刘备一路走来，获得过的头衔已经有不少了，其中有汉献帝正式任命的左将军、豫州牧，有群下推举的荆州牧，有刘璋表奏的大司马、司隶校尉。
但上面所有这些职务，只有左将军是实的，其他都没有什么用。刘备的这个左将军，相当于战区司令，论军衔比四征将军还要高，按照朝廷制度可以开府治事，组建自己的办事机构，相当于战区司令部。
进入益州前，刘备的主要精力在于抢地盘，也没有太多时间考虑组建一个司令部，现在地盘已经足够大了，手下的兵马也足够多，是该考虑一下军队的指挥体系问题了。
按照汉朝的官仪，左将军府中可以设长史、司马各一人。长史主行政，相当于秘书长；司马主军事；品秩都是1000石。再往下，设掾属29人，另有从事祭酒、从事中郎等。掾相当于各处的处长，掾属是掾的副手，相当于各处的副处长。
这是司令部内的部门设置，下面还可以管辖各将军及部曲、校尉，相当于军长、师长、旅长。
之前，在刘备以下已有荡寇将军关羽、征虏将军张飞两位有名号的将军。黄忠、赵云、魏延等人的军衔介于偏将军、裨将军、校尉等之间，诸葛亮的军衔是军师中郎将。
刘备对他们的军衔重新进行了一番调整。马超虽然是新附，但其在军中的资历、影响力都远远高于关羽、张飞等人，刘备拜其为平西将军。这是四平将军之一，低于四方将军的左将军。刘备如果是战区司令的话，马超的身份相当于战区副司令，是武将之首。
次于马超的是关羽、张飞，他们的军职未变，仍是杂号将军，相当于军长。
除了他们二人，赵云被提升为翊军将军，也相当于军长，黄忠之前是副军长（裨将军），此次被提升为讨虏将军，也成为军长。魏延之前的身份是“部曲”，由于入蜀后作战勇敢，被提拔为牙门将军。
诸葛亮此前是军师中郎将，刘备升其为军师将军，由师长也升为军长，这是一次越级提拔。此次进入益州作战，诸葛亮独当一面，指挥张飞、赵云等部，但他的军衔并不高，经过越级提拔，在名号上诸葛亮已与关羽、张飞等人同列。
左将军府的日常事务，刘备交给诸葛亮来处理（署左将军府事）。在诸葛亮建议下，刘备任命许靖为左将军府长史。在目前的益州，论知名度无人出许靖之右，把他请出来到左将军府任职，还不是闲差，可以为刘备树立一个求贤若渴的好榜样。
担任左将军司马的是庞羲，这个人很不简单，是绝对的地方实力派，是个连刘璋也忌惮三分的人物，因为护送刘焉的孙子入蜀有功，庞羲深得刘焉的信赖，手握重权，是刘焉的“托孤重臣”之一。庞羲的女儿嫁给了刘焉的长子刘循，他们还是儿女亲家。
庞羲此人一向骄功自重，刘璋上来后对他并不信任，但也拿他没办法。刘备征庞羲为司马是一着好棋，既解除了庞羲的兵权，又利用了庞羲在益州的影响力。庞羲自到刘备手下后便偃旗息鼓，不再生事。
左将军府下设各处（诸曹），西曹因职掌人事而最重要，刘备任命刘巴为西曹掾，相当于左将军府人事处处长。这项任命一来出于对刘巴为化解经济危机立下功劳的回报，二来可能出于诸葛亮的大力推荐。
刘备尽管承认刘巴是人才，但内心里还是不怎么喜欢他。不过，刘巴脾气不好也不尽是坏事，对于人事工作来讲，不愿意得罪人很难干好，请刘巴负责人事，倒也正符合他的个性。
其他担任左将军府掾的无法细考了，只知道有一个是马良。
左将军府还设从事祭酒、从事，类似于高参、顾问的角色，初期担任过此职的有何宗、秦宓、伊籍等。
何宗字彦英，是益州蜀郡人，汉朝司空何武之后。少时拜益州本地人任安为师学习《诗》《书》以及图谶、天文推步之术，刘璋时曾任犍为郡太守。刘备任命他为从事祭酒，相当于参谋处长。
秦宓字子敕，益州广汉郡人，少有才学，州郡征辟皆称病不去，刘备听说他的名声，又加上当地太守的推荐，任命他为从事。
伊籍字机伯，他既不是益州人，也不是荆州人，他的祖籍在兖州的山阳国，早前追随刘表，后依附于刘备，被视为糜竺、简雍一类的人物，现在担任从事。
总的来说，刘备以左将军的身份统一领导军务，稍下是军职略低一些、更多在于名义的马超，再下是关羽、张飞、赵云、黄忠、诸葛亮等一批有名号的将军。
刘备的军事指挥机构是左将军府，平时的日常事务由诸葛亮负责。许靖、刘巴、马良、何宗、伊籍、秦宓等人是诸葛亮的助手。(www.xing528.com)
