2000年9月6日，巴拉克与阿拉法特在联大会议上发表讲话，巴拉克在讲话中第一次承认了耶路撒冷对于巴勒斯坦人的神圣意义。他说：“我们承认耶路撒冷对全世界的穆斯林人和基督教徒也是神圣的，并被我们的巴勒斯坦邻居所珍惜。”他表示，“真正的和平将反映所有这些联系。”阿拉法特在讲话中谴责以色列试图使耶路撒冷犹太化。他说，巴勒斯坦人准备与以色列分享耶路撒冷，并重申了对东耶路撒冷的民族权利。阿拉法特还在讲话中透露巴方可能不会在9月13日单方面宣布建国。[9]
2000年9月25日晚，巴拉克在自己的家中与阿拉法特举行了巴以戴维营峰会后的首次会谈，双方就巴以和谈交换了看法，并承诺将继续做出努力，争取早日达成和平协议。巴以高官代表抓住这次有利的机会，启程飞往美国，准备下一轮的正式谈判。第二天，巴拉克公开表示，耶路撒冷将可同时作为以色列和巴勒斯坦的首都，这一灵活的政策在国际上引起很大反响，这是巴以和谈近10年来以方做出的最大让步。[10]人们对巴以和谈出现的积极变化感到高兴，并对双方在短期内达成和平协议给予很大希望。然而中东和平进程总是充满变数。
2000年9月28日，以色列反对党利库德集团领导人沙龙在数千警察的保护下强行“参观”伊斯兰圣地阿克萨清真寺，触动了巴以争端中最敏感的神经，引发了l0多年来最严重的流血冲突。许多媒体直接称之为“不宣而战的第六次中东战争”。2000年10月29日，阿拉法特表示，巴勒斯坦人民已经做好准备，将把正在进行的“阿克萨起义”，即第二次“因提法达”（intifada，意为“起义”）坚持数年不断进行下去，直到收回耶路撒冷和解放被占领土。
面对大规模流血冲突，2000年10月29日晚，以色列总理巴拉克和反对党利库德集团领导人沙龙的谈判代表就组建“紧急民族团结政府”事宜初步达成了部分妥协。巴拉克同意在就巴以和谈、对巴勒斯坦单方面建国采取应对措施以及以巴分离等问题做出决定时，必须首先得到沙龙的批准，之后方可提交内阁讨论。内外交困的以色列总理巴拉克在11月末同意解散议会和提前举行选举之后，又突然于12月9日宣布辞去总理职务。根据法律规定，新总理选举应在辞职生效后60天内举行。以色列政局的变化为扑朔迷离的中东和平进程蒙上新的阴影。
2000年12月23日，克林顿提出了他自己认为的“最好的方案”，关于耶路撒冷问题他主要提出了老城的解决方案：阿拉伯区是巴勒斯坦人的，犹太区是犹太人这一总原则也适用于老城。……哈拉姆（Haram，清真寺名字，意为高贵的避难所）、圣殿山的分歧，和实践管理比起来，与主权象征和找寻满足双方各自宗教信仰的途径更为相关。所以他补充了两个方案。（1）巴勒斯坦享有哈拉姆的主权，以色列享有西墙和部分对犹太教具有神圣性地方的主权。双方确保不在哈拉姆地下和西墙墙基进行挖掘。（2）巴勒斯坦享有哈拉姆的主权，以色列享有西墙主权，而哈拉姆地下和西墙墙基主权为双方共享，在任何发掘进行之前必须征得双方同意。[11](www.xing528.com)
但是，阿拉法特还是拒绝了克林顿方案。克林顿后来评论说：“阿拉法特在巴拉克接受我的提议之后予以拒绝是个历史性的大错误。然而，许多巴勒斯坦人和以色列人仍在致力于谋求和平。终有一天和平会来临。等和平来临时，最终协议将与在戴维营及以后漫长的六个月里提出的建议非常相似。”[12]
在大规模流血冲突不断升级之时，2001年1月21日，巴以在埃及西奈半岛旅游胜地塔巴再次举行会谈。1月27日晚，双方在会谈结束时发表了《塔巴会谈最终共同声明》。声明说，双方在会谈中着重讨论了巴勒斯坦难民回归家园的权利、安全安排、边界划分和耶路撒冷主权归属问题，会谈“在每一个问题上均取得了进展。这证明双方能够在所有问题上达成谅解”[13]。以色列总理选举之后，双方将恢复和谈。届时，“双方一定能够弥合剩余的分歧，达成和平协议，实现永久和平”。声明宣布，本着1999年10月中旬巴以之间《沙姆沙伊赫备忘录》的精神，双方承诺“通过相互遵守诺言”，使局势恢复正常。
2001年2月7日，以色列大选中，反对党利库德集团主席沙龙获得59．5%的选票获得压倒性胜利，而巴拉克仅获得40．5%的选票。这是以色列总理选举历史上差距最大的一次投票，也标志着以色列人民抛弃了主张和平谈判巴拉克。中东和平进程再次陷入僵局。
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