数日后，考虑到时机已经成熟，松平信纲下令改变原先围而不打的方针，要求各路诸侯开始动手，不过也不必弄得惊天动地，小打小闹一番即可，每天晚上趁着夜深人静拿着铁炮大筒对着城里开枪就行，同时也拜托了荷兰人，让他们接着从海上打炮，别停下。
话说就在这道命令下了之后不久的某天夜里，也不知道是哪路高手那么厉害，砰砰砰的几发子弹就射进了原城主城楼的一间房间里，确切地说，是天草四郎的所在地。
偏偏不巧的是，那几发子弹弹无虚发，每一颗都消灭了一个敌人——正在天草四郎周围的几个士兵不幸中枪，当场倒地身亡，四郎运气好，没伤着，只是宽大的袖子被打出了个窟窿。
还记得之前益田好次他们是怎么宣传的么？
“只要团结在这面旗帜和天草四郎大人周围和幕府战斗，那就能获得刀枪不入的神力。”
事实证明，这话如同放屁，别说入了，都已经穿了。
此事在乱军心灵上造成的创伤，不亚于之前被荷兰人用炮轰，甚至更厉害。
毕竟西洋的上帝相对比较虚无渺茫，可这预言之子摸眼治瞎的神迹可是真真切切地在人民群众跟前表演过的，结果现如今连他都靠不住了，那么往后还能靠谁呢？
一直以来，很多人那坚定不移的意志，终于开始动摇了起来。
这其中就包括副将山田右卫门作。
子弹打入天草四郎房间的当时他也在场，在亲眼目睹了原本应该是刀枪不入的那几个侍从撒手人寰之后，右卫门作受到了极大的震撼。
最让他感到无法接受的是，在枪击事件的那会儿，他无意中瞥了一眼天草四郎，发现这位被众人追星捧月当上帝的预言之子，居然缩在了墙角，并瑟瑟发抖着。
其实他不过是个十六岁的孩子罢了。
“我们坚信西洋人会来救我们，结果却被他们用炮打了；我们坚信四郎是无所不能的预言之子，只要围在他的身边便能刀枪不入，结果却被当场射杀，接下来，我们究竟该信什么？我们一直以来所信仰着的上帝，是不是也是如此靠不住？真是没有再想下去的勇气了。”
那一天，山田右卫门作在日记中如此写道。
同时，他还做出了一个决定，那就是向幕府军投降。
就在这天深夜，右卫门作亲自将一封表达了自己愿意投诚的书信射出了城外，同时在信里他还表示，由于最近几天城中盘查甚严，不方便逃走，等风声过去之后，自己一定会溜出城来，奔向光明。
这封信很快就被交到了松平信纲手里，根据之前他自己做出的承诺，对于山田右卫门作的投降，肯定是要接受的。
所以信纲看完信后便立刻提笔回书一封，大致内容是山田大人，您要求投降我方的信我已经收到了，在此，我松平伊豆守信纲以幕府军总大将的身份向您保证，在城破之日，非但不伤您性命，而且还会为您在幕府中谋个官职，保您一世的荣华富贵。
写完，他叫来了手下： “等到天亮，你把他射给山田大人。”
手下接过了信，但没动弹： “大人，怎么射？”
“用弓箭啊。”
“大人，我又不知道那位山田大人的具体位置，往哪儿射啊？”
“往城里射不就行了？”
“那万一被其他乱贼捡到怎么办？”
“哪来的什么万一啊，你觉得山田右卫门身为副大将，能在城头待着么？百分百会被其他人捡到的。”
“那您这是打算存心害死他？”
“我倒是没想害他，只是如果我不把山田右卫门投降幕府的消息告诉乱军，又怎能让他们军心大乱？”
次日上午，山田右卫门作被以私通幕府为名绑了个五花大绑，同时被捕的，还有他的妻子和儿子。
考虑到哥们儿毕竟跟大伙一起出生入死过，所以益田好次还算网开了一面，只是将其投入牢房，等待发落，至于妻儿，则没那么好的运气了，他们被当众斩杀于城中，算是以儆效尤。
但这招已然是无效了。在经历了被洋人打，天草四郎中枪等事件之后，很多人早就开始怀疑起了在这场战争中自己是否真有上帝做同伙，现在又看到副大将背叛，心中更加不是滋味，众人的斗志，终于开始走向了瓦解。
就在此时，幕府军又有了新的收获——有人在天草地区发现了一可疑大娘，经过一番审讯之后，发现竟然是天草四郎的母亲。
