自古中国君主的权力是无所不及的，立法权、行政权、司法权均归君主所有。皇权的意志就是法律，“律”、“令”、“科”、“比”、“格”、“式”、“策”、“诏”、“制”、“敕”、“谕”、“诰”等法律形式，是君主权力意志客观化的产物，也是帝王实行权力控制、维持等级秩序的工具。政治、文化、军事等世俗方面的所有事务统归君主管理，思想、文化、信仰等精神方面的管制权力也被其垄断。
1.思想文化领域，实行“壹教”，严防异端发生。在思想文化领域，为维护专制权力，历代中国实行单一化、强制性的教育；对于离经叛道的异端分子，则以严刑峻法待之。西周时期就设立国学、乡学，以统治者认可的诗书礼乐进行宗法伦理教育。商鞅变法，主要内容之一就是“壹赏”、“壹刑”、“壹教”，取缔一切不符合国家法令的思想言论，甚至儒家也被列为“五蠹”之首。“以法为教”、“以吏为师”，[38]实行官方强制的单一教育。秦代学在官府、禁绝私学，甚至焚书坑儒，使民顺从；法律上，有诽谤与妖言罪、妄言罪、非所宜言罪、以古非今罪、私藏诗书罪，以严厉打击各种与官方意识不一致的“异端思想”。自汉代开始，儒法合流，汉武帝“罢黜百家、独尊儒术”，董仲舒主张：“诸不在六艺之科，孔子之术者，皆绝其道，勿使并进，邪僻之说灭息，然后统纪可一，而法度可明，民知所从也。”[39]相应的法律规定，除诽谤、诬罔、诋欺等罪外，还有诽谤妖言罪、非所宜言罪和腹诽罪。隋唐至明清的科举制，更使得整个中国社会的教育内容以儒家经典宣扬的宗法人伦为核心，以培养合乎君主专制的人才。两晋至唐宋期间，思想言论相对自由，法律惩治思想言论方面的犯罪相对宽平。但到了明清，为维护权力的至上与绝对，严厉打击各种思想言论异端的举措极其盛行；任何形式的文字或思想，一旦触犯最高权力的忌讳，就会随时面临危险。特别是清朝，君主对各种形式的民族思想、反清意识极其敏感，在号称“三代盛世”的康、雍、乾年间，文字狱竟达百余起，对各种“异端”人士大肆株连、横加屠戮，皇权独尊、权力至上的法律传统得到彻底暴露。基督教作为西方传入的宗教，在有清统治者眼中始终属于“异端”之列，出于皇权一统的惯性本能，清政府必定会对其加以控制。
2.宗教管理方面，实行“以政统教”，国家权力深入到宗教事务的方方面面。就政府权力与宗教的关系而言，历代中国都是教权低于政权，从未出现凌驾于政权或与政权分庭抗礼的宗教力量。在组织上，宗教必须服从并维护皇权统治；在宗教教义方面，不能与维护权力至上的正统思想相违背；否则，就被列入“异端”或“邪教”，面临统治者的打击与镇压。历代中国政府除在法律上明令禁止宗教人士或信众从事有害伦常、有损人道、乖戾迷信、有害治安的活动外，还采取多种措施，以实现权力对宗教的控制。
就清代而言，对于汉传佛教、道教等传统宗教的管理，从官制的设置上，设僧录司、道录司于中央，又于中央五城分设各城僧、道协理各一人。僧官兼以“善世”等衔，道官兼以“正一”等衔。地方各府亦设僧纲司、道纪司等。龙虎山设正一真人，设提点、提举、法录局提举各一人，均直属中央。清代所有地方僧、道官均不入流，中央僧、道官地位均降品秩，[40]证明清代佛、道二教地位之低下。清政府通过法律手段，严密防范任何游离于皇权意志之外的宗教发展。对于宗教场所，清代法律规定，宗教组织自己无权决定建设。新建、扩建宗教场所，必须要得到官方批准；否则，就要受到国家法律的制裁。[41]对于普通人加入宗教组织，国家法律规定了官方控制的“度牒”制度，规定了入教者的主体资格条件、入教的程序；出家的条件是“通晓经义、恪守清规”，也有相应的出家考试。[42]宗教组织内部对僧道人员的管理，必须遵守国家规定的“牒照”等级制度，最终由官方对宗教组织监督管理。[43]对于宗教人士是否结婚，这本来是教徒与宗教组织之间的内部事宜，完全可以由宗教组织根据教义教规进行处理，但清代国家法律却对此作出了强制性规定。[44]宗教的教义，必须与以“三纲五常”为核心的官方“正统”思想一致。在中国土生土长的道教，从未否定过儒家的纲常伦理（东晋道教理论家葛洪就曾经为君主专制权力极力辩护，赞同君臣之间的纲常伦理，强烈主张儒道兼容，其著作《抱朴子》就是儒道合流的代表）。