跨行政区划检察院的层级设置模式中，由于行使省级跨行政区划检察院职能的检察机构和市级跨行政区划检察院的管辖范围均跨越了省（区、市），派出省级和市级跨行政区划检察院的人民检察院，不可能为省级人民检察院，只能是最高人民检察院。县级跨行政区划检察院的管辖范围在一省（区、市）以内，理论上可以由最高人民检察院派出，也可以由省级人民检察院派出，行使基层人民检察院的职权。假定获得地方政府支持司法和防止地方政府干预司法是跨行政区划检察院设置需要考虑的两个重要变量，那么县级跨行政区划检察院就完全有根据由省级检察院派出，因为此时既可以赢得地方政府的支持，又不会造成地方政府明显干预司法，毕竟此时双方当事人均为本省（区、市）的，任何一方当事人胜诉，对地方政府而言都是可以接受的。也就是说，县级跨行政区划检察院，适合由省级检察院派出。由此可以形成最高人民检察院和省级人民检察院分别派出设置省级、市级和基层三级跨行政区划检察院的格局，即最高人民检察院在全国范围内设置两级跨省管辖的跨行政区划检察机关，分别行使省级和市级人民检察机关的职权；省级人民检察院在本省辖区内设置一级跨区县和地市管辖的跨行政区划检察院，行使基层检察院的职权。上级跨行政区划检察机关领导下级跨行政区划检察机关，最高人民检察院领导全国各级跨行政区划检察机关。
最高人民检察院派出的跨行政区划检察院依据《中国共产党党组工作条例（试行）》有关规定设立党组，由最高人民检察院党组、政治部按照相关规定进行管理；省级人民检察院派出的跨行政区划检察院，由各省级检察院党组、政治部按照相关规定进行管理。各级跨行政区划检察院的机构规格应当与行政区划检察院相同或适当高于行政区划检察院。结合当前司法改革的要求，设置内设机构，实行检察人员分类管理，按照新的检察机制运行。(www.xing528.com)
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