1986年马科斯集权统治结束后，阿基诺政府提高了菲律宾非政府组织在国家经济、政治生活中的地位，而国际援助机构也慷慨地向菲律宾非政府组织输入资金。这导致菲律宾非政府组织在蓬勃发展的同时，出现了良莠不齐的现象。许多政客、政府官员、企业以非政府组织为掩护，侵吞援助资金，滥用优惠政策。同时在企业化大潮中，许多非政府组织陷入发展迷雾，急需确定方向。公约网络正是在这样的背景下诞生的。1988年，在加拿大国际发展机构（CIDA）的牵头下，几个菲律宾大型非政府组织网络展开一系列磋商，探讨在菲律宾非政府组织网络之上，组建全国性的最高层次非政府组织网络，以加强彼此间的交流和沟通。磋商取得了突破性进展，1990年5月，10个最大的菲律宾非政府组织网络正式宣布组建公约网络，并于1991年1月31日，在证券交易委员会（SEC）登记成为非股份制社团。
1991年12月，公约网络召开第一届全国会员大会，近1000个菲律宾非政府组织参加大会。大会通过了《菲律宾发展公约》（Covenant on Philippine Development）、《非政府组织发展行为准则》（Code of Conduct for Development NGOs）两个重要的声明，表达了菲律宾非政府组织提高自身能力、拓展社会服务范围的意愿以及加强非政府组织自律和互律的决心。(www.xing528.com)
1992年至今，公约网络协助菲律宾政府制定“菲律宾中期发展计划”（MTPDP），并代表公民社会协助国家经济发展署调控“菲律宾中期发展计划”的实行及其他政策的制定。在与国际援助机构的合作中，公约网络还创建了几个非政府组织主导的基金，如菲律宾环境基金（FPE）、可持续发展社会基金（FSSI）、和平与公正基金（PEF）。2000年，公约网络与其他非政府组织创办了“公民社会—政府—企业”三方会议，共同促进国家治理。同年还与160多个非政府组织一起发动了名为菲律宾人民议会Ⅱ（KOMPILⅡ）的活动，抗议埃斯特拉达的贪腐行为，发起弹劾程序。2001年，公约网络购买政府发行的“扶贫债券”（Poverty Eradication and Alleviation Certificates Bonds），并在二级资本市场转卖债券，募集资金14.8亿比索，其中13亿比索用于建立和平与公正基金，其余资金用于公约网络的组织建设。近年来公约网络还通过地区扶贫计划（LAPP）、优先发展援助基金监督（PDAF Watch）、经济政策改革与倡导（EPRA）等活动加强对菲律宾政府的政治倡导。
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