学生最有可能马上会写出下面的测交：
白雄（XbY/XbYb）×红雌（XBXb）。白雄为突变的那只，红雌来自F1。分析：很明显，不管白眼雄果蝇为这两种基因型的哪一种，结果肯定一样，则无法确定眼色基因是位于X，Y染色体同源区还是位于X染色体非同源区段；再者该实验结果和常染色体上的遗传现象一致，不能对性染色体上的遗传做出验证（注：此项试验即是摩尔根当时所做的F1回交，并非像课后所说的白眼果蝇在第一次交配后就死亡了）。
我们最终的目的是既要验证眼色基因是否在性染色体上，又要确定是否在X，Y染色体同源区，那么有没有这样一箭双雕的设计方案呢？我们知道测交是未知基因型和隐性纯合子交配，由于我们不清楚Y染色体是否有眼色基因，则雄性个体的基因型一定未知，所以我们在测交实验中选择隐性的个体为雌性，即为XbXb（上述测交的后代中选取）。而关于雄性个体的选择，在这里可以引导学生思考，做出假设，关键点，假设Y染色体上有控制眼色的基因，我们必须要取Y上面是显性基因的个体来做实验，因为Y染色体上的隐性基因与Y染色体上没有相关基因是区分不开的。所以可以做下面的假设：
（1）假设红（白）眼基因位于X染色体上的非同源区段，Y染色体不含有控制眼色的基因则：(www.xing528.com)
（2）假设红（白）眼基因位于X，Y染色体上的同源区段则：
野生的红眼雄果蝇和白眼雌蝇杂交的实际结果符合假说（1）而不符合假说（2），所以假说（1）成立：红（白）眼基因在X染色体上的非同源区段，Y染色体不含有控制眼色的基因。
另外如果有学生提出一种特殊情况：如果在这只白眼雄果蝇出现之前，X染色体上只有B，而Y染色体上只有b，也就是野生型的红眼雄果蝇XBYb，则上述新设计仍然不能做出排除，但是这种特例是不可能的，因为比利时细胞生物学家Janssens（1909）指出交叉互换，即假如Y上有b则X上也一定有b，那果蝇里面则应该早有了白眼个体，所以这种特殊设想也不成立。
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