1954年底，新中国政府针对日本战犯近8个月的侦讯工作基本结束。如何处理这些战犯被正式提上日程。1955年2月，26岁的助理检察官王石林与众多参与侦讯日本战犯的工作人员一起秘密集中于北京香山卧佛寺。
对日本战犯如何甄选、怎样量刑，是摆在中国检察官面前的最大难题。1955年9月，中国检察官第一次向中央政府提交了日本战犯的审判名单与量刑建议。
王石林（山西省人民检察院原检察官）：
当时我们在卧佛寺写起诉书的时候，（认为）定的要判刑的都构成死刑。
就在这时，检察官们接到了中央政府周恩来总理的意见：“对战犯一个也不判无期徒刑，判有期徒刑的也是极少数。”
王石林（山西省人民检察院原检察官）：
在思想上有点想不通，全部杀了都不足以平民愤。总理说，这一千多人都杀了，能不能平民愤？所以，放回去，做一些对国际有益的工作不好吗？
所有BC级审判都带有政治动机，在二战结束的头几年里，普通百姓情绪高涨，政府要让百姓看到政府是在捍卫国家权益，惩罚那些无恶不作的战犯，特别是那些臭名昭著的战犯，就像东条英机、纳粹党最高领导人，他们都受到了最严厉的审判，最后的判决都是无期徒刑或死刑。但当那些人数众多的无名小卒受审时，出于政治动机的考量，他们受到越来越宽容的对待。
早在1948年，“冷战”大幕已经在欧洲和亚洲拉开。1952年4月26日，日本海上警备队正式成立。在这支部队中，98%以上的士官都曾经是旧日本海军。
贾斯汀·雅各布（美利坚大学历史系教授）：
20世纪50年代中日还未建交。如何才能得到日本和平人士的支持，（周恩来总理）认为有一个方法就是向日本表示善意。对于这些关押在中国的日本战犯，如果给他们宽大的判决，让他们认识到自己的罪恶行径，是中国政府帮助他们洗心革面，他们对中国就不会有敌视。他们回到日本，发声告诉其他日本民众他们在中国的邪恶行径、犯下的那些战争罪行，这样日本民众才能知道日军在中国的所作所为。
短视频6：新中国政府为什么要宽待这些日本战犯？
1956年的新中国法制建设刚刚起步，实施具有国际意义的审判困难重重。
季卫东（上海交通大学日本研究中心主任）：
当时的法律依据主要是第一届全国人民代表大会常务委员会第三十四次会议，在1956年4月25日作出的一个决定，是专门针对审理日本侵略中国战争期间的战争犯罪分子的一个决定。这个案件是在远东国际军事法庭审判的延长线上，所以当然要继续采取相关的程序、标准，在这个意义上来说，《远东国际军事法庭宪章》还有相关的国际法也是案件审理的法律依据。除此之外还有国家的政策，当时关于处理日本战犯的政策有区别重罪犯人和轻罪犯人，有把惩治和教育结合起来的政策，特别强调人道主义的做法。
决定特别要求军事法庭使用的语言和文件，应该用被告人所了解的语言文字进行翻译。被告人可以自行辩护，或者聘请中华人民共和国司法机关登记的律师为其辩护。
季卫东（上海交通大学日本研究中心主任）：
东京审判特别强调被告的辩护权，在沈阳、太原的审判活动中依然坚持这个原则。这个过程中有一些特点是中国特有的，比如公诉人的公诉书一般来说直接送给法院，但是在沈阳、太原审理案件的期间，每一个被告都接到了公诉书。另外，组织各界代表旁听案件审理的做法，也具有中国特色。
这曾经是一家两层小楼的电影院，当地人称为北陵电影院。1956年6月至7月，中华人民共和国在这座位于沈阳的小楼里，就战争罪行审判36名日本战犯。1956年6月至7月，两场对日本战犯的审判分别在太原和沈阳举行，最后被起诉的一共有45名日本战犯。起诉的根据是他们在战争中犯下的严重战争罪行。这两场审判的目的是听取和记录受害者的证词，让这些日本战犯认罪和忏悔。历时40余天的审判，检方共请出159名证人出庭作证。
沈阳审判日本战犯法庭旧址陈列馆（摄制组摄于中国辽宁省沈阳市）
周化祯（沈阳审判证人）：
（日本人）用又细又尖的竹签子刺我的阴道，他们刺的时候4个人，2个人抓住我的胳膊，2个人踩住我的大腿，使我躺在地上呈一个“大”字形。(www.xing528.com)
中国“末代皇帝”溥仪以证人的身份指证伪满洲总务厅次长古海忠之：
（我）当日本帝国主义的走狗，伪满洲国的皇帝。伪满的时候，根本上我没有实权，统治和支配伪满实权的是谁呢？就是伪总务长官武部六藏和他的辅佐者伪总务厅次长古海忠之，就是他。
短视频7：中国“末代皇帝”溥仪在沈阳法庭出庭作证
根据东北工作团20世纪50年代的调查，光太原和抚顺的日本战犯就残害了大约80万中国民众，还掠夺了大量的自然矿产资源。
上坂胜被苏联军队俘虏时任陆军第五十九师步兵第五十三旅少将旅长。他在笔供中写道，1942年5月27日，在冀中作战中，“我指使第一大队杀害了八路军战士和居民达800人以上，使用‘赤筒’和‘绿筒’的毒气，向逃入很多居民的地道里投掷毒气，以致他们窒息”。这就是后来人们所说的北疃惨案。
1939年4月，藤田茂在山西安邑县制造上段村惨案，百余人被他的部队刺死或推入水井淹死。当年惨案的幸存者张葡萄当庭作证。
张葡萄（上段村惨案幸存者、沈阳法庭证人）：
又从我怀里夺走4岁的女孩，砍死扔到井里。
法庭上，藤田茂当庭表示认罪：
我命令把村庄里剩下的居民集中在一起用刺刀刺杀他们，对于拒绝集合的村民就放火烧他们。
在国民政府和其他国家的BC级战罪法庭中，日本战犯很少承认自己的罪行。但在1956年中华人民共和国特别军事法庭上，每一个日本战犯无一不承认自己的罪行。
王石林（山西省人民检察院原检察官）：
我们国家独立行使主权以后，侦讯日本战犯，审判日本战犯，全部认罪，也是史无前例的。
战犯藤田茂自供书（中国中央档案馆提供）
战犯上坂胜自供书（中国中央档案馆提供）
内海爱子（日本大阪经济法科学院教授）：
中华人民共和国的战罪审判，不是一味地追求死刑或者有期徒刑，而是让那些战犯面对自己所犯下的罪行反省、忏悔。如何让那些若无其事犯下罪恶的人回归人性，这是非常了不得的，这是美国审判、荷兰审判等其他国家BC级审判所未达成的。
日本战犯受审图片（中央新闻纪录电影制片厂提供）
1956年7月20日，对于45名日本战犯4个案件的两场审判全部结束，最高刑期20年，最低为8年。特别军事法庭根据中华人民共和国全国人民代表大会常务委员会的决议，对其余1 017名本应起诉的日本战犯进行处理，对于罪行较轻的或在关押期间悔罪表现较好的战犯，特别军事法庭决定对未受审的战犯免于起诉，释放回国。
1956年新中国审判判决书（中国中央档案馆提供）
短视频8：受审的日本战犯在新中国法庭上史无前例的全员认罪
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