学校文化建设是一项巨大的工程，实施这个工程首先就要做好顶层设计，把学校文化建设纳入顶层设计之中。所谓顶层设计就是从办学的高端或顶部对学校要办成一个什么样子进行的总体规划，一个学校办学有一定的办学理念、指导思想、教育理论依据等，这些对于办学起着宏观指导作用的理念、思想、理论和制度等就是办学顶层设计的具体体现。
学校文化建设纳入学校顶层设计就是要把文化建设贯穿于办学指导思想或办学理念、办学定位、学校发展目标、学校精神、校训、校风、教风和学风等之中，将文化建设体现在学校的办学章程之中，体现在学校管理制度之中。一个学校的办学指导思想是由我国教育法来规定和约束的，学校要贯彻国家的教育方针，实现教育目的，在此规约下开展教育活动，当然，学校也有很大的自主性和独立性，这就是学校自身的主体性，学校的主体性决定了学校办学质量的好坏及学校特色的形成。简言之，学校要考虑培养什么人，办成什么样的学校，形成什么样的学校特色，在这个过程中既可以形成学校的文化，又可以通过学校文化建设致力于教育目的的实现。
我们过去在学校文化的培育上做得不够，那么，现在就有必要在学校的顶层设计之中考虑到学校文化问题，加强学校文化建设。现在，有些学校没有自己的办学指导思想，没有办学理念，不知怎样定位学校发展，甚至有的学校没有校训，没有学校发展目标，没有规划。有的学校虽然有办学指导思想，有校训，有规划，但只是停留在纸上，做做表面文章而已，没有自己的理解和教育观念。还有的学校根本不知道学校要进行办学的顶层设计，忽视教育理念和教育理论依据。把学校文化建设纳入学校顶层设计，就是要在学校的办学指导思想、办学理念等之中树立学校文化理想，规划学校文化发展蓝图，形成学校文化精神，凝练学校办学特色。(www.xing528.com)
把学校文化建设纳入学校顶层设计的方法有很多，有些方法值得我们学习和借鉴。第一，从自己的办学积累的优秀经验出发，形成具有自身特色的文化氛围；第二，从教育目的的理想出发，勾画学校发展的理想蓝图和人才培养目标；第三，从历史文化传承出发，追寻民族优秀文化并弘扬光大；第四，立足特定区域的优秀文化，进行创造性的阐释，形成学校文化精神；第五，引用文化典籍、历史文化名人、国家领导人、学术大师等的相关理念，在学校教育中培植转化。所有的这些方法，所要得到的结果无非是培养理想的人才，建好理想的学校，形成理想的学校文化精神。
学校文化建设要形成建设方案和学校文化精神，要体现在学校治理结构的改革中，落实在学校管理制度上，要从中小学管理制度入手，在完善学校治理结构的过程中重视学校文化精神的培育与学校文化建设。建立和完善校长、党支部、教职工代表大会“三位一体”的管理体制就是一个很好的制度设计。[14]通过加强中小学管理体制建设，既有分工，又要协作，既有民主决策，又有民主监督，发挥基层党组织和党员在学校管理中的积极作用，保障学校文化建设的顺利进行
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