佛教传入中国之初，主张“众生平等”，因此主张“不拜父母”、“不尊王者”，显然与中国宗法伦理相冲突；经过唐代几次“排佛”、“灭佛”事件后，佛教不得不向中国文化作出妥协，改变自己的原初教义，以适应强大的本土宗法伦理文化。历代统治者极力维护宗法伦理这一其赖以统治的精神文化支柱。清代也是如此，在国家法典中对宗教人士用“正统”思想进行约束，以防止其思想行为“越轨”。[45]对于宗教人士的活动，国家法律严禁其有任何可能危及社会安定的举措；[46]凡与国家政治有关的事，禁止宗教人士利用宗教进行议论。[47]在清代，各省巡抚“随五年审了之期”（即每5年普查一次役丁之时），另具僧道籍册报礼部。[48]自清初即开始的保甲牌法也扩及寺观，凡寺观均发给“户口牌”，悬于门有蜘“以稽僧道之出入”，其僧纲、道纪等僧道官必须按季度向地方大吏造册汇报僧道增减出入情况。[49]
对于宗教内部的纠纷，本来应该由宗教人士自行解决。但清朝皇帝理直气壮地介入宗教纠纷，充当宗教纠纷裁判者。佛教禅宗内部曾于明末出现过圆悟与法藏之争，百年过后雍正皇帝再次提起，甚至还写了一本《拣魔辨异录》直接干预这一宗教纠纷：“朕为天下主，精一执中，以行修、齐、治、平之事，身居局外，并非开堂说法之人。……但既深悉禅宗之旨，洞知魔外之情，灼见现在魔业之大，预识将来魔患之深，实有不得不言，不忍不言者。”[50]他以皇权对宗教纠纷作出裁决：“天童密云悟派下法藏一支，所有徒众，著直省督抚详细查明，尽削去宗派，永不许复入祖庭。”[51]之所以如此，实际原因在于许多反清志士遁入空门，这些人大多栖身于法藏门下；皇帝介入宗教纠纷并加以裁决的最终目的是维护其王朝的专制统治。(www.xing528.com)
对于边疆民族地区的宗教管理，清朝皇帝不仅以世俗行政权力来管理控制宗教，而且还进行教规、教义的研究，力求从根本上掌握宗教管理的主动权和主导权。[52]无量寿佛是观世音佛的师尊，是西藏喇嘛教极为重要的膜拜对象，康熙帝就按照自己的肖像在热河溥仁寺塑造了九尊无量寿佛。而喇嘛教的最高领袖达赖仅是观世音的化身，这样宗教领袖在地位上只是皇帝的徒弟或下属。为加强对蒙藏地区的控制，乾隆皇帝根据黄教教义设计了“金瓶掣签”制度，[53]确立了活佛转世这一重大宗教事务受国家权力支配的格局。“金瓶掣签”制度后经《钦定二十九条章程》完善与细化，正式成为国家法律，成为蒙藏地区佛教活动必须遵守的法律规范。[54]此外清政府还通过建立理藩院，建立喇嘛等级、朝贡、寺额制度，削弱宗教领袖的政治权力，控制宗教领袖的废立大权等措施，进一步强化皇权对蒙藏宗教的控制。[55]
对新疆、青海、甘肃等地的伊斯兰教的管理，清王朝实行“乡约管束”。其主要方法就是用伊斯兰教的伦理与教规约束教民，使之循规蹈矩以实现统治秩序。苏四十三起义后，清政府取消了伊斯兰“阿訇”之称谓，改其为“乡约”，使原有的乡约制度功能得到进一步强化。乡约要从政府领取印札，资格期限为3年。以保甲制度为基础，清政府将教户与清真寺的所属关系加以明确化、固定化，并登记造册，备留查考。各教民只能在其所属清真寺读念经文，经师也只能在本寺延请。乡约还要经常稽查户口，随月上报，否则将受处置。为确立封建正统思想的主导地位，各清真寺还设立回民义学，教授儒家诗书礼义，以使教民向化；乡约还要密切注意教民的思想行为，随时加以训导。此外，按乾隆帝谕旨，各清真寺教民要在聚礼日听取乡约宣讲《圣谕广训》；各清真寺要立有《圣谕广训》石碑，并且供奉写有“皇帝万岁、万岁、万万岁”的万岁牌。对于以上各项，乡约要严格遵行，并在年终时将各项情况总结上报，由地方官签署通过，然后送清廷备案。[56]
可见，无论何种宗教，国家对其组织、人员、教义、活动等各个方面，都进行了有力的全面控制。国家权力的触角，已经深深渗透到宗教内部的各个角落，宗教在中国不可能取得独立的地位，只能唯世俗权力马首是瞻。对外来基督教的管理，清政府自然也是行控制之本能。尽管有条约制约，但只要存在可以进行权力控制的空间，清政府就不会放弃惯常管理模式。
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