水下考古作为新兴的考古分支学科，它与田野考古最大的不同是水下考古的工作环境发生了根本性的变化，不能照搬田野考古的理论和工作方法。为了克服水下环境的不利影响，水下考古学者们寻求、尝试了各种方法。可以说中国水下考古的基础理论和工作方法是我国水下考古工作者在实际工作中不断丰富、完善、创造出来的。在历年的西沙群岛水下考古调查与发掘工作中，水下考古工作者在水下考古调查、发掘方法方面进行了大量探索，取得了一批重要成果。
林果概括介绍了水下遗址寻找、定位、调查、发掘和设备应用等方面采用的现代技术方法和手段。(193) 崔勇简单介绍了如意大利、澳大利亚、英、美等国水下考古学者所采用的不同调查、发掘方法和技术。(194) 蔡敷龙以海南洋浦港水下考古调查为例，简述了水下文化遗产保护的基本方法和配合基本建设的一般程序，对其中出现的问题进行探讨，(195) 进而概述了海南省博物馆开展水下考古工作中的潜水规程和安全制度。(196)
水下考古工作中，水下摄影、摄像是记录遗址信息的重要手段。摄像素材、现场照片，对考古原始资料获取、整理、保存和日后研究起着至关重要的作用。徐海滨分析介绍了水下考古三种常用摄像设备的性能、特点和适用环境，总结了使用方法和维护要点。(197) 李滨在水下考古实践中，针对水下摄影中遇到的特殊情况和问题，以及解决问题所使用的方法进行了描述和总结。(198) 韩飞辨析了水下考古摄影的特殊性，从拍摄范围、潜水和摄影装备、摄影中要注意的问题等方面对水下摄影工作进行了概述。(199)
水下考古调查中，如何发现水下遗存是整个工作的重点和难点，可以比喻为大海捞针，其中难度可想而知，单靠人力几乎是无法完成的。所以在水下调查中，灵活地应用探测方法和仪器装备是十分必要的。针对西沙群岛海水能见度好，深度变化大、海底情况复杂的特点，西沙考古队因地制宜地采用以水面平行搜索、水面牵引搜索、自由搜索的人工目测法和以人工拖曳探测仪器的便携式仪器探测法。(200) 在近年来的水下考古工作中，考古人员不断加强学习，以适应新探测技术的发展要求，一批先进设备如多波束声呐测深仪、旁测声呐仪、浅地层剖面仪、磁力仪、水下机器人已应用于水下考古调查工作中。(201) (www.xing528.com)
水下考古测绘是田野考古测绘向水下环境的延伸，两者都要求准确、完整地将遗迹、遗物绘制出来。相对于田野考古测绘而言，水下考古测绘要克服水下能见度、水流、潜水时间、减压病等局限因素的影响。在进行测绘时，首先要绘制遗址草图以了解遗址整体分布概况，再根据基线、基点和探方进行平面测量，绘制遗址平面图，最后结合测深仪器绘制遗址剖面图。水下测绘是一个不断调整的过程，需要在工作中不断更正对遗址、船体的认识，从而得到正确的认识和判断。(202) 除遗址平、剖面图外，水下测绘还需要绘制出水器物图、水下遗迹拼接图、沉船船体线型图，水下考古工作者总结了一套计算机辅助水下考古绘图的相关方法。(203)
除水下考古调查、发掘简报和报告外，多位亲历“华光礁1号”沉船调查和发掘工作的水下考古人从华光礁1号沉船的出土文物(204) 和沉船发掘中考古人的生活两方面，记录了沉船发掘的收获和个人经历。(205)
包春磊根据“华光礁1号”沉船的考古发掘材料，简要分析推断了沉船年代、航行路线、沉没原因、船材种属、船型鉴定、水密舱技术和出水遗物。(206) 龚昌奇以考古测绘图为依托，进行实地观察分析，参考存世的历史文献，对比已发掘的同时代古船，结合船舶特点和有关数据形制，完成了华光礁1号古船的型线图绘制和典型结构复原。(207) 袁晓春根据华光礁1号沉船六层复合外板的考古实例，探讨了马可波罗记载的宋元时期的多层外板造船技术以及华光礁1号沉船的龙骨建造技术和宋船挂锔工艺。(208)
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