城址考古一直是中国考古研究中的重点，其在中国古代历史发展进程研究中的作用是不言而喻的。在这方面，海南城址考古仍处于起步阶段，考古形式多为勘探和试掘，全面、系统的考古发掘还未开展。而城址作为特殊的研究对象，小范围的调查、试掘很难满足其研究要求。海南城址的资料，历史文献和相关研究著作(118) 中有较为详细的记述，这里不再赘述。
1. 珠崖郡郡治研究
海南城址考古研究的关注点主要在珠崖郡郡治研究。汉武帝元封元年（公元前110年）在海南岛设珠崖郡和儋耳郡，从此中央王朝开始了对海南岛的直接统治。关于珠崖郡郡治研究，目前学界有较大分歧，主要持三种观点，即“旧州说”“遵谭说”“龙塘说”。
“旧州说”的观点，认为珠崖郡郡治在琼山区旧州镇旧州村，根据是广东省文物调查的资料。1957年广东省文物普查登记时，在琼山旧州镇旧州村及旧州岭发现有青砖和布纹陶片，文物工作者鉴定为汉代遗物。同时发现一段东西长约400米，南北宽约300米，最高处约7米的突起山坡可能是珠崖古郡城郭。(119) 2011年，海南省文物考古研究所考古人员以旧州镇旧州村旧州城址为中心，对城址和周边地带进行了详细踏查，并局部解剖了北城墙中段。其结论为：大致在汉代或稍晚时期，旧州就成为当时人们活动的一个重要区域了。其年代当不晚于珠崖岭古城的年代，抑或两者年代相当，都兴建于唐代。(120)
“遵谭说”的观点，认为珠崖郡郡治在遵谭区东谭乡，主要是根据历史文献的记载。郭克辉根据《正德琼台志》《琼州府志》《琼山县志》所载珠崖郡址在县东南东谭都石陵村，且此地有珠崖神岭和珠崖侯王庙，考证遵谭区东谭乡为珠崖郡治所在。(121)
“龙塘说”的观点，认为珠崖郡郡治在龙塘镇博抚村，这方面也是依据考古调查资料。黄培平等人对龙塘镇博抚村的珠崖岭遗址进行了勘探，他认为珠崖岭遗址是一处西汉城址，珠崖郡治应在龙塘镇博抚村珠崖岭。李琳考证了汉代珠崖郡建置的年代，对比分析了琼山市（现海口市琼山区）龙塘镇博抚村珠崖岭遗址同西海郡、乐浪郡遗址的共同点。他将调查采集到的砖、瓦标本同西汉砖瓦的资料进行对比，推断其为汉代文物，而琼山市博抚村珠崖岭遗址则是西汉珠崖郡治所在。(122) 最新的考古发掘资料并不支持以上学者们的观点。1999年3－4月，海南省文物考古研究所和海口市博物馆专业人员对龙塘镇博抚村的珠崖岭遗址进行发掘，勘察了北段城墙和城墙内的部分区域。考古队员根据城墙和城内地层堆积中所出土遗物的时代特征，初步判断此城应为唐代中、晚期所建，另外根据城址的规模及形制，推测它的性质可能属于军事城堡。(123) (www.xing528.com)
对于学者们在珠崖郡郡治上的观点分歧，阎根齐、欧少娟辨析了“遵谭说”“龙塘说”的观点，以及考古专业人员发掘珠崖岭城址后的结论。他们认为文献、勘探和考古发掘结论之间的纠葛源于历史文献记载缺失了重要环节，而考古发掘的面积太小，没有全面揭露遗址的面貌，为判读城市的性质带来了困难。从城址的形成原因、社会因素等方面来看，汉珠崖郡城址设地博抚村珠崖岭还是有其可能的，还需要更多的考古发掘和更深入的研究。(124)
2. 定安县衙的发掘和城址调查
2011年7－8月，海南省文物考古研究所考古人员对定安县明清县衙遗址进行考古发掘。遗址位于定安县定城镇中南街北面，坐北朝南，现存二堂和正门。地表散落石柱础、石柱、石鼓等建筑构件，出土青花瓷、黑釉陶、硬陶、琉璃、铜钱等遗物。定安古县衙遗址规模大，布局严谨，是海南目前保存较完好的古代县衙之一。此次发掘为研究明清时期定安县治所的发展提供了考古资料。(125)
2011年8－12月，海南省文物考古研究所、中山大学南中国考古研究中心合作调查了海南岛沿海如琼州府城、清澜所城、乐会县城、儋州故城、昌化故城、昌化新城、崖州故城、乐安城、黎武城等明清城址。(126) 陈奋飞根据陵水史志和考古调查资料，对陵水县古代沿革和古代城址变迁进行探讨。他考证隋代陵水县城治所在旧陵水港（今万宁市新梅乡杨梅港）杨梅铺。唐宋时期迁至博吉里村（今椰林镇里村）。元初迁南山头（今椰林镇东门村），元代皇庆年间迁龙头村（今三才镇港演村），后迁至港门（今新村镇城坡村）。明洪武年间在港门筑城，正统元年（公元1436年）迁南山所（今椰林镇城内旧县署址）。除明清城墙使用砖块砌筑外，其余城址都使用泥土夯筑，城坡村元明城址还采用木栅修筑。他认为陵水置县的时间应为隋大业六年（公元610年）；陵水古城址均靠近水源，多在港口或沿海。(127)
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