国际商事仲裁普遍接受的做法是由审理案件的仲裁员或仲裁庭对仲裁协议的有效性作出判断。退而求其次，有些仲裁机构，如国际商会，会作出初步的裁决，决定仲裁程序是否进行，而最后决定权由仲裁庭作出。
虽然仲裁机构作出的裁决是最终的，法院在确定仲裁协议效力中也发挥一定的作用。但是，通常只能由该国法院进行有限度的审查。例如，在瑞士，只有瑞士联邦最高法院才有权对仲裁机构的裁决作出审查。
根据我国《仲裁法》和仲裁实践，在中国有权对仲裁协议的效力加以确认的有两个机构，即仲裁机构和受诉法院。
（一）仲裁机构对仲裁协议有效性的确认
根据我国《仲裁法》第20条的规定，当事人对仲裁协议效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定。仲裁机构由此取得了确认仲裁协议有效性的权力。
2015年中国国际经济贸易仲裁委员会《仲裁规则》第6条规定：仲裁委员会有权对仲裁协议的存在、效力以及仲裁案件的管辖权作出决定。有评论指出：对同一个案件的管辖权不进行双重审查，而且仲裁委员会通常将管辖权争议作出紧急事项处理。这种机制被认为能够有效地减少费用和加快程序。[35]
显然，这种审查制度也有利于维护仲裁机构的权威，因为仲裁庭的解散不会影响仲裁委员会作出决定的效力。当然消极的影响是仲裁员以及仲裁庭的权威和活动能力受到了仲裁机构的限制，而且表现出比较强的依赖性。值得注意的是，仲裁庭对仲裁机构的这种依赖性还表现在许多方面。例如，2015年中国国际经济贸易仲裁委员会《仲裁规则》第23条规定，当事人依据中国法律申请临时保全时，仲裁委员会应当将申请转交给有管辖权的人民法院作出裁定。换言之，仲裁员和仲裁庭无权作出临时保全的决定，除非当事人依据《中国国际经济贸易仲裁委员会紧急仲裁员程序》申请紧急性临时救济，紧急仲裁员可以决定采取必要或适当的临时性救济措施。
在仲裁机构对仲裁协议有效性的审查中，逻辑上不发生歧义是一个重要标准。这可以在以下的案例中得到说明。
深圳一家公司与一家香港公司于1994年签订了联营出口协议书。该协议书中订明如下条款：双方如对本协议发生争议，原则上应协商解决，协商不能解决，则仲裁解决，仲裁地为深圳。
双方发生合同争议后，深圳公司于1995年1月向深圳市工商行政管理局经济合同仲裁委员会提起仲裁。在香港公司提出合同一方是境外公司而应作为国际经济贸易纠纷之后，深圳公司主动撤回了仲裁申请，并在深圳市工商行政管理局经济合同仲裁委员会作出撤案决定后，向中国国际经济贸易仲裁委员会深圳分会提出仲裁申请。香港公司在接到仲裁通知后，对管辖权提出异议。主要理由是联营出口协议书中的仲裁条款不符合中国国际经济贸易仲裁委员会《仲裁规则》中的示范仲裁条款，而且仲裁条款指定仲裁机构不明确。
中国国际经济贸易仲裁委员会深圳分会认为，仲裁委员会推荐的示范条款本身并不是强制性的要求。仲裁委员会受理本案在《仲裁法》生效之前，因此不适用仲裁法，而应适用中国国际经济贸易仲裁委员会仲裁规则。联营出口协议书约定了在深圳进行仲裁。尽管该仲裁条款中双方当事人未对仲裁机构予以明确约定，但从案件的实际情况看，当事人对仲裁机构的选择是确定的。当时，深圳只有中国国际经济贸易仲裁委员会深圳分会和工商行政管理局内设置的经济合同仲裁委员会，而受理国际经济贸易纠纷的涉外仲裁机构只有中国国际经济贸易仲裁委员会分会。[36]
（二）受诉法院对仲裁协议有效性的确认
双方当事人在订立仲裁协议后，如果一方当事人就协议的效力向法院提起诉讼，受诉法院有权对仲裁协议的效力作出认定。受诉法院在认定仲裁协议无效的情况下可以审理案件。如果法院认定仲裁协议有效，一方当事人提起的诉讼就会被驳回，当事人仍应通过仲裁解决争议。
（三）法院与仲裁机构对仲裁协议有效性行使确认权的冲突
实践中经常发生一方当事人请求仲裁委员会认定仲裁协议的效力，而另一方当事人请求法院作出裁定。根据中国《仲裁法》的规定，在这种情况下，法院的认定是最终的。《仲裁法》第20条明确规定，当事人对仲裁协议的效力有异议的，可以请求仲裁委员会作出决定或者请求人民法院作出裁定。一方请求仲裁委员会作出决定，另一方请求人民法院作出裁定的，由人民法院裁定。(www.xing528.com)
最高法院所作的司法解释对这个问题作了进一步的说明。如果仲裁机构先于法院接受申请并且作出决定，法院不应当受理。[37]
