合作社与合伙企业虽然同为“人合”组织，但两者间个性远远大于共性。
（一）设立目的不同
合作社是非营利的互助性的经济组织，以服务社员为宗旨。合作社的设立，旨在满足社员共同的经济、社会、文化需求与愿景。合伙企业是典型的营利性的经济组织。合伙企业的设立，旨在追求利润最大化，从而实现合伙人的经济利益。
（二）法律地位不同
各国、各地区合作社法几乎都赋予合作社以法人主体资格。《瑞士债法典》第838条第1款规定：“合作社向商事登记处登记后取得法人资格。”[82]我国《农民专业合作社法》第5条第1款亦规定：“农民专业合作社依照本法登记，取得法人资格。”合伙企业，除少数国家（如法国）外，一般不享有法人资格。
（三）成员构成不同
在农民专业合作社中，除了“具有管理公共事务职能的单位”，公民以及从事与农民专业合作社业务直接有关的生产经营活动的企业、事业单位或社会组织都可以成为社员，但农民应当占社员总数的80%以上。设立普通合伙企业，须有2个以上合伙人。有限合伙企业由2个以上50个以下合伙人设立，其中至少应当有1个普通合伙人。国有独资公司、国有企业、上市公司以及公益性的事业单位、社会团体不得成为普通合伙人。
（四）表决权不同
合作社社员享有一票基本表决权；与此同时，还享有附加表决权。对此，我国《农民专业合作社法》第22条第2款即明确规定：“出资额或者与本社交易量（额）较大的成员按照章程规定，可以享有附加表决权。”合伙人表决权，由合伙协议约定；没有约定或约定不明确的，实行“一人一票”。
（五）交易对象不同(www.xing528.com)
合作社的设立旨在满足社员的经济、社会与文化需求，其交易对象是社员，合作社只与社员交易。不少国家合作社法即明确规定合作社不得与非社员交易，或者规定合作社与非社员的交易量不得超过与社员的交易量。合作社的本质属性即体现在所有者与利用者同一。合伙企业是“对外交易”，与合作社“对内交易”不同。
（六）盈余分配不同
合作社的盈余，一般按交易量（额）比例分配，股金分红受到严格限制，即“劳动支配资本”而非“资本支配劳动”。对此，国际合作社联盟《关于合作社特征的声明》以及我国现行立法均有明确规定。例如，我国《农民专业合作社法》第44条第1款规定：“在弥补亏损、提取公积金后的当年盈余，为农民专业合作社的可分配盈余。可分配盈余主要按照成员与本社的交易量（额）比例返还。”合伙企业的利润分配，按照合伙协议的约定办理；合伙协议未约定或约定不明确的，由合伙人协商决定；协商不成的，由合伙人按照实缴出资比例分配；无法确定出资比例的，由合伙人平均分配。
（七）成员退出对组织的影响不同
合作社实行“自愿与开放的社员资格”原则，“入社自愿、退社自由”，社员退社原则上不影响合作社的存续。对于合伙企业来说，合伙人的去留往往影响合伙企业的“生死存亡”：某一合伙人的退出或死亡，意味着合伙企业必须重新建立合伙关系。[83]
（八）责任形式不同[84]
合作社社员承担有限责任。我国《农民专业合作社法》第6条规定：“农民专业合作社成员以其账户内记载的出资额和公积金份额为限对农民专业合作社承担责任。”合伙企业合伙人承担连带责任。我国《合伙企业法》第39条规定：“合伙企业不能清偿到期债务的，合伙人承担无限连带责任。”
有学者认为，合作社与合伙企业在“联合的基础”上亦存在差异，即合伙企业以资本联合为主，合作社以劳动联合为主。[85]实则，两者都是典型的“人合”组织，联合的基础都是“人”，而不是“资”。因此，各国立法在最低资本方面对两者都未作要求。全国人大农业与农村委员会课题组还认为，合作社与合伙企业的“存在依据”有别：前者以章程为依据，后者以协议为依据。[86]笔者认为，章程与协议在本质上并无区别，都是合作社的社员或合伙企业的合伙人共同的意思表示，对于社员或合伙人同样具有法律约束力，而不仅仅是章程才“具有约束力”。
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