在ATA单证册制度运转过程中，有关各方应尽量避免产生索赔，而一旦索赔产生，应努力争取及时核销索赔，避免持证人承担不应有的损失。为此，有必要对ATA单证册的索赔程序有基本的了解。该索赔程序主要包括三个步骤：
1）引起ATA单证册索赔的原因。如果暂准进口国海关在货物暂准进口期限届满时，未见到货物复出口的证据，无法核销该单证册的进口凭证，就会对ATA单证册提起索赔。海关没有见到复出口凭证的原因很多，大致可分为以下几种：
①由于持证人疏忽，或者海关对出口货物监管较松，持证人复出口时未向海关出示ATA单证册即将货物顺利运出关境，使暂准进口国海关没有签注单证册。
②由于笔误或其他原因，全部或部分原进口货物的项号未填写在复出口报关单上，且未能说明理由。
③全部或部分货物在暂准进口国被销售。
④全部或部分货物在暂准进口国被窃、被毁或丢失。
⑤货物在单证册失效后出口，或货物在进口地海关规定的复出口期限届满之后复出口。
⑥因其他原因导致复出口货物的数量少于原进口货物的数量。
⑦有其他违反相关国际公约和/或暂准进口国国内法规的情况。
2）海关提起索赔的时间。海关最晚应在单证册失效期届满后一年内提起索赔，如逾期提起索赔，相关各担保商会不再承担担保责任，但可以协助海关向持证人追索。但是，如果发现有明显违反ATA单证册运转规定的行为，海关有权立即向担保商会提出索赔，而无须等到单证册失效后再提出。实践中，海关一般在单证册有效期终止后提出索赔。
3）海关索赔的款项。
①进口各税包括进口关税和其他应付各税，如增值税、消费税，进口各税中不包括海关手续费。
②罚款当出现滥用、欺诈使用单证册的情况时，海关可征收罚款，担保商会有义务向海关偿付的罚款金额不得超过应付关税的10%。
③其他应付款项通常指货物违反暂准进口或过境规定时，海关调整单证册的费用。目前，收取调整费的国家有法国、荷兰、西班牙、瑞士、美国、新加坡、中国等国家。此外，卢森堡海关认为，货物复出口时未签注是违法行为，对此他们要求持证人交纳罚款。
4）暂准进口国担保商会向海关提交证据或支付赔款。收到海关索赔后，暂准进口国担保商会应立即通知出证国担保商会，并转交后者提交的可以证明货物已经复出口或单证册已经合法核销的证据。按照有关国际公约规定，海关可接受的证据包括如下四种：
①经暂准进口国海关签注盖章的货物复出口存根。该存根可证明海关已无条件签注货物复出口。如海关在签注时可以明显看出持证人未遵守过境或暂准进口的规定，却未对此作任何限制，例如，可明显看出货物是在复出口期限届满后出口，但海关仍照常签注盖章，则可认定海关已默示调整单证册，或已无条件注销单证册，担保商会的担保义务终止。
②另一暂准进口国海关在单证册上签注的进口或复出口存根，该签注日期应在拟证明的货物复出口日期之后。例如，某ATA单证册在1月10日进入美国后，因复出口时未签注产生索赔，担保商会可以用其他国家海关1月10日后在单证册上签注的进口或复出口存根核销索赔，但不能用1月10日以前其他国家海关在单证册上的签注作为复出口证据核销索赔。
③单证册出证国海关签注的货物复进口存根。该存根可证明货物已从所有暂准进口国或过境国复出口。
④其他任何可证明货物已离开该国的正式文件。如海关出具的货物状况证明等。海关有权自由裁量是否接受这类文件作为证据。
出证国担保商会无需把单证册本身作为书面证据交给暂准进口国的担保商会，而只要将有海关签章的复进口存根，或将盖有担保商会签章且注明“与原件相符”的存根复印件，交给暂准进口国担保商会。
任何情况下，如海关放弃对单证册项下货物复出口的要求，则只有海关在单证册上明确签注该批货物已被调整时，才可解除担保商会所负担保责任。
暂准进口国担保商会自索赔提起之日起，有6个月的期限向海关提供证据。到期末能提供的，担保商会应向海关交纳押金，并有3个月的宽限期，如在宽限期内仍未能提供复出口证据，该笔押金转为付讫的税款。
