1890—1920年，美国世界第一经济体地位确立，全美范围内的大规模工业化和城市化基本形成。1894年美国《税法》（Tariff Act）中免税组织的法律概念正式出现，美国非政府组织随之迎来了发展高峰，这股高峰不可避免地影响到了美国的新殖民地菲律宾。美国占领菲律宾后，极力推行“宗主国化”，把美国的政治、社会体制移植到菲律宾，以取代西班牙殖民体制，其中就包括仿照美国模式对菲律宾非政府组织进行扶植和管理。第一任总督塔夫塔（William Howard Taft）曾公开表示，美国托克维尔式的民主制度鼓励与支持社会组织的成长与发展，该制度应该移植到菲律宾。[19]1906年，美国殖民政府对公共福利机构、慈善机构、非营利机构进行了详细的界定，并颁布了第一部非政府组织立法文件——1906年《菲律宾社团法》（Philippine Corporation Law）。从法律上肯定了非政府组织的合法性，鼓励建立私人慈善机构，给予免税优惠措施和一定程度上的法律自主权，包括罢工权、集会权等。在这部法律中，菲律宾天主教教会医院、学校被列为非股份制社团，接受政府和教会的双重领导，以加强社会服务功能。美国殖民政府还开明地支持菲律宾计划生育组织（FPOP）、菲律宾妇女投票组织（Filipina Suffragette Organization）的成立，这些政策和措施在西班牙殖民时期是不可想象的。此外，社会教育水平的提高、资本主义观念的涌入、社会流动的自由开放，也为菲律宾社会注入新的活力。在这些因素的刺激下，菲律宾迎来了慈善取向非政府组织的大发展。
1915年，随着各式各样慈善机构的增多，美国殖民政府成立了公共福利委员会（Public Welfare Board），帮助殖民政府协调和管理私人慈善机构的活动。[20]殖民政府还对非政府组织进行资助，以弥补政府社会福利功能的不足以及天主教慈善机构缩减带来的影响。拨款主要流向从事医疗卫生、救灾赈灾活动的非政府组织。1921年，美国殖民政府资助非政府组织的金额达15万美元，主要用于麻风病防治，这相当于殖民政府年度开销的2.2％。[21]美国殖民政府的高级官员还注意与非政府组织建立良好关系，如塔夫塔总督与菲律宾婴儿保护协会（La Proteccion de la Infancia）共同成立了牛奶基金（Gote de Leche），为孤儿提供牛奶；塔夫塔总督还出任过美国红十字会菲律宾分会的主席；福比斯总督（Cameron Forbes）对青年基督教协会（YMCA）进行过大力资助，并出任菲律宾业余运动员协会第一任会长。[22]美国殖民政府的重视和支持激发了菲律宾上层社会参与非政府组织活动的热情，上层人士纷纷加入主要的非政府组织，并以担任领导要职为荣。阿方森（Aluit Alfonson）曾描述20世纪10年代美国红十字会菲律宾分会的委员会成员名单就像是当时菲律宾上层人物的花名册，所有重要人物都集合其中。[23]
殖民政府的主导和上层社会的积极参与使该时期菲律宾非政府组织的社会地位不断提高，在促进社会发展、维护美国殖民统治上也发挥了作用。1922年，伍德总督（Leonard Wood）在政府报告中称，众多的菲律宾妇女组织为地方政府提供了有力的支持。这些组织的工作卓有成效，特别在儿童福利、公共健康、公共建设、社会道德等方面维护了殖民政府的利益。[24](www.xing528.com)
随着美国殖民统治的深入，大批美国非政府组织也随之涌入菲律宾，在菲律宾建立分部。这一趋势在20世纪20年代末达到高峰，期间建立的组织有菲岛医疗协会（PIMA）[25]、美国红十字会菲律宾分会（Philippine Chapter of the American Red Cross）、防治肺结核协会（Anti-Tuberculosis League）、菲律宾防止虐待动物协会（Philippine Society for the Prevention of Cruelty to Animals）、国际扶轮社菲律宾分社（Rotary International Philippine Branch）等[26]。这些协会在制度、机构、运作上完全模仿美国总会，其人事组成也大量吸收殖民政府官员和美籍人士。它们的成立对菲律宾非政府组织的发展产生了积极示范作用，加深了菲律宾民众对公益慈善的认知，也为殖民政府在各行业中培植亲美势力、排挤亲西班牙势力提供了支持。以当时的医疗协会为例，在美国殖民统治之前，菲律宾最重要的医疗协会为菲律宾医疗药品大学（Colegio Medico Farmaceutico de Filipinas，Inc.），该协会为亲西班牙组织。1902年，在美国殖民政府的支持下，十多名美国及菲律宾本土医生成立了马尼拉医疗协会（MMS），并向美国医疗协会（American Medical Society）申请成为分会，次年获批成立菲岛医疗协会。该协会的章程、制度、医疗道德准则均照搬美国总会，1920年之前的主席均为美国人，是一个完全亲美的医疗组织。菲岛医疗协会的主要成员来自殖民政府卫生机构，并被派往菲律宾各地，成为推动殖民政府医疗政策，普及美国医疗标准的关键组织。由于有殖民政府的扶持，菲岛医疗协会很快取代了菲律宾医疗药品大学的社会地位，成为菲律宾医疗界的带头协会，消除了亲西班牙势力在菲律宾医疗界的影响力。
在宽松的制度环境下，一批本土非政府组织也应运而生，如菲律宾妇女协会（Asociacian de Damas Filipinas）、天主教妇女联盟（Catholic Women’s Federation）、马尼拉慈善总会（Associated Charities of Manila）等大型组织以及为数众多的劳工组织、农民组织、学生组织、青年组织、互助协会等小型组织。其中影响力最大的组织是1901年成立的民主工人联盟（UOD），它的出现标志着菲律宾现代群众运动的开始。部分劳工组织还具有明显的左翼意识形态，如菲律宾农民联盟（Katipunan ng mga Anak Pawis ng Pilipinas），该组织后来与菲共有密切联系。不愿意进入菲岛医疗协会的本土医生在1930年成立了菲律宾私人医疗联盟（PFPMP），该组织也具有反殖民统治的意识形态。20世纪20—40年代，菲律宾穆斯林非政府组织开始出现，如穆斯林青年协会、和乐之子协会、哥达马都穆斯林青年联合会等。[27]
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