这一时期，诸葛亮作为刘备的主要助手，参与了入主益州后的人事安排，诸葛亮的许多建议都得到了刘备的支持和采纳。
正因为此，诸葛亮也不得不面对许多头痛的事，需要他用智慧去处理和化解。
这样做最大程度保证了政治上的和谐和平衡，有利于稳定益州的形势，收到的效果也是比较明显的，益州原来存在的派系斗争尖锐、地方势力坐大等问题逐渐得到了消除。
但也有烦恼的事，经常会涉及内部团结问题，每当这时诸葛亮就充当了调停者的角色。
马超被拜为平西将军，成为刘备集团在军中的“二把手”，别人倒也说不出什么来，却惹恼了远在荆州的关羽。
关羽被称为“万人敌”，是“虎臣”，但据史书记载，他在性格上存在明显的缺陷，即刚愎自用、自高自大（刚而自矜）。诸葛亮离开荆州后，关羽以荡寇将军、董督荆州事的身份坐镇荆州，在这一轮人事调整中，大多数人升了职，而关羽、张飞的职务未变。
关羽不快，但他不敢直接向刘备表达不满，而是给诸葛亮写了封信，信中故意问马超是个什么样的人，可以与谁相比（问超人才可谁比类）。
如果说关羽不知道世上有马超，那是不可能的。作为那个时代最知名的猛将之一，马超成名很早，潼关一战虽然大败而归，但也曾打得曹操狼狈不堪。要论在天下的知名度，关羽未必比得上马超，诸葛亮明白关羽不喜欢别人比他强（亮知羽护前）。
诸葛亮于是给关羽回了封信，信中写道：“马超文武双全，雄烈过人，是一世之杰，属于黥布、彭越一类的人物（孟起兼资文武，雄烈过人，一世之杰，黥、彭之徒），可以与益德不差上下，要论起与美髯公比起来，还差那么一点。”
关羽留着一副大胡子，看起来很漂亮（羽美须髯），诸葛亮在信中所以称呼他为“美髯公”。
诸葛亮算是用心良苦，为了让关羽心情好，不惜贬低马超，还顺便让张飞躺着中枪。诸葛亮明白，关羽不一定非要争职位高低，但心里无法咽下不如人的这口气，所以他给自己写信，而没有直接去问刘备。
关羽写信，某种程度上也有责备诸葛亮的意思，因为关羽知道益州的人事安排诸葛亮是主要的参与者。所以对关羽的不满诸葛亮不能置之不理，又不能太认真，只能哄着他。
诸葛亮的回信让关羽很满意，他还把这封信给周围的人看（省书大悦，以示宾客）。
诸葛亮是想让关羽自己看了气顺就行，没想到关羽把信公之于众。他倒是心情舒畅了，但这事传到马超和张飞那里，诸葛亮又该落埋怨了。
这还好办，还有更头疼的事，涉及的人是法正。
法正此时深得刘备的信任，是刘备的“谋主”。他以蜀郡太守、扬武将军的身份手握重权，地位与诸葛亮相当。但是法正也有个缺点，就是气量太小，睚眦必报。
谁要是对法正不满，或者做出不利于法正的事，法正就利用手中的权力给予打击，有多名诋毁法正的人都被他杀了（擅杀毁伤己者数人）。
有人向诸葛亮报告此事，说法正在蜀郡太过骄横，请他向刘备汇报，对法正作威作福的行为予以抵制（抑其威福）。
问题摆到了诸葛亮面前，诸葛亮很为难。
诸葛亮最后回答大家：“想想不久之前主公还在公安，北有强敌曹操，东有孙权之逼，近又有孙夫人随时生变于肘腋之下，局势可以说进退不得。正是有法孝直为主公的辅翼，才使主公翩然翱翔，开创了现在的局面，对于法正不应该进行限制。”
这段话在后世为诸葛亮招来了批评，有史学家认为诸葛亮的这番话实在有违于法律（诸葛氏之言，于是乎失政刑矣）。其实，让诸葛亮阻止法正的不法行为有点难为他了，诸葛亮的身份是军师将军、益州郡太守，法正与他平起平坐，并不归诸葛亮管。
让诸葛亮向刘备去汇报，也是难为诸葛亮的事。诸葛亮深知刘备特别信任法正（亮又知先主雅爱信正），对法正言听计从，如果由他出面说法正的坏话，一定会引起刘备的猜疑，认为诸葛亮是嫉妒。
所以考虑再三，诸葛亮只能违心地说了那番话，表面上是为法正开脱，其实是他内心无奈的反映。
除了关羽、法正这些最重要的人物，益州政坛素来为派系所困扰，不仅存在本土和外来的派系之争，各派内部也时互有不服。
益州有两位著名的学者，一个叫许慈，一个叫胡潜，当时学术荒废，刘备就命他们收集典籍，整理学术文化，建设文化事业。但文人相轻，这二位互相不服，见面就掐，互相诽谤。
