企业所得税的计算建立在企业会计核算的基础上，并因其目的不同，两者之间必然存在差异。长期以来，企业所得税年度纳税申报表的架构设计存在两种理念：
第一种：企业所得税纳税申报表中的计税基础——应纳税所得额的计算完全依据税收公式，理论上称之为“税收体系”，即
应纳税所得额=收入总额-准予扣除项目金额
“税收体系”的特点：一是主表逻辑结构将收入、扣除项目分别进行归集填报；二是表内各项不强调为会计科目内容。
第二种：企业所得税纳税申报表中的计税基础——应纳税所得额的计算在会计利润基础上进行纳税调整，理论上称之为“纳税调整体系”，即(www.xing528.com)
应纳税所得额=利润总额+纳税调增-纳税调减
“纳税调整体系”的特点：一是主表逻辑结构不归集收入、扣除项目，因此表内没有收入总额及扣除项目总额，是根据企业核算利润的逻辑结构，按业务主次关系逐层递减；二是表内“利润总额”项目，完全填报会计科目内容。
两种设计理念各有所长：“税收理念”完整体现了税收法定性原则，“会计理念”则兼顾了会计核算在实际工作中对税收的影响，因此在实践中都有所运用。如：两法合并前内资所得税的三版申报表中，1994年版申报表采用了“会计理念”；1998年及2006年版申报表采用了“税收理念”。而外资所得税申报表一直采用“税收理念”。
2014年新版年度纳税申报表保留了2008年申报表“纳税调整体系”的设计思想，以企业会计核算为基础，在会计利润总额的基础上，加减纳税调整额后计算出应纳税所得额。会计与税法的差异（包括收入类、扣除类、资产类等一次性和暂时性差异）是通过纳税调整表集中体现。这种设计理念与新企业所得税法缩小税收与会计差异的立法思想一致，同时也便于纳税人与税务机关的实际操作。
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