5）预先调整。出证国担保商会审查持证人使用后返还的单证册时，如发现该单证册未在外国海关办理复出口签注，虽然尚未收到暂准进口国海关索赔，为早日退还持证人扣押在出证商会的押金或保函，担保商会可以主动将该单证册项下货物复出口的证据提交给暂准进口国的担保商会，由后者向其本国海关申请预先调整单证册。暂准进口国海关如接受调整证据，应书面通知担保商会正式核销该单证册。(www.xing528.com)
预先调整可以加快单证册核销程序，使持证人早日收回抵押在出证商会的担保，降低持证人的经济压力。目前除法国海关等少数国家外，各国海关一般都接受单证册预先调整。
（2）商会间调整与核销单证册的程序。担保商会必须尽可能迅速地将海关的索赔和索赔金额转交外国相应机构。调整ATA单证册的往来信函只能在担保商会之间交换，担保商会和外国非担保商会的出证机构之间不能发生直接联系。
1）使用标准来往格式函件。为提高效率，国际商会国际局设计了下述9类标准格式函，要求各担保商会在调整ATA单证册时使用。
①要求提交证据函。
②向外国担保商会提交证据函。
③提醒提交证据函。
④要求外国担保商会付本国海关追索关税函。
⑤通知外国商会已经付款函。
⑥结束索赔函。
⑦要求支付调整费函。
⑧要求外国担保商会赔偿函。
⑨提醒支付赔偿函。
⑩最后提醒提交证据函。
上述函件应用国际商会和国际局的两种工作语言文字（法文和英文）印刷，一国担保商会也可用多种语言文字印制，但其中应有一种语言文字是英文或法文。
为方便调查，避免错误或遗失，担保商会应一事一函。
此外，如标准格式函需附海关收据，应随附英文或法文译文。在附海关收据的G函中，应包括向海关支付金额的英文或法文账目清单，该清单应满足被追索的担保商会的一般要求。
2）担保商会之间的关税赔付。
①赔付金额。在需支付进口各税时，根据ATA公约第6条和第7条，担保商会之间赔付的款项仅包括海关直接追索的金额。担保商会不应追索其调整文件的人工费、通信费或其他类似支出。这些费用应由各担保商会在签发单证册时收取的手续费中收取。国际商会国际局正在讨论一项议案，该议案拟批准担保商会对因外国持证人的原因引起的索赔收取50美元的工作费用。除非特定担保商会之间有协议，否则赔付的币种一律用进口国货币提出。
②偿付期限。索赔提起国的担保商会向本国海关垫付税款或调整费后，可以向出证国的担保商会进行追偿。索赔要求应附付款凭证（海关收据的原件或复印件）。出证国担保商会应在收到付款凭证后2个月之内汇付税款。未见付款凭证，应赔付的担保商会可以拒绝赔付。
如出证国担保商会延期未付，索赔提起国的担保商会可向国际商会国际局求助，国际商会将命令负债务的担保商会在1个月内赔付过期欠款。如果期满后仍没有付款，国际商会将容许负债务的担保机构最多两个月的宽限期，如仍未获得补交款项，国际商会国际局将向为该担保商会向国际商会出具担保的国内银行或保险公司提起索赔。
为维护ATA国际联保系统的统一性，保护各国担保商会不受损失，国际商会国际局设立了ATA担保基金。当某一担保商会和为其出具担保的银行或保险公司都拒绝支付索赔款，或为负债务的担保商会向国际商会出具的担保不足以涵盖进口国担保商会代其向海关交纳的税款时，进口国担保商会即可向ATA担保基金申请赔付。该基金自2000年3月1日起开始运作，国际商会国际局每年从征收的ATA单证册管理费中向基金拨款。预计到2001年底基金将达到200万法郎。
担保商会之间对50美元以下的赔款可以用冲账方式结算；如用双边补偿或债务抵消方式结算，每年6月和12月各结算一次。
（3）出证国国内赔偿手续。出证国担保商会向外国商务偿付进口各税等款项后，可向下属出证商会追偿。出证商会和担保商会之间一般订有书面协议，规定出证商会应向担保商会承担补偿义务。随后，出证商会可向持证人追偿，持证人应及时偿付，如逾期拒付，出证商会可执行持证人在申请单证册时提交的押金或保函，如押金或保函不足以涵盖赔付金额，或保函无法执行，出证商会有权依国内法律对持证人及其担保人（银行或保险公司）采取法律行动。
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