以上是军队指挥体系。随着左将军府的建设而一步步走向正规化，除此之外，行政体系也是很重要的方面。
东汉益州有12个郡国，在选择郡太守、国相方面刘备动了一番脑子，不仅选派一批有行政才干的人才到地方任职，也留任或提拔了一批本地的人才。
益州最重要的有两个郡：蜀郡和益州郡。蜀郡太守任命了法正，一来法正很有才干，此次夺取益州他又立下首功，二来他对益州的情况很熟，交给他比较放心。
法正还有一个身份叫扬武将军，除了让他当太守，也让他领兵，说明法正此时已得到刘备的完全信任。
益州郡太守任命的是诸葛亮，该郡名为益州郡，位置其实很偏，郡治在滇池县，即今云南省滇池东南，辖区主要位于今云南省的东部，距成都上千里。
刘备可能觉得，诸葛亮虽以军师中郎将的身份锻炼了几年，毕竟还没有担任过地方行政负责人，所以安排他兼任益州郡太守，算是弥补这方面的不足。
诸葛亮负责左将军府的日常事务，不可能远赴益州郡上任，担任这个职务只是一个挂名，或者顶多定期抽时间去益州郡一趟，处理一下太守的事务。
其他相对重的郡国里，张飞兼任巴西郡太守，费观为巴郡太守，李严兼任犍为郡太守，江阳郡太守是刘邕，朱提郡太守是邓方。
李严之前已提及，字正方，荆州南阳郡人，很有行政才干。刘表曾任命他为秭归县令，秭归是荆州的西大门，反过来也是益州的东大门，曹操南下，秭归有一段时间没人管，李严弃官跑到益州投奔了刘璋，刘璋觉得他是人才，任命他为成都县令，在任上李严获得了能干的名声。
刘璋后来让李严任护军，在绵竹一带拒刘备，李严投降，被刘备任命为裨将军，这件事之前已经说过。
刘备觉得李严的特长还是在行政方面，他在益州又有名望，便任命他为犍为郡太守。
年轻时就与诸葛亮关系密切的向朗，被任命为牂牁郡太守，霍峻守葭萌有功，刘备干脆任命他为位于益州北部的梓潼郡的太守。还有早年便跟随刘备的刘琰，被任命为固陵郡太守。
刘备入主益州后，对益州的行政区划不断做出调整，郡国的数目持续增加，最多时增加到了27个，有更多的人有机会担任郡太守。跟随刘备从荆州过来的人中，陈震担任过汶山郡太守，廖化担任过宜都郡太守，马谡担任过越嶲郡太守，邓芝担任过广汉郡太守。
马谡是马良的弟弟，他年轻有为，刚入成都时，刘备任命他为成都县令，成都是益州的首府，在此任县令可谓重任在肩，马谡不负重托，取得了良好的业绩，被提拔为太守。
从郡太守的任命来看，有一大半是随刘备从荆州过来的人，而益州府衙的主要官员则多是本地人。
州牧的主要属官有别驾、治中从事、功曹等，别驾相当于副州长，治中从事相当于高级参议，功曹相当于人事处长。
刘备请王谋来当别驾。王谋字元泰，益州汉嘉郡人，是益州本地大族，史称其有容止、重品行，刘璋时任巴郡太守、治中从事，是益州官场上的重量级人物。
担任益州治中从事的有黄权、彭羕等人。
黄权字公衡，益州巴西郡人，年轻时为郡吏，后任刘璋的主簿，相当于办公室主任，之前说过，他曾劝谏刘璋不要迎请刘备，因此被刘璋降职为县长。刘璋失败后，黄权投降刘备，由于他在益州也有相当影响力，被刘备任命为治中从事，同时还被拜为偏将军。
彭羕字永年，益州广汉郡人，身高八尺，容貌魁伟，但性格高傲，对一般人多轻视不睬。这样的性格，很难在官场上吃得开，彭羕在益州之前只不过做了个书佐一类的小官，但也被人在刘璋面前所诽谤，刘璋罚他做苦役。
适逢刘备入益州，彭羕主动去拜访刘备，先见他的是庞统。庞统与他无旧交，当时有其他宾客在座，就没怎么理他，彭羕径直到庞统坐榻边躺下，对庞统说等客人走后，再好好聊。客人走了，庞统再找彭羕聊，彭羕不聊，要庞统先跟他一起吃好东西，再谈话。吃完，时间也晚了，当晚彭羕便留宿在庞统那里，二人谈了一夜，次日又谈了一天。庞统大为高兴，认为彭羕有才。法正之前也很了解彭羕，他也向刘备推荐，这样刘备对彭羕便格外看中。
州府的功曹品秩虽不高，却是个重要的位置。刘备任命了益州本地人李恢。刘备曾派李恢去联络马超，促成了马超来投，立下大功。
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