与欧美发达国家的高校相比，我国高校生态文明教育起步较晚，发展不平衡，远远不能满足生态文明建设的需要，并且存在诸多问题。生态文明教育的问题直接关系到生态文明主流价值观教育的实效性，因此，生态文明教育中存在的问题也就折射出生态文明主流价值观教育面临的问题。
（1）重知识教育轻价值观教育
由于高校只注重知识性的教育而缺乏观念性的教化，很多人对于环境保护的理解还只是停留在概念的认识上，环境意识以及生态观念淡薄，很多环保行为比较功利化，生活中盲目攀比、追求名牌、乱扔乱倒、奢侈浪费、破坏环境的现象时有发生。“高校开展生态文明教育，与其说是生态知识的普及教育，不如说是一个生态感养成、生态感认同的教育过程。”[9]缺乏观念教育容易导致生态文明教育的结果与预期目标严重不符，使生态文明教育丧失实际意义。
（2）重生态教育轻生态文明教育
就目前而言，我国高校生态文明教育并没有得到足够的重视，即使开展了一定的生态文明教育也比较缺乏实效性。我国目前尚未设置专门的生态文明学科，更不用说专门的涉及生态文明价值观教育的学科了，当然也没有专门的生态文明教育师资力量。而且很多高校将生态文明教育简化为生态教育或环境教育，或者说从环境教育到生态文明教育，尽管提法发生了改变，但实际内容还停留在环境教育的阶段而没有适时地完善和丰富生态文明教育的内涵。
（3）重专业教育轻通识教育(www.xing528.com)
据调查，目前非生物、环境专业开设与生态相关的选修课的院校占全国高校总数的10%左右，接受教育的学生人数也只占很小的比例[10]，生态教育课程没有面向所有学生。高校目前开展的生态文明教育，大多只是作为环境科学、哲学和伦理学等专业教育的一部分。[11]然而，在国外又是怎样一种情况呢？20世纪60年代末，生态教育（ecological education）应运而生。美国率先将其引入学校教育，随后，苏联、日本、联邦德国等也相继开展了学校生态教育。可见，我国的生态文明教育还处在教育的误区里，缺乏对其基础性作用的认识，生态文明教育的定位尚不明确。
（4）重课堂教育轻环境熏陶
进教材、进课堂却没能进头脑，进头脑却又未能落实到实践之中，生态文明主流价值观教育应成为生态文明教育的基础内容，生态文明行为的养成需要生态文明主流价值观的内化，内化不仅需要个人的努力，还需要外在环境的熏陶。而我国的生态文明教育却严重地忽视了对校园生态文化的建设，忽视了文化环境对生态文明主流价值观的涵养渗透作用。即使重课堂教育也过于死板、传统缺乏新意，校园生态文化的缺位，也是一个重要并亟待解决的问题。
（5）重理论教育轻实践教育
据2014年2月《全国生态文明意识调查研究报告》数据显示：专科或本科、硕士及以上两类高学历群体对环保知识的知晓度得分比其他群体平均高出1.5分以上[12]，但践行度得分甚至低于小学及以下群体，这说明高学历人群知晓度高、践行度相对较低，知行存在严重反差，大学生对生态文明认知不够全面和深刻，不能内化为自身的生态文明素质和行为，因此我国高校生态文明教育存在的一个重要问题是重理论轻实践。生态文明主流价值观是理论化、体系化的生态文明意识，生态文明意识存在，但是生态文明主流价值观还尚未建立起来，没有内化于心，何谈外化于行。
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