（1）仲裁的目的不同。国际商事仲裁的主要目的是促进平等主体间的争端友好解决，免于提起诉讼，保护争议双方的商事关系，仲裁庭作为居间裁决者有平等对待双方当事人的义务。[19]在国际投资仲裁中，尽管近年来关注东道国利益的保护，但总体上是以“促进和保护投资”为其宗旨和目标。[20]
（2）仲裁争端主体地位不同。国际商事仲裁通常涉及的争端主体是私人主体和平等主体，争端双方权利义务是对等的。而国际投资仲裁的当事人通常一方为主权国家，另一方为来自另一国家的投资者，通常国家只能是被申诉人，投资者和东道国之间权利义务存在不对等性。[21]由于国际投资仲裁涉及主权国家，因此，国际投资仲裁亦具有国际公法属性。[22]
（3）仲裁合意形成及表现不同。在国际商事仲裁中，仲裁合意通常通过争议双方当事人之间的合同条款来表现。按照许多国家有关仲裁的立法与实践，当事人只要在协议中有明确的通过仲裁解决争议的意思表示，就应当尽量满足当事人通过仲裁解决争议的意愿。[23]在国际投资仲裁中，仲裁本质上也取决于当事人之间的合意，[24]仲裁庭的权力也源自并受限于当事人的合意，[25]但外国投资者和东道国之间并无直接的合同关系。[26]作为一方当事人的东道国政府的仲裁意思表示往往包含在其签订的双边投资协定（BIT）中，是双边投资协定缔约双方向对方国家的投资者作出的仲裁要约。在争议发生之后，缔约另一方的投资者可以按照双边投资协定中的规定对该缔约国提起国际仲裁，投资者按照双边投资协定的规定对东道国提起仲裁的行为构成了其对该要约作出的承诺。[27](www.xing528.com)
（4）仲裁主张的依据不同。在国际商事仲裁中，由于公开的商事仲裁裁决相对较少，涉及合同解释和国家法律的适用问题，当事人通常援引国内立法和司法决定支持己方主张，[28]根据《纽约公约》规定主张外国裁决的承认与执行。[29]在国际投资仲裁中，主张及抗辩主要基于某个双边投资协定或多边协议，例如《北美自由贸易协定》或《能源宪章条约》所规定的实质性保护或根据习惯国际法提出的。[30]
（5）仲裁请求条件不同。在国际商事仲裁中，双方当事人都可以向另一方提出请求或反请求。由于大部分双边投资协定的条款都将义务施加给东道国而非投资者，投资者与国家间仲裁有时是“单向”的，允许投资者向东道国提出请求，通常不允许东道国向投资者提出请求或反请求。仅在因投资合同产生的纠纷，或者因可以适用保护伞条款的合同而产生的纠纷等少数情况下，国家也可以向投资者提出反请求。[31]
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