1787年4月出版的《纯粹理性批判》第二版的序言中，康德说自己“不再参加任何争论”，但是他会仔细地关注朋友或论敌的提示，并把它们用在将来建造体系的工作中。[68]这句话为我们理解他后来的工作提供了明确的说明。
1788年1月，康德在《德意志水星报》发表的文章《论目的论原则在哲学中的应用》就贯彻了康德的这一决定。一方面，康德回应了地理学家福斯特尔对自己种族概念和自然研究方法原则的批评，福斯特尔针对的是康德的文章《人的种族的概念的规定》和《人类历史揣测的开端》。福斯特尔是赫尔德《思想》的仰慕者，他因为康德的书评而为赫尔德打抱不平，在他对康德的评论中暗藏了对赫尔德观点的捍卫。[69]另一方面，也是更为重要的方面，如这篇文章的题目所指，康德要把自己的目的论原理的使用界限阐述清楚。他在总结中说，目的与理性有看直接的关系，目的要么是自然的目的要么是自由的目的。目的论原则在自然方面的使用有经验性条件，它不能先天地被看出。自由的目的之中，如果是自然给予意欲的对象的话也是如此，而实践原则先天具有理性的目的。并且他预告了一种先天地包含看一般理性与一切目的的整体的关系的目的学说。[70]康德说一门自然科学中的一切都必须以自然的方式来解释，不能也不可以虚构任何基本力量，这显然指的是赫尔德的活力论。他说福斯特尔可能是要讨好某个“超级形而上学家”，这个人不了解基本的概念，也装作蔑视这些概念，却又企图用自己的想象力征服这些概念。[71]这个“超级形而上学家”无疑指的就是赫尔德。
1790年，康德发表《判断力批判》。一般认为，康德的第三批判是要消除前两个批判所造成的自然和自由、现象和本体、知识和道德的分裂和对立。这种说法当然不错，而且也正是康德在该书的序言和导言中表达的意图。不过如果深入康德当时的写作背景，就会发现康德不仅是在独立完成他的体系，也是在回应当时风行的思想。最具代表性的研究是扎米特的《康德判断力批判的缘起》，他认为第三批判就是康德“与泛神论搏斗的直接结果”，“向赫尔德所发出的密集攻势”，康德的假想敌就是赫尔德。[72]不过，《判断力批判》毕竟不是一部论战性作品，与其把它视为康德对赫尔德的争论，不如把赫尔德的思想视为康德思考判断力问题的启发，而这也正是康德自己表达的意图。他在《判断力批判》中提出的目的论判断力不仅完善了自己的目的论学说，而且在阐述判断力的二律背反时，他明确反对活力论、泛神论和斯宾诺莎主义，而这些都是赫尔德所坚持的。
这里主要关注的是康德在《判断力批判》中提出的“自然合目的性”和“反思性的判断力”。康德认为目的论只是一种调节性的原则，这种观点在《纯粹理性批判》中就已出现，在《论目的论原则在哲学中的应用》中则得到专门讨论，并最终在《判断力批判》中得以完善。在《判断力批判》中，反思性的判断力是只有特殊被给予，而为此去寻找普遍，而规定性的判断力则是把特殊归摄到被给予的普遍之下。反思性的判断力只能作为规律自己给予自己，不能从别处拿来，也不能颁布给自然。反思性的判断力适用的是特殊的经验性规律，特殊的经验性规律处理的是没有被普遍的自然规律所规定的东西，对于这些东西，人们由于其认识能力也要以统一性来考察。[73]于是，自然呈现出一种合目的性，这种合目的性只是一种预设，不是人们颁布给自然而是颁布给自己的规定。
康德在《思想》第一部的书评里看到了赫尔德的外在目的论，这种目的论认为人是居中的造物，自然中的一切造物都是为了人的出现，人类是有机力量的大总汇，这些力量在人身上萌芽以形成人道。[74]赫尔德的这种跨越物种的外在目的论，康德在《判断力批判》中称之为“外部的合目的性”或“相对的合目的性”，它是一种有用性或促成作用，不是自在之物本身的客观合目的性，而是一个相对的、对它被赋予的那个物自身而言只是偶然的合目的性。外部的合目的性只是对自然目的给出了假设性的指示，但并未使人有权做出任何绝对的目的论判断。即使它确实不存在，我们也不会觉得自然的原因就失去了充分性；相反，如果强求自然有外部合目的性，这就会是狂妄和欠考虑的。[75]也就是说，经验无法证实自然有外在目的的存在。(https://www.xing528.com)
关于有机论和活力论，康德认为作为自然目的之物是有机物，但是不能把有机物看作生命的类似物，这与作为单纯质料的物质是冲突的。原因与他对《思想》第一部所做的评论相同：物质有生命超出了经验的限度。康德认为，有生命的物质只有自然在经验中向我们显示出来的范围内才能得到运用，而不能先天地根据其可能性被看出来。如果有人想从有物质的生命认出有机物身上的自然的合目的性，而又把这种生命当作是有机物中的生命，这就会犯循环解释的错误。[76]
在康德看来，斯宾诺莎主义是对泛神论的更确定的解释，即关注原始存在者的主体方面。不管是泛神论还是斯宾诺莎主义，虽然它们试图为自然的客观合目的性形式寻找可能的至上根据，但它们没有解决自然合目的性的最初根据问题，而且把它宣布为无意义，因为它们只顾及了一个条件，即目的关联中根据的统一性，而忽视了另一个条件，即实体对其作为目的的后果的关系。[77]目的统一性不是事物在一个主体的联结中推出来的，而是带有与一个有理智的原因的关系。[78]康德的这个论断非常准确。不过，由于赫尔德把斯宾诺莎主义的唯一实体替换为活的“力”，而这个力有自己的理智考虑而并非是被决定的，所以康德在这里的指控对赫尔德版本的斯宾诺莎主义并不适用，于是问题又回到了有机论和活力论是否合法。
《判断力批判》之后，康德在其著作中与赫尔德的纠葛都已经结束。晚年的康德偶尔还会想起赫尔德，只是印象不那么愉快，对他抱有与对费希特同样的不满。他说赫尔德想要成为一个独裁者，而且有众多信徒追随看他。[79]有趣的是，赫尔德同样反感俨然已成一个宗派的康德批判哲学。康德发表《回答这个问题：什么是启蒙？》后，赫尔德和哈曼基于同样的理由不喜欢这篇文章，哈曼在一封信里写道：“一个戴看睡帽坐壁炉前面绞尽脑汁玄想的人，指控未启蒙者是懦夫，同时却有一队追随者组成的大军盲目接受他的指导，捍卫其神圣不可侵犯性和正统性。”[80]
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