1.我国分税制具有不彻底性。首先，我国现行分税制明确了税权要集中于中央，这就决定了我国的分税制本质上是分税不分权。其次，分税制是在当时中央财政比重不断下降，中央政府的宏观调控能力弱化的背景下提出的，一个重要目标就是要提高中央财政收入的比重，使中央从财政收入的增量中适当多得一些，以保证中央财政收入的稳定增长。在划分税种时，把收入比重大、税源广而集中和便于征管的税种划归中央，或是作为中央与地方共享税；而把一些收入少、税源小而分散以及征收难度大的税种留给地方。分税制实行二十多年来，中央财力已得到明显增强，但该划分模式却没有适时调整，从而逐渐出现地方经济高速增长但地方财政却日益困难的不协调局面。再次，按照国务院关于实行分税制财政管理体制的决定，中央财政除了保障本级支出外，主要承担均衡各地区财力的责任，而不应具体安排大量属于地方责任的项目。但在实际执行中，大量专项转移支付项目往往由中央决策、地方执行，“中央点菜、地方买单；中央出钱、地方配套”也加剧了地方财政收支矛盾。
2.地方税收制度改革滞后。近年来，我国的税制改革侧重于流转税和所得税的改革，对已不适应当前市场经济发展的税种未能及时研究调整，对调节社会分配有明显作用的财产税、社会保障税等税种的开征研究不足，造成地方税体系不健全，影响地方财力持续稳定增长。(www.xing528.com)
3.财政体制的原因。现行地方税体系存在的问题不能只就地方税谈地方税，而要从我国财政体制的全局来把握，才能有完整准确的认识。我国作为一个拥有10多亿人口的单一制多民族国家，财税体制在考虑地区间差异性及地方灵活性的同时，更注重中央集权的需要，单一制大国的性质决定了税权高度集中在中央，面对地方财力与事权不匹配的困境，解决路径上更为倚重（依赖）转移支付制度，这在客观上也导致了地方税体系对地方财力的自给保障能力的弱化。
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