上海市高级法院认为，上海仲裁委员会对仲裁协议效力的异议请求依法作出决定后，当事人再向法院提出异议请求的，法院不予受理。[38]
上海市高级法院的解释在中国法院的司法实践中具有普遍性。厦门市中级法院在下列案件中作出了类似的裁定：厦门信达股份有限公司与雅捷实业有限公司于1993年在厦门签订了一份买卖1 500吨钢材的中英文对照合同。但是中英文合同对仲裁条款的表述不同。中文合同中手写：争议应提交双方同意的美国具有法律效力的仲裁机构按有关国际仲裁条例进行仲裁，仲裁地点在美国。英文的格式合同则规定：争议应提交中国国际经济贸易仲裁委员会仲裁解决，仲裁地点在北京。
1996年3月，双方当事人在货物到达厦门后对货物质量问题发生纠纷，但未达成新的意思表示一致的仲裁协议。信达公司向中国国际经济贸易仲裁委员会申请仲裁，而雅捷公司依据合同仲裁条款中文的表述提出管辖权异议。信达公司在对管辖权异议的答辩中要求中国国际经济贸易仲裁委员会驳回雅捷公司的异议。1996年8月，中国国际经济贸易仲裁委员会最后作出了仲裁协议手写条款的效力高于格式条款，支持雅捷公司的管辖权异议的决定。1996年8月，信达公司在隐瞒了中国国际经济贸易仲裁委员会已经对仲裁管辖权作出认定的事实，而向厦门市中级法院申请确认合同仲裁协议中文条款无效，英文条款有效。庭审过程中，信达公司提交了中国国际经济贸易仲裁委员会作出的管辖权决定书，表明中国国际经济贸易仲裁委员会对合同争议没有管辖权。
厦门市中级法院认为信达公司在收到仲裁机构有关本案管辖权决定之后，又向法院申请确认仲裁协议的效力，该申请不符合《仲裁法》第20条和《民事诉讼法》（1991年）第140条第1款（11）项的规定，裁定驳回信达公司请求确认仲裁协议效力的申请。
厦门市中级法院的司法实践将当事人请求确认仲裁协议效力同《民事诉讼法》（1991年）第15章特别程序的规定提出起诉或申请的案件一样，具有非讼请求之性质，不属于当事人之间的实体争议的范围。这一点在诉讼法上具有突破意义。
为了避免法院与当地仲裁机构在仲裁协议有效性确认方面的重复审理的问题，上海市高级法院要求法院和上海仲裁委员会在受理当事人对仲裁协议效力提出的异议请求作出裁定、决定后，应及时发送对方，以免发生重复受理。[39]
但是，如果仲裁机构还未作出裁决时，法院是否能够受理。最高法院的解释规定，在仲裁机构接受申请后尚未作出决定时，法院应予受理，同时通知仲裁机构终止仲裁。这一规定进一步明确了法院在确认仲裁协议效力方面的主导权力。[40]
另外一种值得注意的情况是，一方当事人就合同纠纷或者其他财产权益纠纷申请仲裁，另一方当事人对仲裁协议的效力有异议，请求人民法院确认仲裁协议无效，并就合同纠纷或者其他财产权益纠纷起诉的，人民法院受理后，应当通知仲裁机构中止仲裁。[41]
人民法院作出仲裁协议有效或者无效的裁定后，将裁定书副本送达仲裁机构。仲裁机构根据法院的裁定恢复仲裁或者撤销仲裁案件。[42]
最高法院的司法解释进一步规定：法院依法对仲裁协议作出无效的裁定后，另一方当事人拒不应诉的，法院可以缺席判决；原受理仲裁申请的仲裁机构在人民法院确认仲裁协议无效后仍不撤销其仲裁案件的，不影响人民法院对案件的审理。[43]显然，最高法院在仲裁机构和法院确认仲裁协议效力的权力分配和排列上，将法院的司法管辖权优先于仲裁机构的权限，并设置在仲裁机构的仲裁权之上。
如果一方当事人向人民法院起诉时未声明有仲裁协议，人民法院受理后，另一方当事人提交了仲裁协议，而对方又未对仲裁协议的效力提出异议，这时人民法院会驳回起诉，而不会自动地对仲裁协议的效力进行裁定。法院通常只会在当事人对仲裁协议效力发生争议，并且根据《民事诉讼法》规定的程序正式向法院提出书面异议的情况下，才会裁定受理，并且对仲裁协议的效力作出认定。此外，需要注意的是，另一方当事人向法院提交仲裁协议的时间应该在答辩期间内提出。
当事人对仲裁协议效力的异议提出时间也是重要的问题。如果双方当事人发生争议后，已经向仲裁委员会提出仲裁的请求，而其中的一方对仲裁协议的效力有异议，根据中国《仲裁法》的规定，该方当事人只能在仲裁庭的首次开庭前提出。换言之，当事人不能在仲裁庭进行首次开庭后的过程中提起异议。这有利于仲裁庭顺利地进行仲裁。
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