1946年2月2日被盟军总部逮捕。1946年8月被引渡到中国，关押在上海。10月3日被移送南京接受审判。在审判谷寿夫的过程中，谷寿夫一直极力否认在南京进行过大屠杀，因此，法庭的审理重点是南京大屠杀相关各种证据的搜集，主要是针对南京大屠杀的暴行，特别是谷寿夫师团攻打南京时驻扎南京城南中华门、雨花台地区一带暴行证据的搜集，而对于南京大屠杀死亡人数的规模并不是起诉书的重点。不过在起诉书、公审过程和判决书中，对死亡人数多有涉及。
在1946年12月31日，国防部审判战犯军事法庭检察官经过大量调查，形成了对战犯谷寿夫的起诉书，以违反人道罪起诉谷寿夫，提请法庭审理。在起诉书犯罪事实中指出：该犯“于十一月初旬实行杭州湾登陆后，由杭州而昆山、太湖，直扑南京，攻陷中华门，于是年十二月十三日晨进城，分驻中华门一带。该犯于十七、八两日，参加进城式及慰灵祭，以宣扬其威武，并为摧残我国抵抗精神与民族意识起见，与中岛今朝吾部，发动举世震骇、旷古惨劫之南京大屠杀，被害人达数十万人之众”。[23]在起诉中提及南京大屠杀死亡人数用的是“数十万人”，而接下来起诉书的主要内容则是关于谷寿夫师团在驻扎期间和以驻扎地为主的暴行证据。
在庭审作证过程中，许多证人对南京大屠杀的死亡人数也多有作证。如1947年2月7日公审谷寿夫时，南京市临时参议会副议长陈耀东代表南京大屠杀案敌人罪行调查委员会，在军事法庭中陈述南京大屠杀案调查经过时说：“南京临参会于去年成立后，即接获人民报告南京大屠杀案件，计被害者约四十万人。本会即组织南京大屠杀调查委员会，着手调查，印制调查表结文，以期调查确实。计调查二千七百八十四件，但此一数目并非指人数而言，因每一案被害者有多至数百人，故屠杀总数比案件数目约大一百余倍。而中华门一带约占全数三分之一，即有十余万人被害。”陈耀东副议长报告南京大屠杀被害者约四十万人，这一数字同陈光虞1946年7月1日参加南京市临时参议会组织的南京大屠杀案敌人罪行调查委员会第二次会议上的报告基本一致。(www.xing528.com)
在公审期间，庭长石美瑜在法庭上陈述了军事法庭调查南京大屠杀案的结论，较为详细地阐述了南京大屠杀遇难人数：“经本庭详细调查，我国被俘官兵及非战斗人员被会攻南京的日军惨杀者总数达卅五万余人，其尸体经过红卍字会掩埋者四万三千七十一具及崇善堂掩埋十一万二千二百六十六具外，其余十九万五千余人多系被日军集体用机枪射杀后浇以火油纵火焚化以图灭迹，均有目睹之证人具结证明。其在中华门花神庙一带难民及士兵遭集体屠杀者，亦达七千余人之多。此外尚有无主孤魂三千余具，系经伪南京督办高冠吾立碑掩埋，有碑帖可凭。”[24]石美瑜庭长在法庭上指出，南京大屠杀遇难死亡人数的总数为三十五万余人。
在2月7日公审中，证人陈耀东提及南京大屠杀受害人数为约四十万，石美瑜庭长则称总数达三十五万人，起诉书中对南京大屠杀遇难人数用的则是“数十万人”的模糊用词。可能是发现法庭上出现了的不同数字，在第三天的公审中，检察官陈光虞围绕南京大屠杀遇难人数曾特别做了说明：“关于屠杀之统计，据崇善堂统计表载十一万二千二百六十六人，又红卍字会掩埋表计四万余人，其余如高冦吾所立无名英雄碑计埋三千余人。在屠杀中，尚有被害者家属自行收埋者不可计数，总计南京大屠杀牺牲者约达四十万人，是何等的惨酷，虽被告万死不足以蔽其辜。”[25]这一说明对原起诉书中的“数十万人”进一步明确为“约四十万人”。
在审判谷寿夫过程中，媒体对南京大屠杀的遇难人数也特别关注。如1946年9月13日，京晚报关于南京大屠杀案主犯谷寿夫等即将押解来南京的报道中，介绍谷寿夫的罪行时说：“该犯首先率军入城，指挥部下，到处惨杀我无辜平民，并肆意破坏财产，一星期内竟被杀害达二十万人。”[26] 10月6日，中央日报在报道南京市临时参议会调查战犯谷寿夫的罪证时则称“先后残害我国同胞，有统计者，即在三十万人以上。”[27] 1946年12月31日，大公报以《南京大屠杀罪魁谷寿夫被提公诉》为大标题做了报道，指出谷寿夫“纵容部属肆意奸淫掠杀，被害同胞共达数十万人。”[28] 1947年2月6日，在公审谷寿夫的当天，中央日报在详细报道军事法庭即将公审谷寿夫的新闻中，关于遇难人数则用“为数达数十万人”的说法。[29]大公报当天也以《谷寿夫今在京公审军事法庭起诉书发表》做了报道，起诉中对遇难人数同中央日报的报道一样。[30]第二天中央日报继续报道庭审情况，对南京大屠杀遇难人数则用小标题明确为“四十万人”，“统计在此次大屠杀中，南京受害人数，最低估计在四十万人以上”。[31] 2月9日，中央日报继续大篇幅报道公审情况，特别报道了陈光虞关于南京大屠杀遇难人数达四十万人的陈述。[32]到了3月3日，法庭第5次开庭审理谷寿夫，也是最后一次法庭辩论，针对谷寿夫的狡辩，检察官陈光虞进行了严厉反驳，并再次强调了遇难同胞四十万人的数字。[33]
在审理谷寿夫案的过程中，关于南京大屠杀遇难人数出现了“达数十万”“达二十万”“达卅五万余”和“约四十万人”“达四十万人”等不同说法，其中“约四十万人”的说法较多。
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