松平信纲接到消息之后大喜，连忙让人把她给押至大本营，打算亲自过问。
说是过问，其实也就是想让对方出面，劝诱城里的人赶紧出来投降罢了。
但不管信纲怎么说，四郎的母亲都一口回绝，表示要杀要剐随便，但要自己去城外把儿子劝出来，那是不可能的。
“天草四郎是预言之子，他一定会带领大家取得最终的胜利，把你们全都消灭。”
对此，信纲只是轻轻地一笑，下令将这位欧巴桑押下去关起来，说是以后有用。
至于什么用，当时没人知道。
原城的包围仍在继续，随着时间一天一天地流逝，城中的粮食也不断地减少，同时，不安的情绪也开始在空气中蔓延了开来。
谁都不知道自己的未来会是怎样，尽管隐隐约约已经感到是死路一条了，可究竟什么时候死，怎么死，却依然是个未知数。
2月上旬，一小批快要被逼疯了的乱军士兵组织了起来，擅自冲出了城池，想要以武力突破幕府的包围，但却毫无悬念地被全部射杀。
杀完之后，幕府军士兵按照惯例是要把尸体就地掩埋处理的。但就在他们挖坑的当儿，上头来了人，传达了命令，说是别急着埋，这尸体松平大人留着有用。
虽然不知总大将为何如此重口味，但众人也乐得落个轻松自在，便把尸体交给了来人。(www.xing528.com)
而松平信纲似乎是对这批尸体抱有了极大的兴趣，甚至还亲自来到停尸房，一具一具地挨个观摩，先是看脸，再是看身，周围的人都快要恶心吐了，他却依然饶有兴趣地在那里端详着，还做了指示： “把他们的肚子都给剖开，然后看看胃里有什么。”
没人知道这位大人这么做到底有何深意，但毕竟是主帅命令，不敢不从。
很快，解剖结果就出来了：所有人所有胃里，只有海带。
“十天之后，准备攻城。”在听取了汇报之后，信纲这么说道。
原城因为三面临海，所以能捞着海带也不足为奇，可如果每一个人的肚子里有且只有海带，那便足以证明，城里应该已经是没了粮食。
只要再困上个十天半月，再发动总攻，那么到时候那帮乱贼一定会饿得连反抗的力气都没有。
2月27日，最后的总攻开始了。
随着松平信纲的一声令下，十二万大军浩浩荡荡地朝原城杀去，虽然场面极为汹涌，但跟三个月前板仓重昌的那次新年攻势相比，却显得有条不紊，极合章法。
这首先自然是因为智慧伊豆跟板仓重昌相比，无论是能耐还是威望都要高出一大截，数日来的围城战让大伙对他是心服口服；其次是由于原先留在江户的几个藩的大名也都到了场，避免了之前重昌那会儿所出现的那种断层领导，能够直接并有效地控制各家的部队，毕竟县官不如现管，直接领导你的上司就在现场，你要不卖力干活实在说不过去；第三是一些大名们的到场也有利于士气的提升，比如立花宗茂，当这哥们儿一身戎装出现在战场的时候，不光是他们柳河藩的人斗志昂扬，就连整个幕府阵地，也都欢呼一片，大伙纷纷赞叹说能够亲眼看到武神出阵，也不枉此生了。
而战况也正如信纲所算计的那样，城里的乱军一减往日威风，几乎是连铁炮都举不起来，只能眼睁睁地看着幕府军攻破城门，冲入城主，再任由他们将自己斩杀于刀下。
事实上，早在攻城之前，松平信纲就下了屠城令：“进城之后，无论男女老幼，格杀勿论。”
你也不要说他残忍什么的，这也是没办法的。宗教战争不同于普通的农民起义，留了一个活口，就等于是留了一颗火星子，而那火星子，说不定将来就是一把燎了你日本列岛的星星之火。
攻城的具体不必多说，无非就是一群吃饱喝足了的精壮汉子打一群饿死鬼，我们直接来说结果——28日，仅仅一天，乱军的大本营原城便被幕府军拿下了。
城里的人，从总大将益田好次到随军家属小孩全部都遭到了杀害，无一人幸免，除了那位事先已经投降了的山田右卫门作，不过当他被从牢里救出来的时候，几乎已经是半死状态了。
