在重建民主时期，发展取向和倡导取向非政府组织成为菲律宾非政府组织的中坚力量。受到该时期国际非政府组织的影响，它们越来越多地关注环保、健康、土地改革等活动领域。而相对弱势的环保、卫生、土地改革等政府部门，基于自身需要，也积极寻求与非政府组织的合作。通过合作，非政府组织在这些领域中取得了众多成就，得到了民众认可，提高了自身影响力。
（一）环保领域
森林保护是菲律宾环保领域的首要问题，多年滥砍滥伐导致森林面积不断减少，随之而来的泥石流、洪水等灾害严重威胁了各地区人民的生活。20世纪80—90年代，菲律宾平均每年发生水灾二十多次，泥石流十多次，此外还有地震、火山爆发等自然灾害。1990年7月，奥莫克城（Ormoc City）的一场暴雨引发了山洪决堤和泥石流，夺走了1700人的生命，震惊菲律宾全国。[89]然而负责菲律宾环保工作的环境及自然资源部（DENR）多年来一直与林业利益集团相勾结，无心应对日益严峻的环保问题。各地方政府为短期经济利益也不惜以牺牲自然环境为代价，过度开发自然资源。为改变这一局面，阿基诺总统任命人权律师法克特伦（Fulgencio Factoran）为环境及自然资源部部长，菲律宾环境与自然资源联合会（PFENR）会长冈那平（Delfin Ganapin）为副部长，借助非政府组织的力量重整环境及自然资源部的工作秩序。在非政府组织的协助下，1986—1992年，环境及自然资源部吸引到了10亿美元的环保专项低息贷款。其中较大的一个项目是再造森林承包项目（Contract Reforestation Programme），从亚洲银行和日本海外经济合作基金各获得1.2亿美元的贷款；另一个为自然资源管理计划（Natural Resources Management Program），从美国国际开发署获得了1.25亿美元的贷款。[90]1990年，400多个非政府组织组成了菲律宾绿色论坛（Philippine Green Forum），从政治倡导、公众教育以及专业研究三个方面，促进菲律宾自然资源的可持续发展。
1992年，各大环保组织向新上任的拉莫斯总统推荐哈里本基金会（Haribon Foundation）成员阿卡拉（Angel Alcala）为环境及自然资源部部长，获得拉莫斯总统的任命，冈那平续任副部长，环保组织人士继续担任该部门领导。在各大环保组织的建议下，拉莫斯政府还成立可持续发展总统委员会（PCSD），23名委员中有7人来自环保组织。该委员会起草的《菲律宾议程21》（Philippine Agenda 21），被认为是非政府组织与政府在环保领域合作的典范。
在非政府组织的努力下，菲律宾环境及自然资源部的腐败情况有所缓解。伐木许可证的发放数量大幅下降，滥伐现象有所减少，森林面积缩减速度减缓，森林资源得到了一定的保护。但由于环保组织，特别是基层环保组织在数量、专业性和经验上都有明显不足，实际工作效果受到了极大制约。克拉克认为菲律宾非政府组织要在森林保护上有所作为，首先得面对一个由非法伐木集团、地方政府官员、军队成员、国家政客所组成的庞大的利益网络。[91]
（二）健康领域
菲律宾是天主教国家，因此社会上有很强的反对计划生育的势力，人口出生率一直居高不下，并导致一系列的社会问题。重建民主时期，政府在健康领域的力量严重不足，难以有效开展工作。1993年，拉莫斯总统制定菲律宾计划生育项目（PFPP）时，菲律宾卫生部仅有200人从事人口控制工作，比马科斯时期的1000人相去甚远。[92]要依靠政府的人力和财力来完成降低人口出生率的目标基本上是不可能的，因此卫生部只能向非政府组织求援。当时参与该项目的非政府组织有菲律宾人口、健康与福利非政府组织联盟（PNGOC）和菲律宾计划生育组织（FPOP），这两个组织实力雄厚，后者的工作人员达到12000人之多。[93]此外，还有很多非政府组织向该项目提供活动资金。非政府组织的参与有力地推动了菲律宾的人口控制工作，使人口增长率由1990年的2.35％降至2010年的1.9％。
由于人口急剧增加，菲律宾医疗资源条件也日益恶化。虽然20世纪90年代菲律宾公共卫生开支高达国内生产总值的5.6％，为东南亚地区最高，但开支没有用到实处，全国平均6579人中仅有一名医生，2680人中仅有一名护士。农村地区的医疗条件非常恶劣，医护人员的工资远低于国家规定标准。在这样的情况下，人民健康联合会（Bukluran Para sa Kalusugan ng Bayan）等非政府组织与卫生部结成合作同盟关系，积极向农村地区提供医疗、救援设施，并对医护人员发放高达基本工资三倍的工作补助，[94]极大地改善了菲律宾农村地区落后的医疗条件。
