从20世纪80年代到90年代前期，菲律宾非政府组织高速发展，数量剧增，到20世纪90年代中期，这一趋势有所减缓。1995年非股份制社团的增长率仅为5.35％，是1984年以后增长率最低的年份。[113]2001年后由于阿罗约政府对非政府组织管控的加强，这一趋势更为明显，许多类型的非政府组织甚至出现负增长。2006年阿罗约政府发布证券交易委员会第2、3、8号备忘录通告（memorandum circular），要求在证券交易委员会中登记的非政府组织提交更为详细的财务报告与经营资料，否则取消注册资格，大批非股份制社团因此被注销。2002年时在证券交易委员会登记的非股份制社团高达152000个，但到2008年，仅剩下76512个。[114]由于2001—2008年登记成为非股份制社团的非政府组织有51363个，因此被淘汰的非股份制社团的数量高达12万家以上。同时阿罗约政府还加强对合作社的审查，2008年2月，菲律宾合作社管理局中登记的合作社为70154家，其中运作中的有21068家，审查中的有21473家，较2001年有明显的下降。同年为整顿合作社，阿罗约政府颁布了新的《合作社法》及补充法令，所有合作社重新向合作社管理局进行登记，进一步减少了合作社的数量。此外，农村地区的各类非政府组织的数量也均在下降，如4H俱乐部从1999年的4303个下降到2011年的3189个，土地改革协会从1999年的2464个下降到2011年的1698个，渔民组织从1999年的2205个下降到2010年1881个，农村妇女俱乐部从1999年的829个下降到2011年的196个。[115]
从菲律宾非政府组织的数量变化和地区分布来看，阿罗约时期非政府组织的发展重心进一步向城市倾斜，这与菲律宾同期的经济发展模式相对应。1997—2011年，在劳动就业部登记的劳工组织数量增加了49.8％，但同期农村工人协会的数量不仅没有增加，还有所减少。2006年农村工人组织只有12187个[116]，比1997年下降了13％。而主要在农村地区运作的合作社的数量也在不断下降，2001—2008年，合作社的数量下降了28％。从非股份制社团的抽样分析上可以发现，非政府组织有向马尼拉及周边地区集中的趋势，首都区、南他加禄区和中吕宋区2000年之前注册的非股份制社团的比例为54％，其中首都区35.2％，南他加禄区11.8％，中吕宋区7％，而2001—2008年注册的非股份制社团中，这三个区达到71.5％，其中首都区37.7％，南他加禄区22.3％，中吕宋区11.5％[117]。
此外，上文提到2001—2008年，七年间登记成为非股份制社团的非政府组织共有51363个，由于部分组织在审查中被取消，实际登记组织应超过上述数目。同时，另一个非政府组织的主要登记形式——合作社的新登记数量出现了下降，2010年新登记的合作社仅有1376家。而菲律宾劳动者协会作为非政府组织的主要成分之一，数量虽有上升，但上升幅度相对较小。1999年在劳工与就业部中登记的工会组织共有26550个，2011年4月，登记的工会组织共有41609个，12年间增加15059个。[118]由此可以看出，向证券交易委员会登记成为非股份制社团已经成为2001年以后菲律宾非政府组织的主要登记形式。(www.xing528.com)
综上所述，2001年以后菲律宾非政府组织的变化趋势主要有三点：一是整体数量下降，更迭频率加快；二是向城市集中，在农村减少；三是非股份式社团地位更加突出。这一时期非政府组织的经济和政治发展情况将在后面两章中具体分析。
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