（一）混业与分业经营交织
搭建金融控股公司的全方位防火墙与所有金融业一样，作为混业经营载体的金融控股公司同样面临分业经营下的一般金融风险，例如市场风险、信用风险、流动性风险、操作风险、利率风险等，同时还要面临混业经营下的一些特定的风险。这些风险包括关联交易风险、内部利益冲突风险、外部利益冲突风险等。[47]
（二）母子公司间高度依存
无论是纯粹型还是事业型金融控股公司，都会面临母公司对子公司的控制权大小的问题，母公司对子公司的控制权大小主要由子公司的股权结构来决定。[48]按照母公司对子公司的持股比例高低，可分为全资控股、绝对控股、相对控股和参股四种类型，不同的持股比例分别对应大小不同的控制权。在全资控股的情况下，控股公司对子公司拥有全面、绝对的控制权，子公司和母公司的一家分支机构几乎没有区别。在绝对控股的情形中，由于控股公司对子公司的持股比例超过50%，控股公司也基本上拥有对子公司的全面控制权，但要通过董事席位、高管任命等法定程序和公司章程来行使权利，控制权较全资控股的情形稍弱。在相对控股的情况下，控股公司是子公司的第一大股东，但持股比例低于50%，若子公司持股比例非常分散、其他股东的持股比例远低于控股公司，则作为第一大股东的控股公司也基本拥有子公司的控制权；若子公司持股比例较为集中、其他几个大股东持股比例仅比第一大股东略低，则控股公司仅拥有对子公司的部分控制权，因为存在其他股东联合起来否决第一大股东提案的可能性。在最后一种情形中，控股公司仅是参股，因而基本不具有对子公司的控制权，控股公司仅是参与公司的经营管理或仅作为财务投资者。
从更好地制定集团统一战略、发挥协同效应和控制风险的角度看，母公司通过对子公司行使绝对控制权来贯彻集团总体战略、搭建综合经营平台、促进协同效应发挥和全面管控风险，有效避免各子公司独立行事、各自为政，从而实现规模经济和范围经济，这种情况需要母公司对子公司全资控股或绝对控股，二者存在高度的依存关系。
（三）委托代理关系复杂(www.xing528.com)
金融控股公司股权结构复杂，我国金融控股公司通过直接或间接控股、参股不同类型公司而形成了规模庞大、结构复杂的金融集团。数量众多的子公司、孙公司以及参股公司之间的股权关系相互纵横，形成了庞大的股权结构体系。金融控股公司股权结构的复杂化和代理层级的增多，造成控股股东的控制权超过其现金流权，为控股股东利用控制权获取私利提供了便利（LaPorta等，1999）。此外，由于股权结构庞大，公司的重要利益相关者，特别是投资人、管理层，难以清楚了解公司内部各个成员之间的授权关系和管理责任，难以判断和衡量公司的整体风险，最终导致监管的困难以及代理成本的增加。[49]
（四）公司内部关联交易常态化
金融控股公司内的关联交易内容包括相互授信、担保、抵押以及转移利润等行为：按照业务发生主体不同，既有金融控股公司与各子公司之间的，也有各子公司之间的；按照业务范畴不同，有金融控股公司内部的金融业务之间的，也有金融与非金融业务之间的。一定比例、公开化的关联交易有利于实现规模经济与范围经济，会大大节省集团的交易成本和生产成本，提高效率，但是比例失调的、非公开化的、甚至别有用心的关联交易则可能带来一系列风险。虽然各个金融控股公司在信息披露中对关联交易合法性和公允性做了保证，但无法从根源上排除关联交易为集团带来的利益冲突风险以及合规性风险等，而且金融集团股权结构的复杂性会显著增强关联交易的隐蔽性，增加监管的难度。[50]
（五）公司利益相关者范围更广
金融业的公司治理问题与一般的公司治理问题强调股东保护不同，金融业的公司治理还涉及存款人与投资人的保护，以及因而产生的骨牌效应和体系相关效应的金融系统风险，也就是金融业的公司治理是非常复杂的议题，股东、存款人、投资人、国民经济等不同利益错综复杂交织在一起。[51]也就是金融业的公司治理中利益相关者范围更广，对金融业的公司治理需要考量的因素也就愈加复杂，不同主体之间的利益交织，需要综合考量不同主体之间的利益平衡与分配的问题，如果不加以综合考量，则会出现难以预估的监管风险。
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