1.县级文物保护机构不健全
县级文物保护机构对农村的文物保护工作负有不可推卸的责任，但是受经费、人员、交通工具等条件的限制，目前正处于一种无能为力的状况。在不少地区有的县（区）由社会文化科的同志负责文博工作，有的县（区）由文化馆的同志代管县（区）的文博工作，无编制、无人员、无经费。因此，从目前的情况来看，县（区）的文化遗产保护工作现状堪忧。
2.县级文化遗产保护经费严重不足
在如火如荼的新农村建设中，县（区）文化遗产保护经费增长远远落后于新农村建设的需要，主要表现在三个方面：（1）新农村建设对文化遗产保护工作带来前所未有的冲击，保护文物比任何时候都严峻，抢救任务更加繁重，保护成本大大增加；（2）文物底子薄，历史欠账多，特别是经济欠发达县（区），连最基本的人员和工作经费都难以保障，文物经费更无从谈起；（3）文物事业在新农村建设中作用越来越大，对社会的贡献越来越明显。不少文物单位在达到自身保值增值的同时，还可以产生极大的经济效益。与其效益相比较，投入还远远不够。总体来说，县（区）对文物保护的投入与实际需求之间存在较大的差距。
3.新农村建设对县级文化遗产保护造成威胁(www.xing528.com)
随着新农村建设和城市化进程推进，县（区）城乡面貌日新月异，原有的老城、老街、老房子都已渐渐地成为历史的回忆，就连一些重要的历史名城，原有的历史风貌也发生了彻底的变化，各级文物保护单位很难被完整保留下来。随着大规模基础建设和大型工程的启动，不但地上遗迹处境恶劣，地下遗存更是难得安宁，老祖宗遗留下来的地下遗存恐毁于旦夕。近年来强劲的城市化进程对文化遗产造成的冲击，难以估量。当然，除了建设性破坏之外，因一些片面认识、错误观念及管理不当所造成的保护性破坏，也为数不少。毋庸讳言，县（区）范围内丰富多彩的历史文化遗产资源，正在以前所未有的速度和规模消失，这已引起了全社会广泛的关注和反思。
4.民间文物大量流失，田野文物保护力度不够
民间文物流失严重。近几年来，随着媒体相继开设鉴宝和艺术品投资等栏目，收藏热不断升温。农村条件差，农民的文化素质低，对文物价值认识不足，农村成了文物贩子“捡漏”的广阔天地。田野文物的保护，县（区）文物保护部门鞭长莫及。由于近几年来对文物保护的宣传力度不够，群众的保护意识十分淡薄，本应是群防群治地保护环境，而今在许多县（区）却出现了一些群众参与盗墓的怪现象。据有关资料表明，从2000年以来，发生在全国县（区）的盗挖古墓有10多万起，被毁古墓20余万座。即便是一些体积庞大的地上文物也未能幸免。来自中国海关的资料显示，近十多年，仅深圳海关就查扣走私文物近3万起。而这仅仅是海关在对于出境货物5%的抽查中发现的。县（区）文物的流失，已经形成国际化一条龙“经营”，从盗掘到走私，直至出现在海外交易市场，很快就能完成。
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