对于学务案件的处理，作为四川总督的赵尔丰起初认为，“川省学界诉讼滋多，遇有龃龉竞争，亦可凯切劝导，随宜消弭，于裨佐教育行政一方面关系綦重”。[101]因而，若学务案件闹到州县以上衙门，他们在处理相关诉讼的过程中多会将这些案件先交给学务提学使司衙门，或发回各州县由州县视派员察核，待查知真相后再行作进一步打算。光绪三十四年（1908年），安徽宣城县境内，东乡四区学堂突被候选县丞周坤率同无赖多人聚众殴毁坏，意在阻挠学务，顷由邑绅姚廷烜等联名上控至巡抚衙门，沈护院以“所禀是否属实，仰提学司派员往查，借凭核办”。[102]而宣统元年（1909年）四月，保宁府正堂对于南部县文生何名国联名文生何光韩、张登瀛、廪生高矩奎、曾绍忠、贡生李映奎等人以“肆吞学款，匿账图利”各节府控南部县视学李雨苍一案，也是发回南部县，要求“南部县按照批词确查禀覆核夺”。[103]
随着各地办学的广泛开展，川省各州县视学及劝学员在办理学务的过程假公济私、相互倾轧的乱象日益严重。宣统元年（1909年），四川提学使奉四川总督赵尔丰“札发学务要纲饬司筹办一案”，规定嗣后办学：
除应筹各事俟由本署司另文详覆外，所有清厘学款一条内，开查地方办学之款，指拨既定即应通禀立案，永远不准挪移，方期持久。惟近年来，新政凡兴，有加无减，往往有以本系办学之款，挪作他用。他项办公之用，而受拨处所，亦或藉词扣减，任意延误，以致学款支绌，时有无米为炊之叹。此外，又有学款甚多而消耗于办学之手者，又有团保兼充学董，但利己私而不知办学为何事者，种种弊习不胜偻指，亟应通饬各属细加清厘，无论何种款项，但系筹定办学，一概不准挪移。其尚未具禀到省者，即一律补报立案，其糜费把持者，查明更换，令学务基础巩固不摇，以为可大可久之计。又杜绝讼源一条内开学务词讼之多，概起于权利之竞争，欲绝其源，必使司教育之权者，确能自举其权；使教育之利者，毫不自牟其利，而后复为丁职员考成之法，学款会计之规，以晓示而公布之。然后人心折服，攻讦之风不禁自戢。至各地著名健讼，专以破坏公益，阻挠学务为目的者，并应各属地方官平日留心察访，密报该管上司，及该司分别记过。有控告一概不理，或择尤严惩一二，以资儆惕，庶乎诉讼息而学务兴也。[104]
在该札文中，赵尔丰不仅痛斥地方在办理新政期间挪用办学之款作为他用，致使多地办学缺乏资金，还揭露了地方学务以“团保兼充学董”或以“利己私而不知办学为何事者”的征收学款乱象，规定嗣后筹定的办学之款一律不准挪用，遇有“糜费把持者”经地方查明后及时立案并更换。且在赵尔丰看来，与办学有关的学务词讼之所以大量出现，则多起于地方各势力间的“权利之竞争”，若想从根源上杜绝这类讼端的出现，则需要制定约束办学人员的“考成”之法，及牵制学务会计的相关规定，并张贴告示“晓谕”邻里而息地方“攻讦”之风。并要求州县官平日留心查访“专以破坏公益，阻挠学务为目的”的讼棍，“密报该管上司，及该司分别记过”，遇有其挑事控告者，一概不理，“或择尤严惩一二”，希即达到息讼端而兴学务的目的。
总督赵尔丰札文中所述并非空穴来风，自川省办理学务伊始，地方上新旧势力间，便一直存在着上述乱象。光绪三十三年（1907年）年十月二十七日，南部县绅士周学仁先发制人，以“吞公阻学”为由将学田局经管学款的邱辑瑞等告上了四川总督衙门，称其“势大，官亦大，只准清一年，四笔账，已侵吞八百余串，余概抗算”等情，并附有学局章程及每年领款数量。在本案中总督赵尔丰起初批道：
邱辑瑞等经管学款，如果甫算四笔即侵渔利八百余串之多，不特合邑绅民具有公论，该县令亦岂听其延搁，不为澈究。而邱辑瑞犹敢凭空将该呈族学树银估揭入城讼，反得伸种种情词殊太支离，惟狥恐阖吞学款，暨差役押搕，列有过证，虚实均应澈究，仰提学使司即饬南部县集讯查明断结，详覆核夺，词粘并严何缴。廿六。[105]
