跨行政区划检察院的地位因没有法律明确规定，有观点对于跨行政区划检察院作为高检院的派出机构持否定态度。反对的理由概括起来主要有三点：一是最高人民检察院目前不能设置派出机构，跨行政区划检察院就不可能成为其派出机构；跨行政区划检察院隶属于最高人民检察院，在中国也没有先例。二是即便《人民检察院组织法》修改时赋予最高人民检察院设立派出机构的权力，派出机构的人员任免由设立的检察院提请本级人大常委会进行，无论是设立派出检察院还是派出检察室，派出机构都是代表设立机关履行职务的，其不是一个独立的检察机关，也不是一级检察机关。作为最高人民检察院派出机构的跨行政区划检察院，其仍然只是直接代表最高人民检察院行使权力，未能解决涉及检察权中的级别管辖问题，与检察院的分级办案相冲突，还存在对最高人民检察院定位的混淆等问题。基于本已存在的领导关系，最高人民检察院通过控制下级检察院的人事、财政等手段，可能加剧当前检察院存在的行政化问题，使得依法独立行使检察权更为困难。三是与派出机构相类似，采用最高人民法院的巡回法庭模式也解决不了跨行政区划检察院的定位问题，建立检察机关的巡回机构，其实质仍是代表该设立检察机关，与派出机构处于相当的地位。[38]这些论据，反映了论者对检察理论的误解以及对检察机关运行情况的不了解。
在某种程度上，改革就是突破原有的制度框架和推陈出新。法律没有规定不构成否定改革方案的依据，很多改革都是根据全国人大授权试点，获得了可复制可推广的经验后，在法律中予以明确的。如果一定要先立法而后才能进行改革，那么很多改革也许一开始就不可能得到推行，因为未经实践的改革，立法者缺乏制定相关法律所需要的信息，这样的法律即便制定出来了，也未必经得起检验。改革也不以存在先例为前提。跨行政区划检察院隶属于最高人民检察院，在中国的确没有先例。因为以前只有“跨行政区划的检察院”，而没有“跨行政区划检察院”。如果没有先例的改革方案就不可以采用，那么跨行政区划检察院改革也没有先例，是否意味着跨行政区划检察院改革就不应该进行？同样，既然改革需要有先例，那先例就不可能创设，因为需要创设的先例没有先例。按照这种逻辑，没有先例就不能创设先例，改革也就不可能发生。
至于认为派出检察院和派出检察室都不是一个独立的一级检察机关，由最高人民检察院派出的跨行政区划检察院代表最高人民检察院行使权力，进而得出跨行政区划检察院如此定性会强化司法的行政化，因而不应当由最高人民检察院派出的观点是很奇怪的。派出机关区别于派出机构，这是行政法上的一个常识。派出机关属于独立的行政主体，可以以自己的名义行为并对自己的行为负责；派出机构（如公安派出所、工商派出所）不是独立的行政主体，不能以自己的名义行为并对其行为负责，而是以派出机关的名义行为，并由派出机关对其行为负责，除非有法例、法规的专门授权。[39]跨行政区划检察院属于派出机关，而派出检察室是派出机构，两者不能相提并论。作为派出机关的跨行政区划检察院作为一个独立的主体，对其自身行为负责，而非代表派出机关并以派出机关的名义行为。基于对派出机关和派出机构性质的混淆，而得出的关于跨行政区划检察院性质的判断，也就失去了立论的基础。此外，认为采用最高人民法院的巡回法庭模式也解决不了跨行政区划检察院的定位的观点，则混淆了跨行政区划与最高人民检察院巡回检察院各自的制度功能，两者有着各自的制度使命，不可能也不应当用其中一种机构来替代另一种机构。(www.xing528.com)
由此，可以形成对人民检察院组织体系整体架构的理解：最高人民检察院为最高检察机关，领导全国各级检察机关，上级检察机关领导下级检察机关。地方各级检察机关包括普通检察院和专门检察院，普通检察院由行政区划检察院（含派出检察院）和跨行政区划检察院构成，专门检察院由军事检察院和其他专门检察院构成。普通检察院和专门检察院均分为省级、市级和县级三级。其中，行使省级跨行政区划检察职能的检察机构和市级跨行政区划检察院由最高人民检察院派出，是最高人民检察院的派出机关，分别行使省级和市级检察院的职能；县级跨行政区划检察院由省级行政区划检察院派出，是省级行政区划检察院的派出机关，行使县级检察院的职能（详见图2）。
图2 我国人民检察院组织体系结构图
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