至于那位预言之子天草四郎，据说也在本丸攻防战中，把性命丢在了熊熊的战火之中。然后留下了一句非常有名的遗言： “今日，在此奋战的人们，愿我们来生再做朋友。”
注意，是据说，也就是不确定的意思。
实际上天草四郎到底是死是活，在刚刚攻破城池的那几天并没有一个确切的定论，只是话说在原城本丸被攻破的时候，细川家有个叫阵佐左卫门的家臣斩杀了一名十六七岁光景的少年，该少年穿着考究，并且还挂着银色十字架，经过降将山田右卫门作事后辨认，初步判断正是天草四郎。
但因为事关重大，不能如此草草了事，而且这么大的一场动乱被平定，各方面都非常尽心尽责，九州诸侯更是拼了性命在那里浴血奋战，实在有必要论功行赏一番，所以松平信纲决定，弄一个首实检大会。
大会的地点被设在了熊本，不过说是要用首实检的手段来行赏，其实主要的目的是找出到底哪一颗才是天草四郎的头颅。
虽然之前山田右卫门作倒是确认了那颗少年的脑袋确实曾经出现在天草四郎的肩膀上，可为了保险起见，故而光他一人说了不算，得多要几个证人。
问题是原城里的人除了右卫门之外全部都被斩尽杀绝了，这该找谁来呢？
难题最终又落到了松平信纲的跟前，在略作思考后，他表示，那就把天草四郎的母亲给请来吧。
言下之意，就是让她来辨认自己儿子的首级。
然而手下却有些犯难了，说这老太太是出了名的难伺候，心理素质极强，到时候她满熊本转了一圈，愣是不肯说哪颗脑袋是她儿子的，一口咬定天草四郎没死，那不就麻烦了？那消息一旦传出去，搞不好又会引起骚动，岂不弄巧成拙？
松平信纲看了看这位机智的手下，说你只管去请，一切后果不用你来承担。
就这样，益田夫人来到了熊本。
在刚刚踏入首实检会场的时候，她确实相当嘴硬，看了一眼陪同在旁的松平信纲，轻蔑地笑着道： “我儿子是预言之子，怎么可能死在你们这种贼人的刀下？有这会儿工夫，他早就坐上快船去了西洋啦！”
松平信纲却只是微笑，说您慢慢看，看到了，吱一声，要看不到，也没事儿，咱送您回去。
于是老太太就在众人的陪同下，闲庭信步在几万颗人头中，并且确实表现出了极为过硬的心理素质，看着那一颗颗连年夜饭都能让人吐出来的脑袋，却始终保持着一丝轻蔑的表情，时不时还回头跟松平信纲说一句： “老身早就告诉过你了，我儿子才不会死在这种地方呢。”
信纲仍是一言不发，在转了大概十来分钟后，他暗自示意随从，将老太太引到了摆放着那颗疑似天草四郎的头颅的位置。
她站住了脚步，盯着看了好一会儿，脸上的表情没有任何变化。
正当大家打心底里佩服她的内心坚强并且已经基本认定这颗脑袋不会是天草四郎的时候，意外发生了。
老太太突然哭了出来，没有任何征兆，一下子就哭得很大声，因为过于激烈，甚至还跪倒在了地上。
松平信纲收起了微笑，只是说道，您慢慢哭，哭完了，吱一声，我安排人送您回去。
我想不出这世上是否还有比让母亲零距离面对儿子的首级更为残忍的事，但此时此刻，别无他法。
即便是再坚强的母亲，也很难坦然接受儿子的死亡，这就叫人性。
天草四郎时贞，确认死亡。
而那位原城里唯一的幸存者山田右卫门作，之后被带到了江户，留在了松平信纲的身边，主要负责两件事：第一，将动乱中城内所发生的事情一一记录在案，做成笔记；第二，将地下教会以及地下教徒的特征编成教材，方便以后幕府调查拿人。
虽然信纲曾经提出，让右卫门作成为自己直属的家臣，在幕府里混个一官半职，但却被他婉言谢绝了。
或许是由于被狠狠地利用了一回从而对幕府自心底里产生了失望吧。
在江户逗留了数年之后，山田右卫门作的身影便从人们的视线里消失了，有人说他回了九州的老家，有人说他和信纲达成了秘密协议，渡海去了欧洲。
就此，在日本历史上留下了重重一笔的岛原之乱，正式宣告结束。
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