红旗渠建成后，和英雄渠、南谷洞水库、弓上水库等水利工程贯通起来，在林县形成有效的红旗渠灌区，灌溉面积达54万亩。十年建渠是为了使用，用好渠道在于管理。红旗渠自通水开始，就面临着使用和老化问题。为了使红旗渠系统更好地持续利用，则必然进行有效维护。“哪里缺乏维护，哪里的公共投资就会在它的预期使用寿命结束之前迅速老化、破败。”这样，就需要有一套有效的组织管理制度。“如果没有一定形式的组织要求用户相互负责并监督彼此切实承担责任，那么每个人就会坐等他人承担繁重的维护任务。”[12]
红旗渠总干渠通水之后，就建立了一套完整的组织管理、维护、使用、用水制度。县委、县政府注重“效益至上”原则，根据政府在不同时期所制定的规章制度，坚持实行专业管理和群众管理相结合的管理体制，以法治水，强化组织管理、工程管理、用水管理、财务管理，发展综合经营，使红旗渠灌区管理与建设不断完善。
从投资的角度说，红旗渠灌溉系统在修建中需要高度的组织性，具有不可分割性，在后来的运行与维护中又要求当地用户的参与。在修建红旗渠工程的过程中，国家直接投资不足15％，不应该属于国有设施，同时，县、社、队投资不足30％，并且由分散的各公社出资，因此也不能认为是公社或者集体所有。该工程建设中，农户出工投资占主要部分，上万个农户共同出资出工，因此它又不属于个体。这项设施的所有权究竟归谁呢？对此，又应该怎么管理呢？(www.xing528.com)
中共中央和各级领导对加强红旗渠的管理，充分发挥其效益十分关心，为高质量快速度完成红旗渠工程配套建设，以及认真抓好运行管理，充分发挥红旗渠效益，起了巨大的促进作用。在修建和使用过程中，逐渐建立起来了一套管理机构。
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