1990年以前，菲律宾卫生部不了解基层民众的需要，每年的基层社区卫生项目就是建厕所，民众对此意见很大。1991年起，菲律宾卫生部将社区卫生保健职能全部转移给地方政府，再由地方政府移交给非政府组织。1993年，卫生部成立了资格认证委员会，遴选出具备项目执行能力的非政府组织，授予三年期的认证资格。由于非政府组织了解民众的需要，也拥有一定的技术和人员优势，基层社区卫生保健工作很快在全国开展起来。通过与政府的合作，一批健康类非政府组织的工作能力得到加强，菲律宾基层卫生条件也得到改善，实现了双赢。
（三）土地改革
土地问题长期困扰菲律宾。20世纪80年代中期，5％的人口拥有全菲83％的耕地，1000万农业劳动人口没有自己的土地。[95]随着人口增加和贫富分化加剧，土地问题所带来的压力越来越重，这一情况甚至比独立初期更严重。为了应对土地问题，菲律宾土地改革部（DAR）积极寻求与非政府组织合作。1987年，菲律宾土地改革部通过食品与农业组织（FAO）、亚洲土地改革与发展非政府组织联合会（ANGOC）的合作，制订了一系列土地改革方案，并组建了人民土地改革会议（CPAR）。该网络的13个非政府组织成员都是菲律宾全国咨询协会的成员，其中菲律宾农民运动（KMP）、菲律宾农民权力、菲律宾农渔民统一协会等组织的成员都在100万左右。人民土地改革会议创建后提出了《民众土地改革原则宣言》，并积极推进相关立法工作，并对1988年土地改革综合计划（Comprehensive Agrarian Reform Programme）的最终出台起到关键的协助作用。[96]该计划为期十年，预算高达103.5亿美元，被评为菲律宾历史上最符合农民利益的土地改革政策。[97](www.xing528.com)
除了协助政府制定土地改革政策，菲律宾非政府组织还承担起土地改革的配套支持工作，如信用贷款、技术服务、商业咨询、设施维修等。菲律宾农村发展机构等组织还对土地改革的进展进行客观调查，提供一手数据。亚洲土地改革与发展非政府组织联合会等机构在对实行土地改革的地区调查后发现，这些地区在改革后的两年时间内，农民收入翻番，农业产量提升，以合作社为主的基层组织数量明显增加。[98]虽然由于各种原因，菲律宾土地改革阻力重重，进展缓慢，但由于非政府组织的积极参与，土地改革毕竟还是迈出了成功的一步。土地改革部部长加里劳（Ernesto Garilao）在1993年表示，如果没有非政府组织的积极作用，土地改革部根本无法实施土地改革综合计划。[99]
（四）妇女权益保护与教育
妇女权益保护与教育是重建民主时期菲律宾妇女权益组织主要关注的领域。以妇女健康关怀基金会（WGCF）和社会研究学院（ISS）为首的一批非政府组织在妇女保护上取得了众多成就。菲律宾是个高生育率、高生育风险率的国家，20世纪90年代，菲律宾妇女平均生育3.7个，生育过程孕妇死亡率高达千分之二点八。[100]为此，妇女权益组织将推广计划生育手段、降低生育率作为首要任务，在普及计划生育知识，提供计划生育服务，发放计划生育用品等方面极大地弥补了政府的不足。1986年妇女健康关怀基金会联合其他非政府组织成功地否决了一项关于禁止出售避孕药品的行政法令。同时非政府组织还在性病传播的教育和防治上做出了卓有成效的工作，提高了菲律宾妇女的健康水平和自我保护意识。
菲律宾妇女地位低下，针对妇女的暴力问题严重。20世纪90年代，在妇女权益组织的倡导下，多项旨在保护妇女免于暴力侵害的法令得以通过，如1995年通过的国家7877号法令禁止对职业女性性骚扰；1997年的国家8353号法令加重了对未成年人性侵害的处罚力度，最重可判死刑；1997年的国家8505号法令加强了对妇女的司法保护机制。[101]1992年，非政府组织和政府联合推出了社区整治暴力侵害妇女计划，由社区统一实施，以教育和服务作为主要干预机制，减少城市贫穷妇女遭受暴力侵害。计划执行单位是自力更生倡议与知识利用研究会（在马尼拉市城市贫困社区服务的一个非政府组织）和妇女法律局（该局为受暴力侵害的妇女提供法律帮助和服务），提供支持的单位有各法律团体和菲律宾妇女作用全国委员会。[102]此外，非政府组织还建立了妇女庇护所、妇女法律援助中心、心理辅导中心等机构来帮助受侵害妇女。