许慈和胡潜都认为自己是学术上的老大，不肯向对方屈服，不仅遇到问题争得脸红脖子粗，而且工作中互不配合。想互相借本书看都做不到，还时不时拎根小棍互相打来打去（书籍有无，不相通借，时寻楚挞，以相震攇）。
刘备知道他们都是文人，斗来斗去也就是一个面子，但又不能不平息他们这种无休无止的争斗，就想了一个办法。
一次，刘备大宴群下，许慈、胡潜二人也在场，酒酣耳热之时，刘备命伶人扮成他们俩，模仿他们平时争吵斗殴的样子，先以言辞互相刁难，后以刀杖让对方屈服，演得活灵活现，以此助乐。
为了调和矛盾，让大家保持团结，刘备已经辛苦到自己亲自当导演、排小品给大家看的程度了。(www.xing528.com)
但接下来，发生了一件更严重的事。
这就是彭羕事件。马超都被牵涉其中，此事也成为震动成都政坛的一桩大事。
彭羕本是刘备和诸葛亮都看好的本土人才。刘备提拔他担任治中从事。彭羕此人白手起家，一朝大权在握，颇为自得，说话做事流露出嚣然之态，诸葛亮经过观察，发现彭羕此人不可重用，于是向刘备进言，说彭羕心大志高，放在重要岗位难保会做出什么不好的事来。
在人事安排上，刘备主要听取的是诸葛亮的意见，于是决定把彭羕调任为江阳郡太守。
彭羕听说自己要被远调，很不高兴，私下里跑去见了马超。
彭羕是如何与马超相熟的不得而知，对于彭羕的遭遇，估计马超顶多也只能客气地安慰他几句。
谁知彭羕心里的气越来越不顺，最后竟然对刘备破口大骂：“这个老东西做事无理，跟他有什么好说的（老革荒悖，可复道邪）？”
马超闻听吃了一惊，不敢再说话。
彭羕没完，继续道：“你在外，我居内，天下怎能不定（卿为其外，我为其内，天下不足定也）？”
前面还是发发牢骚，现在就要造反了，性质变了，马超内心翻腾不已。
马超自来到益州，日子也并不好过，行事一直小心谨慎（羁旅归国，常怀危惧）。
马超开始跟刘备还挺自然，他也是朝廷正式拜过的高级将领，算起来跟刘备是同僚，所以见刘备一般直接玄德玄德地叫（与备言，常呼备字），刘备没觉得什么，关羽听着不舒服，认为不敬，建议刘备杀了他。
刘备不同意，对张飞说：“人家没有出路来投奔我，你们就以呼我的字这点儿事杀他，何以服天下？”
张飞说：“那就教教他如何懂礼法（示之以礼）。”
某日大会，马超进来发现没有关羽、张飞的座席，回头一看，关羽、张飞杖刀直立于刘备身后，马超大惊，从此不敢再直呼刘备的字了。
对史书上的这条记载大家多认为不可靠，因为关羽一直镇守荆州，从未来过成都。不过，出现这样的记载，加上之前关羽给诸葛亮写信询问马超是何人，说明马超在益州的日子并不好过。
一个小小的彭羕能推倒刘备？马超的脑子里就是进满了水也不会相信。
马超是个经历过各种复杂斗争的人，他知道今天的事不能装聋作哑，于是把情况写下来，向刘备书面举报了彭羕。
刘备大怒，让有关部门把彭羕抓起来。
到了监狱里，彭羕才认真反省了自己，为了保住性命，他给诸葛亮写了一封长信，表示反省悔过，又说自己之所以脱口而出“老革”那样的话，是酒喝多了（颇以被酒）。
彭羕还辩解说，他给马超说“卿为其外”的话，本意是促请主公重新起用马超，让他到北方建功立业（欲使孟起立功北州，戮力主公，共讨曹操耳）。
彭羕是庞统生前看好的人，他知道诸葛亮与庞统关系很好，于是在信中还回忆起他与庞统的交往，希望以此打动诸葛亮。
这封信到了诸葛亮手上。他思考再三，站在惜才角度也想保彭羕一命，但仔细想了想，觉得彭羕不能留。
因为彭羕辱骂的不是一般人，而是刘备，这就是很严重的事，有当事人的举报，彭羕自己也承认，尽管有辩解，但那比较苍白。
最关键的是，他拉拢马超，试图造反，此事触碰了刘备的红线。于是诸葛亮建议刘备将彭羕处死，以儆效尤。
彭羕死时，仅37岁。
看来益州这个地方很不简单，别看打下了地盘，弄不好就得翻船。幸好刘备一向善于带队伍，加上诸葛亮居中协调，益州的局面总算慢慢稳定了下来。
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