抗战期间，国民政府为了推动战后惩处日本战犯，于1944年2月专门成立敌人罪行调查委员会，对战时敌人罪行开展调查。1945年5月，“为便利工作进行并求增加效率起见”，在蒋介石的亲自出面协调后，国民政府决定裁撤敌人罪行调查委员会，而将事权分别划归司法行政部和外交部协同办理。[3]
抗战胜利后，国民政府司法行政部要求各光复区地方法院或承认机构指定专员办理各管区内敌人罪行调查。1945年9月14日行政院修订公布了《敌人罪行调查办法（修正案）》，要求全国各地尽早成立敌人罪行调查委员会，加紧推动敌人罪行调查。南京光复后，首都地方法院检察处奉令调查敌人在南京的罪行。11月7日，首都地方法院首席检察官陈光虞在首都地方法院会议室，出面召集南京市政府、首都警察厅、国民党南京市党部、宪兵南京市区司令部、军事委员会调查统计局、国民党中央调查统计局、红卍字会南京分会、首都地方法院等14个机关团体的代表，商讨南京敌人罪行调查方案。在这次会议上议决当即成立南京敌人罪行调查委员会，其调查委员会的办公地点设于首都地方法院内。大会推举首都地方法院首席检察官陈光虞为召集人，负责该会的日常工作。在这次会议上，议决“由市政府推动各区、乡、镇、坊、保、甲，由警察厅推动各区、局、所，分别负责。此外各以其性质，确定其调查对象，以免重复”。要求各代表将所印制的敌人罪行调查表和调查具结书“转发所属调查”。[4]
与此同时，国民政府内政部也特电（调字第102号电）南京市政府：“迅将所属历年遭受敌人屠杀案件及因敌人之暴行而致死伤之人口，于电到一个月内详细调查，按重伤、轻伤、死亡三项，每项分男、女、幼童、不明四目，分别填列电部，以便统计汇编。”[5]南京市政府接到内政部的电令后，马超俊市长立即于11月17日训令各区公所：“限于文到三十日内将境内人民历年遭受敌人屠杀案件及因敌人暴行而致死致伤者详细调查……分别填表送府，以凭汇转为要。”在发布训令同时，抄发了敌人罪行调查表、敌人罪行种类等附件，以供各区公所执行。[6]这样，在首都南京就形成了由南京敌人罪行调查委员会牵头，各级地方政府、警察机构和各社团组织共同参与的敌人罪行调查的网络。
1945年12月21日，蒋介石在抗战胜利后第一次巡视南京期间，他呼吁南京市民踊跃揭露日军暴行。[7]截至1946年1月17日，“案交主席交下人民陈诉有关南京大屠杀事件密函195件”。[8]由于蒋介石的高度重视，加上南京市政府和警察厅的大力推动，到1946年2月，南京敌人罪行调查委员会共获得500余份资料，经一一审查后，首都地方法院将其制成一份《敌人罪行调查统计表》，根据日军在南京暴行种类，如屠杀、伤害、奸淫、劫夺、破坏、强制服役及其他等，共统计中岛、长谷川等29支日军部队的罪行达295882种，这一数字不包括“其敌人商店及敌侨之各种罪行”。[9]
在1946年2月由检察官陈光虞提交的《首都地方法院检察处奉令调查敌人罪行报告书》中，陈光虞对南京大屠杀遇难人数有一个较为明确的结论，他说：“南京大屠杀，尤为旷古之浩劫，亦即敌军罪行之重心，故尤不能不特予注意，经辗转设法访觅，关于几次集体屠杀，尚能获得珍贵材料。经一一审查后，获悉本市被杀人确数，已三十余万。其未及获得确切材料者约计亦不下二十万人。”“敌人罪行残暴凶悍毒辣，无所不用其极，综计所获材料，被杀害人之确数达三十余万，烧毁房屋达四千余幢，被奸淫及拒奸而死者二十三人，被逮捕生死不明者共一百八十四人，其他尚待调查，实人类史上空前未有之惨剧。”[10]在战后有关南京大屠杀案的调查中，南京敌人罪行调查委员会的调查起步最早，其提交的《南京首都地方法院检察处奉令调查敌人罪行报告书》，作为抗战胜利后第一份关于南京大屠杀的调查报告，第一次明确指出南京大屠杀死亡人数是三十万人以上。
陈光虞在报告中还对日军集体屠杀的证据和各慈善团体或个人掩埋尸体的具体人数进行了阐述：“南京沦陷时，敌人集体屠杀，计部队有中岛、畑中、山本、长谷川、箕浦、猪木、德川、水野、大穗等九个单位，屠杀我同胞二七九五八六名。计上新河地域二八七三［十］名[11]，由掩埋者盛世徵、昌开运具结；兵工厂与南外花神庙一带七千余名，由掩埋者芮芳缘、张鸿儒、杨广才具结；草鞋峡五七四一八名，由被难者鲁甦具结；汉中门二千余名，由被害者伍长德、陈永清具结；灵谷寺三千余名，有汉奸高冠吾之无主孤魂碑及碑文为证。此外，崇善堂与红卍字会所掩埋者，计尸体十五万五千三百余具，俱列有表册。”[12](www.xing528.com)
1946年2月之后，南京敌人罪行调查委员会仍在继续调查，一直到1946年6月23日南京临时参议会成立南京大屠杀案敌人调查委员会为止，据统计由首都地方法院检察处共形成4040件调查表和陈述笔录。[13]这些调查材料的形成，对战后百废待兴的南京而言，殊属不易，相当可观。
在南京敌人罪行调查委员会开展工作的同时，国民政府内政部也在积极推动各收复区的抗战损失调查。1945年12月10日，南京市抗战损失调查委员会成立后也立即大力推动战时抗战损失的调查。该委员会印备人口伤亡调查表、财产损失报告单两种表式各六万份，分发各机关暨各区公所警察局，转发填报。至1946年4月10日止，各部门填报送会者达9378份，其中人口伤亡表1192份，财产损失单8186份，死亡1585人，受伤30人，房屋32509间（未注明间数261幢），其中乡区房屋占40%，城区占60%。[14]南京市抗战损失调查委员会有关抗战损失的调查一直延续到1947年8月，其后相关工作移交南京市政府统计处办理。关于人口伤亡统计，1946年5月4日，南京市政府根据内政部的要求，在上报南京市人口伤亡情况的报告中称：“查本市自民国三十五年一月奉命成立抗战损失调查委员会以来，所有查报事项业已积极进行。关于人口伤亡部分，至四月十日止，依统计所得伤亡总计二十九万五千六百零八人，已经编制南京遭受敌寇暴行人口伤亡统计表一种。”[15]
南京市遭受敌寇暴行人口伤亡统计表
（1946年4月10日）
※资料来源：中国第二历史档案、南京市档案编：《侵华日军南京大屠杀档案》，江苏古籍出版社1997年版，第545页。
同南京敌人罪行调查委员会相比，南京市抗战损失调查委员会调查中，公私机关及市民填报财产损失的申报较为踊跃，而关于人口伤亡申报则较少。“依实际情况观察，一般人民重视财产损失，忽略人口伤亡报告，是以人口伤亡调查表收到份数较少。”[16]因此，在上报材料的过程中，南京市政府对南京伤亡数字的来源特别做了说明：“该表系根据首都地方法院检察处敌人罪行调查统计表及本会截至三十五年四月十日所收调查表之资料编制，其尚未填报者，概未列入。”[17]也就是说，除了南京市抗战损失调查委员会调查的“死亡1585人，受伤30人”外，绝大多数的调查数据来源于南京敌人罪行调查委员会。
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