在妇女教育方面，1995年慈善活动圣母基金会—妇女事业发展组织（NDFCAI-WED）与联合国教科文组织亚太文化中心（Asia/Pacific Cultural Center for UNESCO）合作创立了菲律宾女性文化资源中心（Literacy Resource Center for Women and Girls in the Philippines），并以此为基础促进菲律宾妇女教育组织网络的形成，通过制定发展策略，争取国际援助，输入活动资金，有力地促进了菲律宾边远地区妇女教育事业的发展。1999年2月，菲律宾南部地区的非政府组织还与政府共同举办了棉兰老文化峰会（Mindanao Literacy Summit），商讨棉兰老地区妇女教育问题。与会的班沙摩洛妇女和平与发展基金会（BWFPD）、拉瑙文化服务提供协会（LCLSP）、达沃地区文化合作协会（LLCCDS）、马京达瑙发展基金会（MDF）等非政府组织还组成了棉兰老文化网络（MLN）。[103]
1990年，菲律宾支持服务部门协会、菲律宾农村人力资源开发协会和全国合作社联合会联合建立了贫穷妇女生计周转与能力培养基金会，用以提高菲律宾妇女自力更生的能力。自力更生倡议与知识利用研究会代表菲律宾支持服务部门协会，负责基金管理单位和计划秘书处。菲律宾政府则通过菲律宾妇女作用全国委员会提供财政帮助。贫穷妇女生计周转与能力培养基金成立后，共为380个项目提供了资金，这些项目分布在菲律宾13个地区中的12个，直接受益的有2300名社会最底层的妇女（年龄从14岁到80岁）和约14168个家庭成员。至1995年，菲律宾共有144个非政府组织参加了该基金的活动。[104]
（五）菲律宾非政府组织的自律
重建民主时期，许多菲律宾政客、官员、企业家以非政府组织为掩护，利用各种漏洞，侵吞援助资金，享受优惠政策，破坏社会改革，造成了非政府组织内部良莠不齐。《地方政府法》规定了地方各级政府、立法机构中的非政府组织席位，但没有统一的准入标准，认定权和批准权集中在地方政府手中，使地方势力有机可乘。政客、军队、财团组建的傀儡组织，以及为避税而成立的幽灵组织占据了地方政府中原本属于非政府组织的席位，瓜分捐赠资金和国际援助，争夺政府的发展项目。
为改变这一现象，加强内部自律和团结，非政府组织发展公约网络应运而生，并着手改良非政府组织内部运作机制，通过自律压缩虚假非政府组织的活动空间，维护非政府组织的整体形象，提高会员组织的专业化和正规化。1991年12月，该网络召开了第一届全国会议，共有1500个非政府组织参加，商议非政府组织行业规范，签订了《菲律宾发展公约》（Covenant on Philippine Development），为非政府组织制定了7项发展目标，即维护国家主权，保护环境，维护社会平等，促进民主治理，和平解决武装冲突，保卫自由与人权，促进公民参与，发展本土文化；还制定了11项非政府组织责任，规范非政府组织的行为准则以及与政府、企业、公民社会捐献者、职员的关系。[105]
1995年，面对日益增长的财政压力，菲律宾财政部着手增加中央税收，与国税局联合出台了一个税收改革方案，建议取消对非政府组织捐赠的税收减免，以增加国家税收收入。如果该建议获得通过，捐赠者将失去从可纳税收入中扣除捐赠金额的优惠待遇。一些非政府组织领导人意识到该方案将对非政府组织的捐赠收入带来很大的影响，于是他们与菲律宾财政部进行交涉。财政部提出一个折衷方案，即由非政府组织成立一个自治性团体，对非政府组织进行认证，通过认证的非政府组织将成为受赠机构，依照新标准获得捐赠免税待遇。1997年1月，非政府组织发展公约网络（CODENGO）、基金联合会（AF）、教会—商界人权发展协会（BBC）、企业基金会联盟（LCF）、菲律宾国家社会发展基金理事会（NCSD）、菲律宾工商社会进步基金会（PBSP）六大菲律宾非政府组织联合成立了非政府组织认证协会（PCNC），并与财政部签订了备忘协议。协会的启动资金得到福特基金会的赞助，评估培训得到美国国际开发总署的支持，研究项目得到了日本世川和平基金会的援助。协会的管理机构是一个由11人组成的理事会，从已得到认证的组织中选举产生，外加一位国税局代表。该理事会每月举行一次会议，主要职责是认证评估结果，并做出最终裁决。1999年非政府组织认证协会正式运作，这标志着菲律宾政府把非政府组织的认证权力部分移交给非政府组织自身。通过认证的非政府组织即拥有了受赠免税、优先参与政府项目等一系列优惠。协会在审查中还通过规范非政府组织活动和公开财务情况，促进了内部职业标准、问责制和透明度的提高，也清除了部分打着慈善和社会发展旗号的虚假非政府组织。
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