对于跨行政区划检察院的机构性质，很有市场的一种观点是，将其定位为专门检察院。理由主要集中在四个方面：一是从沿承性来看，跨行政区划检察院是以铁路运输检察院为基础设立的，而铁路运输检察院在1979年《检察院组织法》中明确规定为专门检察院。二是从目的性来看，建立跨行政区划检察院，目的就是排除地方对依法独立公正行使检察权的干扰，而专门检察院，如改制前的铁路运输检察院等，则具有完整和统一的体制，有助于最大限度地避免来自地方权力机关各种体制内与体制外的干预。三是从目标性来看，建立跨行政区划检察院，就是要构建普通案件在行政区划法院审理、特殊案件在跨行政区划法院审理的新型诉讼格局，而专门检察院，如军事检察院等，原本就并非按照行政区域设置，而是按照地区设置与系统设置相结合的原则建立，将跨行政区划检察院定位为专门检察院，完全符合探索建立的与行政区划适当分离的司法管辖制度的改革精神。四是从现实性来看，探索设立跨行政区划检察院改革，从研究制定试点方案、开始试点、总结完善再试点，直至出台正式的实施意见，中央均有明确的时间要求。而现行《检察院组织法》第二条第四款规定：“专门人民检察院的设置、组织和职权由全国人民代表大会常务委员会另行规定。”将跨行政区划检察院定位为专门检察院，则可以降低机关组织性改革的难度，有利于在规定时间内完成改革任务。[33]这种将跨行政区划界定为专门检察院的观点，看上去似乎理由很充分，实际上是一种逻辑上的因果倒置。
专门人民检察院的有关规定，最早可以追溯到第一部《人民检察院组织法》。1954年9月21日，第一届全国人民代表大会第一次会议通过的《人民检察院组织法》第一条规定：“中华人民共和国设立最高人民检察院、地方各级人民检察院和专门人民检察院。……专门人民检察院的组织由全国人民代表大会常务委员会另行规定。”1954年11月23日，《最高人民检察院组织条例（草稿）》第三条规定：“本院统一领导地方各级人民检察院和专门人民检察院（铁路、水上运输和军事检察院）进行工作。”[34]草案以列举的方式，明确专门人民检察院包括“铁路、水上运输和军事检察院”，但该草案并未正式颁布实施。1979年五届全国人大二次会议修正通过的《人民检察院组织法》第二条规定：“中华人民共和国设立最高人民检察院、地方各级人民检察院和专门人民检察院。……专门人民检察院包括：军事检察院、铁路运输检察院、水上运输检察院、其他专门检察院。专门人民检察院的设置、组织和职权由全国人民代表大会常务委员会另行规定。”同年8月，经中央政法委决定，由铁道部党组负责筹建铁路运输检察院。1980年4月，成立了全国铁路运输检察院筹备组，负责筹备一切事项。经最高人民检察院批准，全国设立三级铁路运输检察院，即全路设立全国铁路运输检察院；在各铁路局设立铁路运输检察分院；在铁路分局一级设立基层铁路运输检察院。全国各级铁路运输检察院于1982年5月1日正式办公。铁路运输检察院的基本职能是负责受理铁路运输方面的刑事案件。按照1979年《人民检察院组织法》设置的专门人民检察院中还有水上运输检察院，但在筹备期间被撤销。[35]1983年《人民检察院组织法》修改时，将第二条有关规定修改为：“中华人民共和国设立最高人民检察院、地方各级人民检察院和军事检察院等专门人民检察。……专门人民检察院的设置、组织和职权由全国人民代表大会常务委员会另行规定。”