但对于所列各款项，府、道之间亦有批词：(www.xing528.com)
府批：查阅抄粘，该呈等恐难保无藉公吞隐情弊，况经县饬书公堪明确，邱辑瑞一人何能欺朦？所呈显有未确。惟控关差役押搕，列有过证、虚实均应究明。仰南部县查照控词，迅即勒集人证分别澈讯，搕赃如实，立予究办。该呈学款倘有吞蚀，亦即究追，两无宽纵，切切粘并发仍缴。
道批：该呈果系实心办学，所售树株专备学堂之用，地方官将维持之不暇，岂周学满等所能蒙纵控害，所呈显有不实，惟控关学款，兼涉差役轮搕得赃之事，仰保宁府迅即饬南部县按照控词核明，原差研讯虚实，分别究断结覆，勿稍偏，致滋缠讼，该呈等亦速遵札批县审，毋得踞渎干究，词粘并发，仍缴。[106]
接到上级批示后，南部县知县章仪庆于十一月初一日呈禀，请求府辕注销周学仁等的上控案件，并斥革周天朗的监生功名。其原因是该案实系周学仁与监生周天朗等“假借办学之名盗卖上乘寺禁伐古树，得价分吞，情虚逃飏，捏词上控”。[107]推原其故，县属南乡上乘寺后有古树百余株，乾隆年间已封禁，嘉庆二十四年（1819年）后又立有“禁碑”，刊明：“山寺所蓄树木，如为风雷伤折，必凭众报官验明，始准动用，盖以杜私伐而存古迹也。”而周学仁、周天朗等觊觎庙树，“混充施主，谓其热心教育，拟在上乘寺设初等小学，禀请伐卖庙树，培修校地”。经学务局绅董查明后，尚未批复。周学仁等便将古树盗卖给合州监生刘运暄，并串同寺僧祥庆及周姓多人“书立合约，吞匿树价”。此事因谯姓之族谯文学等“皆欲染指而未得，群起攻计，联名禀控”。后经劝学所收支员邱辑瑞带同礼书堪明，周天朗所卖柏树实被用作棺料得钱二百零二两，然上乘寺廊壁等工程，“费钱不过三四十串，校地校具毫无布置”。周学仁等“畏罪远飏”“复以灭学阻公等情潜赴道府宪朦控，均以事不近理批饬”。查周天朗于光绪三十一年（1905年）在本省账捐案内报捐减成监生，应请先行斥革，与周学仁等通饬各属一体严拿。[108]
对此，四川布政使司许批称，“该监生周天朗伙同周学仁等托词候学，盗卖庙产禁数，将钞分吞潜逃，实属奸贪可恨。应准斥革，一并通缉获案究追，以儆效尤。敢来辕上控，定即押候……”[109]
由该案可见，涉及上控且被上级受理的案件，其参与审讯者虽有府道甚至总督、按察使等人，但归根而言，他们审案结果多是依靠本地州县官的调查与取证，且对于案件的审判结果，也更多地采纳州县官给出的裁断意见。由此看来，州县以上的官府在审理学务案件时，与其说是为百姓伸张正义，不如说是州县办学及处理学务案件的监督者，只是，这些上级官员相对于州县官而言，在斥革生员及调动各州县协同缉拿畏罪潜逃的办学者的过程中拥有更大的权力。加之，地方上级衙门不能更为深入地参与到办理地方学务的实际事务中去，而州县官的任期相对于清代前中期又更为短暂（其中任期最长者为山东泗水仅是王廷赞于光绪二十九年（1903年）十月初四日到任，光绪三十二年（1906年）二月二十二日离任，任期2年4月[110]；最短为云南阳澄的拔贡周学夔，于宣统三年（1911年）十一月上任[111]；六年间共计七任知县，平均任期不到一年。）从而导致许多案件在未能完结的情况下，又转到新任知县之手，从而给参与学务纠纷的生员们提供从中斡旋的机会。另外，地方官府对劝学生员的处理方式，也在一定程度上推动了地方生员们“劣绅”形象的塑造。
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