1987年4月15日，根据形势的需要，最高人民检察院和最高人民法院联合发出《关于撤销铁路运输高级法院和全国铁路运输检察院有关问题的通知》。5月31日，全国铁路运输检察院正式撤销，最高人民检察院设铁路运输检察厅，从6月1日起开始办公。其主要职能是主管铁路运输部门案件的侦查处理和业务指导。全国铁路运输检察院撤销后，铁路运输检察分院的名称改为××省（市、自治区）人民检察院××铁路运输分院，基层铁路运输检察院的名称不变。[36]铁路运输检察分院和基层铁路运输检察院得以保留，并由各铁路局管理，检察业务划归各铁路运输检察分院所在地的省、自治区、直辖市人民检察院领导。至此，铁路检察系统由原来的三级建制转变为二级建制。[37]此时，铁路运输检察院的性质已经发生了变化，不再是自成一体的专门检察院，而成了行政区划检察院的派出院，也就是行政区划检察院的构成部分。
这就意味着，铁路运输检察院即使在改制之前，就已经不再是专门检察院。将铁路运输检察院理解为专门检察院，根据跨行政区划检察院以铁路运输检察院为基础设立，就认为跨行政区划检察院也应当是专门检察院的根据也就无从谈起。更何况，铁路运输检察院的性质不应当成为跨行政区划检察院定性的考量和束缚因素，因为铁路运输检察院主要是为跨行政区划检察院提供了现成的司法资源，而且在多大程度上对铁路运输检察院的司法资源进行再利用，还要根据改革的需要来定。跨行政区划检察院改革是目的，铁路运输检察院改造是手段，不能为了迁就铁路运输检察院的布局来确定跨行政区划检察院如何设置，跨行政区划检察院并非铁路运输检察院的继承者，两者之间并不存在实质的传承性。(www.xing528.com)
在跨行政区划检察院设置之前，跨行政区划设置的检察院不仅有专门检察院，还有在工矿区、农垦区、林区等特殊区域设置的派出检察院即行政区划检察院。鉴于跨行政区划设置的专门检察院有助于最大限度地避免地方政府对检察院运行的干预，就将跨行政区划检察院界定为专门检察院是没有道理的，遵循同样的逻辑，也可以将跨行政区划检察院界定为行政区划检察院。因为此前存在的跨行政区划设置的检察院，既有专门检察院又有行政区划检察院。另外，铁路运输检察院改制前，作为省级检察院的全国铁路运输检察院就已经撤销，铁路运输检察院划归各省（区、市）管理，已不具备完整和统一的体制。
构建普通案件在行政区划法院审理、特殊案件在跨行政区划法院审理的新型诉讼格局，的确要求跨行政区划设置检察院，但在以往跨行政区划的检察院之外另行设置跨行政区划检察院，就已经表明，跨行政区划设置本身并不是可以排除地方对依法独立公正行使检察院干扰的充分条件，仅仅是必要条件。因为军事检察院等专门检察院并非按照行政区划设置，而是跨行政区划设置，从而符合了探索建立的与行政区划适当分离的司法管辖制度的形式要件，就将跨行政区划检察院认定为专门检察院，实际上忽略了在工矿区、农垦区、林区等特殊区域跨行政区划设置的派出检察院同样符合这种形式要件的事实。
跨行政区划检察院改革虽然明确了时间进度，但从实际情况来看，并未完全按照预期进度进行推进。这种进度的调整，不是因为没有将跨行政区划检察院定性为专门检察院，也不会因为这种定性而对改革进度产生决定性影响。在总体上按照路线图和时间表推进司法改革的同时，根据需要在细微处进行适度调整的情况是存在的。在没有形成令人满意的组织结构之前，不贸然全面推开跨行政区划检察院改革，这体现了改革的稳妥和谨慎。备选方案的可行性的确是改革需要考虑的重要因素，但这种因素更适合用于排除明显不可行的方案（如在确定省级跨行政区划检察机构设置时所考虑的那样），而非促成因素，也就是说，“可行”不是选择改革方案的决定因素。为了能按时推进跨行政区划检察院改革而将其定位为专门检察院，是一种削足适履的做法，并无助于改革的推进。因此，将跨行政区划检察院定性为专门检察院是不合适的。
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